가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부 등

신고납부제도 하에서 청구법인은 쟁점물품의 부가세 면제 여부를 정확히 검토하여 수입신고할 의무가 있음에도 불구하고 잘못된 감면신청의 결과로 부족세액이 발생한 반면, 납부지연가산세를 감면할 정당한 사유가 존재한다는 구체적, 객관적 증빙이 부족한바, 납부지연 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없음 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2020.7.20. OOO(이하 “쟁점물품”이라 한다)를 수출신고번호 OOO로 수출신고 후 선적하였으나, 쟁점물품은 OOO 세관 통관 단계에서 OOO, 이하 “OOO”라 한다)의 승인이 나지 않아 반송된 물품으로 「관세법」 제99조 및 「부가가치세법」 제27조에 해당한다고 보아 2020.8.14. 처분청에 수입신고번호 OOO호로 관세·부가가치세 감면 신청하여 수입신고하였고, 처분청은 이를 수리하였다.나. 관세청장은 2025.6.2.부터 2025.6.20.까지 실시한 감사 결과, 쟁점물품은 「부가가치세법」 제27조 제12호 및 같은 법 시행령 제54조에 해당하지 않는다고 보아 2025.8.8. 처분청에게 ‘감면제도 운영실태 감사결과 처분요구’를 하였고, 이에 처분청은 청구법인에게 수정신고 등을 안내하였다.다. 청구법인은 2025.8.13. 처분청의 안내에 따라 수정신고를 하였으나 납부하지 아니하여, 처분청은 2025.8.14. 청구법인에게 부가가치세 OOO원 및 납부지연가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.13. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다.(가) 이 건은 청구법인이 재수입물품에 대하여 수입신고 당시 처분청의 심사를 거쳐 부가가치세를 면제로 수입신고가 수리된 사안으로, 청구법인에게는 부가가치세 납부의무가 존재하지 않는다는 공적판단을 신뢰할 정당한 사유가 있다.처분청은 쟁점물품 수입신고 시 제출된 수출신고필증 등을 검토하여 부가가치세 면제 대상 여부를 확인했어야 함에도 필요한 조치 없이 부가가치세 면제로 처리하였다.처분청은 C/S 검사생략 후 쟁점물품 심사 시 신고된 세번, 세율 및 과세가격 등 신고사항의 적정여부와 법령에 따른 수입요건의 충족여부 등을 확인했어야 함에도 필요한 조치를 취하지 않고, 부가가치세 면제를 허용하여 청구법인에게 신뢰를 주었다.처분청이 수입통관 시 신고오류를 발견하지 못했다면, 청구법인 또한 부가가치세 해당 여부를 고의로 회피하려 했거나, 현저히 부주의하여 세법을 위반했다고 볼 만한 사유가 없으므로 쟁점물품에 부과된 가산세는 취소되어야 한다.(나) 가산세를 부과할 수 없는 처분청의 부작위 사유가 존재한다.처분청은 쟁점물품이 부가가치세 과세대상인지 면제대상인지 여부를 관세청 또는 국세청에 질의하여 적정한 조치를 취하는 행위가 없이 청구법인에게 가산세까지 부과한 처분은 무리가 있다.쟁점물품이 부가가치세 과세대상인지 여부는 전문가인 관세사나 처분청도 수입신고 당시에는 인지하지 못할 정도이다.(다) 의무해태를 탓할 수 없는 청구법인에게 가산세까지 부과하는 것은 부당하다.처분청은 쟁점물품의 수입신고 시 당초 수출신고필증 등 관련 서류 일체를 제출받았으나, 아무런 이의나 시정 없이 받아들여진 것에 비추어 가산세를 부과하는 것은 가혹한 처분으로 취소되어야 한다.처분청은 쟁점물품에 대한 과세전에 수정신고 통보나 경정·고지에 따른 과세전 통지 없이 2025.8.14. 납부고지서를 청구법인에게 최초로 전달했다.(라) 이 건 가산세는 납세자의 귀책 있는 납부지연을 전제로 한다.납부지연가산세는 단순한 이자 보전 성격을 갖는다고 하더라도 청구법인이 세액을 기한 내 납부할 의무가 존재함을 전제로 한다. 그러나 이 건에서 청구법인은 처분청의 공식적인 면세 수입신고 수리를 통해 부가가치세 납세의무 자체가 존재하지 않는 상태에 있었다.청구법인은 납세의무 의식이 객관적으로 불가능한 상황에서 납부지연을 전제로 한 가산세 부과는 성립할 수 없다.(마) 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 이유가 있다.“가산세 및 보정이자 면제에 관한 지침” 제8조에 대한 가이드라인에서 사례 내용 판례를 적시하여 처분청의 가산세 부과 처분 시에도 적용해야 함에도 이 건에 대하여는 가산세 면제에 대한 검토가 적극적으로 이루어지지 않았을 뿐만 아니라 처분청은 과세전 통지도 하지 않아 청구법인은 가산세 감면 신청을 할 수도 없었다.청구법인은 납세 관련 사실 관계를 숨김없이 과세관청에 신고하는 등 정확한 납세를 위하여 성실히 노력하여 법령의 오해나 부지를 넘어서는 해석상의 의의가 있는 정당한 이유가 있으므로 이 건 가산세는 취소되어야 한다.처분청은 청구법인에게 쟁점물품의 수입에 관한 부가가치세를 납부하지 아니한 데 대한 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다는 의견이나, 쟁점처분은 청구법인의 판단이 아니라 처분청의 서류심사 결과에 따른 부가가치세 면제로 수입신고 수리라는 공적 판단에 기초한 것이므로 정당한 사유가 명백하다.이 건의 납부지연은 청구법인의 신고 누락이나 납부 태만이 아니라 처분청이 면세로 수입신고를 수리한 공적판단에서 직접적으로 발생하였다.(바) 과소신고가산세 미부과 논리는 납부지연가산세에도 동일하게 적용되어야 한다.청구법인은 처분청의 서류심사 결과 부가가치세 면제수리를 신뢰하였고, 이는 조세법률관계에서 보호되어야 할 정당한 사유에 해당한다.처분청도 고의·과실이 없음을 이유로 과소신고가산세 10%는 부과하지 않았다.그런데, 동일한 귀책사유 판단 구조를 가지는 납부지연가산세만 별도로 부과 처분하는 것은 자기모순적 처분이다. 과소신고에 청구법인의 책임이 없다면 그로부터 파생된 납부지연에 대해서도 청구법인에게 책임을 물을 수 없다.(2) 쟁점처분은 신의성실의 원칙 및 신뢰보호 원칙에 위배된다.처분청은 「관세법」 제38조에 따라 납세신고를 받으면 수입신고서에 기재된 사항과 이 법에 따른 확인사항을 심사하도록 되어 있고, 검사서류 건은 청구법인이 제출한 수입신고필증, 송품장(Invoice), 포장명세서(Packing List) 선화증권(B/L) 등을 확인한 후 신고내용의 정확성, 적법성, 부가가치세 대상여부 등을 심사 후 수입신고 수리라는 공적인 의사를 표시한다. 청구법인은 처분청의 수입통관 심사를 신뢰하였다.「부가가치세법」 제51조에서 “재화의 수입에 대한 부가가치세는 「관세법」에 따라 세관장이 징수한다”라고 규정하고 있어, 처분청이 부가가치세를 징수할 의무가 있으므로 청구법인이 부가가치세 면제를 주장하더라도 그 적법성을 심사하고 필요시 징수해야 한다.처분청은 수입 당시 심사 및 검사를 통해 부가가치세를 면제 처리하였고, 이에 따라 청구법인은 처분청의 판단을 신뢰하였다. 사후에 특별한 사유 없이 과세 처분을 변경하는 것은 납세자의 신뢰를 저버리는 행위로 신의성실의 원칙 및 신뢰보호의 원칙에 위배된다.(3) 경정통지 없이 바로 경정·고지한 것은 중대한 절차 위반이다.처분청은 쟁점처분을 하기 전에 경정 통지 또는 과세전 통지를 하였어야 하나, 이런 통지 없이 2025.8.14. 경정·고지를 하였다. 이와 같은 절차적 하자로 청구법인의 의견제출권 및 방어권을 박탈당한 것은 중대·명백한 위법에 해당한다.「관세법」 제38조 및 제39조에 의하여 수입세액은 수입신고수리 시 확정되고 과세관청이 수입신고 시 서류심사로 면세 수리한 건에 대하여 사후조사로 판단을 번복하는 결정을 하여, 경정통지 절차 없이 바로 관세 등을 부과하는 것은 위법·부당하다.「국세기본법」 제81조의15에서 국세는 결정 또는 경정 후 고지하여야 하며, 단순계산 착오 등 예외적인 경우를 제외하고는 경정통지 생략은 허용되지 않는다.처분청은 「관세법」 제118조 제1항 제1호 규정에 의하면 통지하려는 날부터 3개월 이내에 관세부과 제척기간이 만료되는 경우 과세전 통지 생략은 적법하다는 의견이나,위 조항은 경정통지를 생략할 수 있는 근거 규정이 아니며, 제척기간 임박은 절차적 권리를 배제할 수 있는 사유가 될 수 없고, 제척기간은 조세를 부과할 수 있는 기간일 뿐, 「국세기본법」에서 정한 경정통지 절차를 생략할 수 있는 근거는 아니다.처분청이 주장하는 제척기간 임박은 과세관청의 내부 일정·행정편의 문제일 뿐 납세자의 절차적 권리를 제한할 수 있는 법적 사유가 아니다. 행정편의는 적법절차 원칙에 우선할 수 없고 제척기간이 임박하였다면 2025.6.20. 경정통지를 해야 함에도 처분청은 하지 않은 중대한 절차적 하자가 있다.나. 처분청 의견(1) 쟁점물품에 대한 가산세 부과 처분은 적법