재조사 결정 이후 처분청이 당초 처분을 그대로 유지한 것이 재조사 결정의 기속력에 위배되는지 여부

재조사 결정에 따른 추가 조사 없이 동일한 사실관계 하에서 당초 처분을 유지하는 것은 「국세기본법 65조 제6항에서 규정한 당초의 처분을 취소·경정하지 아니할 수 있는 사유에 해당하지 않아 기속력에 반하는 위법한 처분에 해 서산세무서장이 2021.3.18. 청구인에게 한 2019년 제2기 부가가치세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2004.12.13. 공동사업자인 A(청구인과 합하여 “청구인 등”이라 한다)와 충청남도 서산시 OOO를 사업장으로 하고, 상호를 ‘B’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)으로 하여 부동산 임대업 및 건물신축판매업을 개업하였다(청구인 지분 49%, A 지분 51%).나. 청구인 등은 2019.7.17. 쟁점사업장의 상가건물(1층~4층, 전체 71개 호실, 12호실 분양 후 잔여 59호실) 중 42개 호실(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 영화관 운영업/부동산 임대업을 영위하는 주식회사 C(이하 “C”라 한다)에게 매매가액 OOO원[건물 OOO원(부가가치세 포함), 토지 OOO원]에 양도(이하 “쟁점매매계약”이라 하고, 그 계약서를 “쟁점매매계약서”라 한다)하였다.다. 청구인 등은 2020.1.19. 납부할 세액을 OOO원으로 하여 2019년 제2기 부가가치세를 확정신고하였고, 처분청은 청구인 등이 2019년 제2기 확정신고분 부가가치세를 납부하지 아니하자, 2020년 3월 가산세를 포함하여 2019년 제2기 부가가치세 OOO원을 무납부고지하였다.라. 한편 청구인은 2020.11.4. 쟁점부동산의 매매가 사업의 포괄양수도에 해당함에도 공동사업자인 A가 청구인 몰래 OOO원을 공급가액으로 하여 매출세금계산서를 발급함과 동시에 2019년 제2기 부가가치세 확정신고도 하였다고 주장하며 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 이에 대하여 대전지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점부동산의 양도는 사업의 포괄양수도에 해당하지 않는다고 보아 2021.3.18. 경정청구 거부통지를 하였다.마. 이에 청구인은 2022.12.27. 심판청구(조심 OOO 2023.12.23.)를 제기하였으며, 우리 원은 청구인이 3년여간 임대업을 영위하여 양수인인 C와 업종의 동일성이 유지되는 점 등을 이유로 쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄양도에 해당하지 않는다고 단정하기 어렵다고 판단하면서,다만, 쟁점부동산 관련 모든 권리·의무 및 임차인의 승계여부가 구체적으로 확인되지 않아 그 사실여부가 불분명하(조심 OOO, 2023.12.23.)므로 이를 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하라고 결정하였으나, 조사청은 2024.2.20. 청구인에게 당초 처분을 유지한다는 처분결과통지를 하였다.＜표1＞ 조심 OOO(2023.12.23.) 결정 주문 및 이유○○○바. 청구인은 이에 불복하여 2024.4.2. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 처분청의 당초 처분 유지 결정은 조세심판원의 재조사 결정의 기속력에 반하는 것으로 위법하다.(가) 청구주장에 앞서 쟁점부동산의 양도, 당초 처분 및 처분 유지 결정의 경과는 아래와 같다.1) 청구인 등은 2015년 8월경 쟁점부동산을 신축한 후 공동사업을 위하여 차입한 채무에 비하여 쟁점부동산의 분양이 부진하고 영화관 이외의 임대수익도 크지 않아 공동사업을 양도하고자 하였고, 2018.8.28. D와 C에게 공동사업을 양도하기 위하여 ‘B 이행계약’(이하 “쟁점이행계약”이라 한다)을 체결하였으나, 공동사업 양도대가로 청구인이 당초 받기로 한 OOO원 중 OOO원만 지급 받은 상태에서 쟁점이행계약이 제대로 이행되지 아니하였다.2) 이에 청구인 등은 2019.7.17. 쟁점사업장 중 근린생활시설 17세대를 제외한 쟁점부동산을 먼저 C에게 양도하기로 하고, C가 쟁점부동산의 금융사상환금, 채무상환금, 임대차보증금 등 채무 전부를 모두 인수하기로 하는 쟁점매매계약을 체결하였다. 쟁점매매계약의 매매대금은 토지 OOO원과 건물가격 OOO원을 합한 OOO원으로 하였다.3) 청구인 등은 쟁점매매계약과 같은 날 매매계약에 우선하는 특약(이하 “쟁점특약”이라 한다)을 체결하였고, 쟁점특약에는 체납 건강보험료를 포함하여 쟁점매매계약 및 쟁점특약에 표기되지 않은 B타운 사업과 관련된 채무가 발생할 경우 해당 채무를 C와 A, D가 모두 인수하는 내용이 담겨있다.4) 청구인은 2020.11.4. 쟁점매매계약은 단순 부동산 매매계약이 아닌 쟁점특약 등에 따라 부동산 임대업의 포괄양도에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아니라고 보아 경정청구를 하였으나, 조사청이 2021.3.18. 이를 거부함에 따라 청구인은 2022.12.27. 심판청구를 제기하였다.5) 이에 조세심판원은 2023.12.26. 쟁점부동산의 권리·의무 및 임차인을 승계하였는지 여부 등 사업의 양도에 해당하는지 여부를 재조사하라는 결정을 하였으나, 처분청이 2024.2.19. 당초 처분을 유지하는 결정을 함에 따라 청구인은 다시 심판청구를 하게 되었다.(나) 조세심판원의 재조사 결정에 대한 「국세기본법」상 규정 및 대법원 판결과 조세심판원의 결정은 아래와 같다.1) 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호 단서에 따르면 재조사 결정은 조세심판원 결정의 한 유형으로, ‘취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다’라고 규정되어 있다.2) 대법원은 이러한 재조사 결정에 대하여 ‘재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사 결정을 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형 결정에 해당하므로(대법원 2010.6.25. 선고 2007두12514판결), 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다고 보아야 한다. 따라서 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건 사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 할 것이다’라고 판시(대법원 2017.5.11. 선고 2015두37549 판결)한 바 있다.3) 이외에도 처분청이 원고가 판매원들에게 물품을 판매한 것은 모두 재화를 실제로 공급한 것이라고 주장한 건과 관련하여 조세심판원이 원고의 판매원들에 대한 물품판매 또는 물품 구입 전부가 재화의 공급에 해당하지는 않는다는 전제에서 실질적으로 원고의 청구를 일부 또는 전부 인용하는 취지로 재조사 결정을 하였음에도 처분청이 여전히 원고의 물품 구입 및 물품 판매 전부가 실질적인 재화의 공급에 해당한다는 전제에서 당초 세액을 그대로 유지한 것은 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단에 반하는 것으로 재조사 결정의 기속력에 어긋나므로 당초 처분을 취소한다고 판결(대법원 2023.8.18. 선고 OOO 판결)하는 등 재조사 결정의 기속력을 인정하여 당초 처분을 유지한 결정을 취소한 바 있다.4) 조세심판원 또한 상기 대법원 판결 취지 등에 따라 ‘향후 2년간 가입자 수수료 예상금액’을 확정된 외상매출금으로 보아 외상매출금에 포함하여 순자산가액에 반영하여 증여세를 과세한 건과 관련하여 쟁점외상매출금을 실제 외상매출금이 아닌 앞으로 발생할 수입금액을 미리 예상하여 계상한 금액이라 보고 과다 계상된 외상매출금에 대하여 재조사하도록 하였음에도, 처분청이 재조사 결정의 취지와 달리 당초 처분을 그대로 유지한 사안에 대하여 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 보아 당초 처분을 취소하는 결정(조심 2022인6423, 2023.1.4.)을 한 바 있다.(다) 위와 같은 법리와 판례 등에 비추어 이 건을 살펴보면, 재조사 결정의 주문에서 쟁점부동산의 권리·의무 및 임차인을 승계하였는지 여부 등을 재조사하라고 결정하였으나, 처분청은 근거도 구체적으로 기재하지 않고 당초 처분 유지 결정을 하였는바 이는 조세심판원의 재조사 결정 사항을 조사하지 아니하고 처분을 한 것이므로 재조사 결정의 기속력에 반하는 것이다.특히 재조사 결정의 판단을 살펴보면, ‘① 양수인인 C와 임차인간 임대차계약서상 C가 임대차계약을 모두 승계하는 것으로 기재되어 있는 것으로 보아 처분청의 양수인에 대한 부가가치세 환급 검토 당시 “임차권 등 소유권의 완전한 행사를 제한하는 권리가 설정되어 있을 때에는 이를 소멸시켜 완전한 소유권으로 이전하는 조건으로 계약이 체결되었다”는 내용과 일치하