청구법인의 사실상 본점이 대도시 내(서초사업장) 또는 대도시 외(구로사업장)인지 여부

청구법인의 구로사업장 인근에서는 법인카드내역 등이 확인되지 않는 등 구로사업장을 본점으로 볼 만한 사정은 확인되지 않는 점. 반면 서초사업장에서는 본점으로 볼 만한 사정(자금조달, 관리, 공사계약 사항 등)이 확인되는 점에 비추어, 쟁점부동산의 취득은 청구법인이 사실상 대도시 내 본점에 해당하는 서초사업장으로 전입한지 5년 이내에 대도시에 소재하는 부동산의 취득으로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨 1. 처분개요가. 청구법인은 2020.7.21. 경기도 파주시OOO(대도시 외 지역, 이하 “파주사업장”이라 한다)를 본점 소재지로 하고, 부동산 매매업, 부동산 분양업, 인테리어 공사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2021.8.1. 서울특별시 구로구OOO(OOO, 이하 “구로사업장”이라 한다)로 본점을 이전하였고, 2021.4.30.과 2021.8.9. 서울특별시 동대문구OOO외 2필지 토지 1,717.7㎡ 및 건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득(매매)하고, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.나. 처분청은 청구법인의 본점을 서울특별시 서초구에 소재하는 청구법인의 대표이사(a)가 운영하는 OOO병원(이하 “A병원”이라 한다)으로 보아, 쟁점부동산의 취득을「지방세법」제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 규정하는 대도시에 본점을 전입하고 5년 이내에 대도시에 소재하는 부동산을 취득한 것으로 보아 중과세율(8%)을 적용하여, 2025.2.10. 청구법인에게 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.15. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 청구법인의 중요한 의사결정은 파주사업장 및 구로사업장에서 이루어졌다.청구법인의 파주사업장 및 구로사업장에는 책상 등 집기뿐만 아니라, 공동으로 사용할 수 있는 컴퓨터, 프린터기, 팩스, 공유회의실 등 물적 시설과 ‘대표이사’라는 인적 설비도 존재하고 있다.청구법인의 대표이사 a 및 b가 파주사업장 및 구로사업장으로 이동함에 있어서 고속도로와 같은 유료도로를 이용하지 않아 이동기록이 존재하지 않고, 다만, 이사회 의사록이나 주주총회 의사록에는 회의 장소가 파주사업장인 것으로 분명히 기재되어 있는바, 특별한 사정이 없는 이상 파주사업장에서 업무처리가 이루어졌다는 점을 부인할 수는 없다.실제로 청구법인의 2020.7.29.자 이사회 의사록 및 주주총회 의사록에 의하면 당시 파주사업장에서 중요한 의사결정이 이루어졌음을 확인할 수 있다.청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시는 개업준비의 초기사업 단계인지라 부동산 투자(매입)와 관련된 업무 외에는 일반 사무가 별로 발생하지 않았으므로, 본점으로 등록된 장소에 상주하지 아니하더라도 사업을 진행하는 데에 무리가 없었고, 청구법인이 쟁점부동산을 최초로 취득한 2021.4.30. 직후 직원을 고용한 것은 마찬가지 이유에서 비롯한 것이다.(2) A병원에는 청구법인의 인적ㆍ물적 설비가 존재하지 않고, 법인의 중추적인 기능을 하는 주된 사무소가 위치하지도 않는다.쟁점부동산 취득 시점에 청구법인의 임직원은 공동대표이사 2인과 직원 1인으로 구성되어 있다. 공동대표이사 b는 사실상 업무에 거의 참여하지 않았고, 주된 업무처리는 다른 공동대표이사 a에 의해 이루어졌고, 기타 잡무 처리는 파주사업장 및 구로사업장에 매일 출퇴근 한 직원 1인에 의해 이루어졌다. 처분청은 a이 한의사라는 점에 착안하여 A병원이 사실상 본점인 것으로 추정하고 있으나, a은 청구법인의 설립 이후로는 A병원에 거의 출근하지 아니하였고, 특히 처분청이 제시하는 이메일 발신일에는 출근한 사실이 없다.(3) A병원의 직원이 청구법인의 업무를 도운 것은 쟁점부동산 취득 이후의 일이다.처분청은 a이 운영하는 A병원의 직원이 청구법인의 인적 설비인 것처럼 주장하나, A병원 직원이 청구법인의 업무를 일부 지원하게 된 것은 2023년도에 이르러서야 이루어진 일이고, 오히려 청구법인은 쟁점부동산 취득 직후인 2021년 8월부터 소속 직원을 고용하여 업무처리를 진행하였다. 즉, 처분청은 쟁점부동산 취득 이후의 사정을 놓고서 쟁점부동산 취득 시점의 업무처리에 대해 잘못된 판단을 하고 있다.(4) 청구법인은 주로 관계사들의 사무실에 방문하여 주된 업무처리를 하였다.부동산 개발이라는 청구법인의 업무 특성상 주된 업무의 내용은 계약서의 작성이나 담당자 미팅 등과 같은 것인데, 그와 같은 업무 처리는 건축사무소나 건설사, 법무법인 등에 방문하는 방식으로 처리되었다. 이는 관계사의 직원들이 발급한 확인서 등에 의해 확인할 수 있다.(5) 처분청은 등기부상 본점을 부인할 만한 아무런 사정을 제시하고 있지 못하고 있다.회사의 본점 소재지는 「상법」 제180조 및 제170조 제5호에 따른 필요적 등기사항에 해당하여 청구법인의 경우에도 경기도 파주시 및 서울특별시 구로구가 등기부상 본점 소재지로 기재되어 있다. 그런데 상업등기에는 원칙적으로 등기된 사항이 진실하다는 사실상의 추정력이 있으므로(인천지방법원 2021. 10. 29. 선고 2021가합51248 판결, 대법원 1991. 12. 27. 선고 91다4409, 91다4416 판결 등), 이를 번복하여 다른 곳에 사실상의 본점이 있음을 이유로 과세처분을 하기 위해서는 과세관청에 의한 엄격한 입증이 필요하다. 그러나 처분청은 a이 병원을 운영하고 있다는 것 외에 아무런 사실을 제시하고 있지 못하고 있다.(6) 처분청은 a의 진술을 거짓으로 원용하고 있다.a은 “A병원에서 청구법인의 업무를 처리하였다”고 말하지 않았고, “업무 특성상 외부출장이 많고 주로 외부에서 업무지시를 결정(한다)”고 진술하였으며, “업무를 처리함에 있어 A병원의 직원의 도움을 받기도 하였다”는 사실을 인정하지 않고, “편의상 직원에게 집행 요청을 한 경우가 있기는 하나 이는 주로 2023년도부터” 라고 진술하였다.청구법인은 종업원이 오피스텔 신축, 분양 업무를 한 사실이 없는 점을 자인한바 없고, 최초 직원의 경우 파주사업장에서 2달 정도 근무하다가 퇴사하였고, 다른 직원은 약 11개월 정도 파주사업장 및 구로사업장으로 출근하였다고 밝혔을 뿐임에도 처분청의 주장은 청구법인(공동대표이사 a)의 진술을 왜곡하고 있는 것이다.따라서, 처분청이 쟁점부동산의 취득을 대도시에 본점을 설립하고 5년 이내에 대도시에 소재하는 쟁점부동산을 취득한 것으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.나. 처분청 의견(1) 청구법인의 파주사업장 및 구로사업장은 대도시 내 법인 설립에 따른 부동산 취득 중과세를 회피하기 위하여 형식적으로 등기된 본점으로 보아야 한다.청구법인의 파주사업장 및 구로사업장은 모두 공유형 오피스로 확인되고, 파주사업장에 대한 임대차계약서상 그 사용면적은 2평에 불과하며, 구로사업장에 대한 임대차계약서에는 사용면적도 기재되어 있지 않고 있어 청구법인이 고용한 직원이 근무 가능한 제대로 된 물적설비가 갖추어진 장소로 보기 어렵다.공동대표이사 중 a은 자신이 원장으로 있는 A병원에서 청구법인 업무를 처리하였다는 사실과 자신의 업무를 처리함에 있어 A병원의 직원의 도움을 받기도 하였다는 사실을 인정하고 있다.다른 공동대표이사인 b는 자신의 주소지인 서울특별시 강남구에서 파주사업장으로 이동하면서 지출한 법인카드내역 및 비용 지출내역이 존재하지 않고, 파주사업장에서 b가 청구법인에 대한 업무를 진행한 기록이 존재하지 않는다.청구법인의 직원 채용일인 2021.5.2.부터 2021.7.14.까지 근무기간 중 파주사업장 근처에서 식비, 사무용품 구매 등 법인카드 지출내역이 존재하지 않고, 청구법인의 직원은 월 평균 6일 정도만 청구법인의 공유오피스를 방문하여 우편물을 수령하는 등 단순사무보조 업무만을 수행하였던 것으로 보인다.(2) 청구법인의 주된 업무 및 중추적인 의사결정은 공동대표이사인 a이 A병원에서 수행하였으므로 A병원을 청구법인의 본점으로 보아야 한다.청구법인은 설립 이후 쟁점부동산을 취득하여 오피스텔을 개발하는 사업을 영위하였고, 오피스텔 개발업무는 토지 취득, 신탁계약, 오피스텔 신축을 위한 자금 조달 및 관리, 각종 인·허가, 건설공사계약 등이 주된 영업활동으로, 청구법인의 공동대표이사 a은 이러한 주된 오피스텔 개발업무를 직접 수행하였다.a은 이러한 업무를 수행함에 있어 B(금융대리기관, 서울시 소재), 법무법인 C(서울시 소재, 약정서 작성 및 검토), D사무소(설계 용역