장기보유특별공제 적용 여부 판단 시, 주택 보유기간의 기산일을 구축아파트의 취득일로 보아야 하는지 아니면 신축아파트의 사용승인일로 보아야 하는지

03.7.1.부터 시행된 도시정비법에 의하면 관리처분계획인가를 받아야만 조합원입주권을 취득한 것으로 볼 수 있고, 05.5.31. 개정 전 소득세법 시행령 제155조 제16항은 조합원입주권 자체를 양도하였을 경우에 한정적으로 적용되는 규정으로서, 주택재건축 조합원 중 1세대1주택 비과세 특례 규정을 적용받을 수 있는 조합원을 규정하기 위한 것일 뿐, 도시정비법에 따른 재건축사업으로 신축된 주택을 양도하는 경우의 취득시기에 대해서까지 일반적으로 규정한 것으로 보기는 어려움 분당세무서장이 2025.5.1. 청구인 aㆍb에게 한 2019년 귀속 양도소득세 각 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구인 a은 2009.2.23. 서울특별시 서초구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였고, 2010.2.1. 배우자인 청구인 b(청구인 a을 포함하여 이하 “청구인들”이라 한다)에게 쟁점주택의 지분 3분의1을 증여하였으며, 2005.5.19. 사업시행인가를 받은 쟁점주택은 2010.8.24. 관리처분계획인가 후 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)로 재건축되어 2016.8.30. 준공되었고, 청구인들은 2019.8.30. 신축주택을 양도하면서, 그 취득시기를 a은 2009.2.23., b은 2010.2.1.로 하였으며, 쟁점주택의 취득일부터 신축주택 양도일까지(이하 “쟁점보유기간”이라 한다)를 보유기간에 산입한 후, 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 산출하였고, 2019.9.5. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 신고ㆍ납부하였다.나. 한편, 이 건과 동일한 사실관계에 대한 장기보유특별공제 적용 시 보유기간 산정과 관련하여, 서울고등법원 2024.10.17. 선고 2023누58345 판결(이하 “쟁점고등법원 판결”이라 한다)은 2005.5.31. 이전에 사업시행인가를 받은 경우, 조합원입주권 전환 시기를 “사업시행인가일”로 보아 장기보유특별공제가 적용되는 보유기간을 신축주택 사용승인일(준공일)부터 양도일까지로 판시하였고, 이에 따라 처분청은 2025.5.1. 청구인 a 및 b에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 경정ㆍ고지하였다.다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.6.11. 이의신청을 거쳐, 2025.11.5. 심판청구를 각각 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 청구인들은 관리처분계획인가일 이전에 쟁점주택을 취득하였고, 사용승인일 이후에 신축주택을 양도하였으므로, 조합원입주권 기간을 보유기간으로 인정하여 장기보유특별공제를 적용해야 한다.(가) 이 건 부과처분은 재건축 주택 관련 양도소득세 규정이 변화되면서 이에 대한 해석의 차이로 발생한 것으로, 먼저 이 건 처분 이해를 위해 재건축 주택 유형에 따른 보유기간 산정 방식 및 근거 법령을 알아야 하는바, 그 내용을 정리하면 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 재건축 주택 유형에 따른 보유기간 계산(나) 청구인들은 쟁점주택을 2009.2.23. 및 2010.2.1. 각 취득하였고, 2010.8.24. 관리처분계획인가 받았으며, 신축주택이 2016.8.30. 준공된 후, 2019.8.30. 이를 양도하였는데, 쟁점고등법원 판례는 청구인들의 상황을 상기 ＜표1＞의 유형②에 해당한다고 판단하면서도, 2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 「소득세법 시행령」(이하 “구소득령”이라 한다) 제155조 제16항 괄호 안의 문구를 청구인들이 충족하지 못했기 때문에, 다시 말해서 “주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자”에 해당하지 않기 때문에 장기보유특별공제를 적용 시 조합원입주권 기간을 보유기간에 포함할 수 없다고 판시하였다.(다) 청구인들은 관리처분계획인가일 이전에 쟁점주택을 취득하였으므로 청구인들은 조합원입주권이 아닌 쟁점주택을 2009년과 2010년에 각 취득한 것이고, 청구인들의 상황이 구소득령 제155조 제16항에 위배된다는 쟁점고등법원 판결은 법령을 잘못 해석한 판결이므로 이 건 부과처분은 위법하다.(2) 구소득령 제155조 제16항은 조합원입주권 자체를 양도하였을 경우에 한정적으로 적용되는 규정으로서, 주택재건축 조합원 중 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 조합원을 규정하기 위한 것일 뿐, 위 규정을 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)에 따른 재건축사업으로 신축된 주택을 양도하는 경우에 대해서까지 그 취득시기를 일반적으로 규정한 것으로 볼 수는 없기 때문에(조심 2024서5737, 2025.9.25.) 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.나. 처분청 의견청구인들과 동일한 사실관계에 있는 소송청구인들이 “조합원입주권 기간의 장기보유특별공제 보유기간 계산 시 인정여부”와 관련하여 재판을 진행한바, 과세가 적법하다는 쟁점고등법원판결에 근거하여 동일한 과세기준을 적용한 이 건 처분은 타당하고, 청구인들만 과세제외 처리할 수는 없는 것이다.쟁점고등법원 판결은 “기존주택의 취득 시부터 신축주택의 양도시까지의 기간을 통산하여 장기보유특별공제를 받기 위해서는 기존주택의 소유권이 조합원입주권 및 신축주택의 소유권으로 변경되는 과정에서 조합원입주권이 주택으로 의제되는 것이고, 주택 의제 여부는 「소득세법 시행령」 제155조 제16항에 의해 결정된다”라고 하면서, 기존주택 취득일이 사업시행인가일(2005.5.16.) 이후여서 2005년 개정 전「소득세법 시행령」 제155조 제16항의 특례적용을 받지 못하게 되어, 조합원입주권 보유기간에는 1세대 1주택으로 인정될 수 없으므로, 기존주택 취득 시부터 신축주택 양도 시까지의 보유기간을 통산할 수 없다고 판결한 것이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점구소득령 제155조 제16항이 개정된 2005.5.31. 이전 사업시행인가를 받은 쟁점주택을 청구인들이 관리처분계획인가일 이전에 취득하여 사용승인일 이후 신축주택을 양도한 경우, 쟁점주택 취득일부터 신축주택 양도일까지를 보유기간으로 하여 장기보유특별공제를 적용해야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 처분청과 청구인들이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 청구인들은 쟁점주택을 2009.2.23., 2010.2.1. 각 취득한 사실이 쟁점주택 폐쇄등기부등본에서 확인된다.＜쟁점주택 폐쇄등기부등본 일부 발췌＞(나) 쟁점주택의 사업시행인가 고시일은 2005.5.19.이고, 관리처분계획인가 고시일은 2010.8.24.이며, 2016.8.30. 정비사업이 준공인가 된 것으로 아래와 같이 확인된다.＜서초구 고시 제2005-47호(2005.5.19.), 제2010-40호(2010.8.26.)＞＜서초구 고시 제2016-84호(2016.9.1.)＞(다) 쟁점주택 매매계약서에 따르면, 청구인들은 쟁점주택이 신축주택으로 준공된 후인 2019.8.30. 이를 OOO원에 양도한 것으로 확인된다.(라) 청구인들은 신축주택 양도를 1세대 1주택 비과세(고가주택) 대상으로 보아, 쟁점보유기간을 장기보유특별공제 적용 시, 보유기간에 산입하여 2019.9.5. 2019년 귀속 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 쟁점고등법원 판결에 따라 2025.5.1. 청구인들에게 각 양도소득세를 경정ㆍ고지하였으며 그 내용은 아래 ＜표2＞ㆍ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 청구인 b의 2019년 귀속 양도소득세 경정내역(2) 이 건 부과처분과 관련하여 도시정비법에 의한 쟁점주택의 재건축 현황 및 관련 법령의 개정현황은 아래와 같다.(가) 청구인들의 쟁점주택 취득, 신축주택 양도 및 구소득령 개정내역을 정리하면 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 쟁점주택 취득, 신축주택 양도 및 구소득령 개정 내역(나) 2005.5.31. 개정 전·후의 구소득령 제155조 제16항을 정리하면 아래 ＜표5＞와 같다.＜표5＞ 구소득령 제155조 제16항 개정 전ㆍ후 비교(3) 이 건과 동일한 사실관계 및 쟁점에 대한 소송 및 심판례는 아래와 같이 나타난다.(가) 쟁점고등법원 판결은 아래와 같고, 이와 관련하여 현재 대법원 2024두61025로 심리 진행 중인 것으로 나타난다.＜쟁점고등법원 판결 요약＞(나) 조세심판원은 조세심판관합동회의를 거쳐 아래와 같이 결정한 것으로 나타난다.＜조세심판원 선결정례(조심 2024서5737, 2025.9.25.)＞(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인들이 사업시행인가일(2005.5.19.) 이후인 2009.2.23. 및 2010.2.1. 각 취득한 쟁점주택에 대하여 구소득령 제155조 제16항에 따라 주택이 아닌 조합원입주권에 해당하므로, 쟁점주택의 취득일이 아닌 신축주택의 사용승인일부터 보유기간을 계산하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 의견이나,2002.12.30. 법률 제6852호로 제정되어 2003.7.1.부터 시