중복조사 및 과세전적부심 기회를 박탈한 절차적 하자 여부 등

이중계약서 작성 등 조세 탈루혐의를 인정할 만한 자료가 발견되어 청구인과 배우자에 대한 실지조사를 실시한 것으로, 조사대상도 다르고 같은 세목·과세기간도 아니어서 재조사금지사유에 해당하지 않고, 과세처분이 일부 지체되었다 하더라도, 그 과세자료 검토 등 처리 절차 과정이 청구인의 과세전적부심사 기회를 박탈하기 위하여 업무를 해태한 것이라고 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. ㈜a(이하 “쟁점시행사”라 한다)는 도시개발사업에 따라 대구광역시 달서구 OOO 토지 면적 1,135㎡, 대구광역시 달서구 OOO토지 면적 1,298㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 지상8층, 지하3층의 OOO상가건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 분양하였는데, 쟁점건물이 소재한 토지와 관련하여 대구광역시 달서구 OOO중 402㎡(이하 “쟁점토지1”이라고 한다)를 소유한 청구인, 대구광역시 달서구 OOO중 661㎡(이하 “쟁점토지2”이라고 한다)를 소유한 청구인의 배우자 및 다른 토지 공동소유자들 5인은 2014.9.26. 토지를 쟁점시행사에 소유권이전하였으며, 이후 청구인과 청구인의 배우자는 쟁점토지1·2에 대한 양도소득세를 신고·납부하였다.나. 처분청은 2023.6.7.∼2023.8.12. 기간 동안 양도소득세 실지조사를 실시하여 청구인과 청구인 배우자가 이중계약서 작성 등의 방법으로 토지 양도가액을 축소하여 부당하게 양도소득세를 과소신고한 것으로 판단하고, 부과제척기간 10년을 적용하여 2023.8.16. 청구인 및 청구인 배우자에게 각각 양도소득세 OOO원 및 OOO원을 과세예고통지하였다.다. 청구인과 청구인 배우자는 이에 불복하여 2023.9.4. 과세전적부심사를 제기하였는데, 2023.11.22. 이중계약서 작성 등의 부정행위가 없었다는 청구주장을 받아들여 부과제척기간 10년 적용은 위법하다고 판단하였으나, 토지 양도대금을 초과하는 수익금(이하 “쟁점소득”이라 한다)은 양도소득이 아니라 이자소득(비영업대금의 이익) 또는 사업소득으로 보아야 한다는 취지로 결정하였다.라. 처분청은 과세전적부심사 결과에 따라 양도소득세 과세예고통지처분을 취소하고, 쟁점소득에 대하여 기타 비영업대금이자 소득자료로 2023.12.경 과세자료 통보하였다.마. 처분청(소득세과)은 2024.1.10. 과세자료 내용을 검토하여 2024.2.13. 쟁점소득의 소득 구분에 대하여 추가 보정이 필요하다는 취지로 처분청(재산세과)에 자료를 반송하였고, 처분청(재산세과)은 2024.3.15. 재차 쟁점소득이 비영업대금이익에 해당한다는 내용으로 과세자료 통보하여 2024.3.18. 처분청(소득세과)이 최종 수보하였다.바. 처분청은 2025.3.24. 쟁점소득이 사업소득으로서 청구인에게 귀속되는 것이라고 판단하여 청구인과 청구인 배우자가 청구인이 100% 주주인 b(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 양도한 채권액 OOO원 중 토지매매가액 OOO원을 제외한 채권액 OOO원에 대해 기준경비율을 적용하여 추계결정하는 것으로 청구인에게 과세예고통지를 하고 2025.5.8. 청구인에게 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정·고지하였다.사. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.5. 이의신청을 거쳐, 2025.9.3. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) (쟁점①) 처분청이 쟁점법인에 대한 서면조사를 실시하고 청구인과 청구인의 배우자에 대한 양도소득세 조사를 한 것은 중복조사에 해당한다.세무조사의 범위에 대한 대법원 판례(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결)에 따르면, “세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다.”라고 판시하였다.다른 판례(서울행정법원 2017.2.14. 선고 2016구합55704 판결)에서도 2012년 세무조사시 다른 부동산 취득자금 조사와 동일한 방법으로 이 사건 토지 취득에 관한 소명자료 제출을 요구하였으므로 2012년 소명자료 제출 요구는 조사에 해당하고 2014년 조사 후 한 이 사건 처분은 중복조사에 따른 위법한 처분에 해당한다고 판단하였다.처분청(소득세과)은 2022.8. 쟁점법인에 대하여 서면조사를 실시하고 조사시 확인된 자료를 처분청(재산세과)으로 통보하였으며, 처분청(재산세과)은 통보된 자료를 바탕으로 2023.6.7.∼2023.8.12. 기간 동안 양도소득세 실지조사를 실시하였는데, 이 기간 동안 처분청 조사자는 청구인의 주소지에 내방하여 양도소득인지 사업소득인지 여부에 대하여 조사하였으며, 그 조사결과는 아래 ＜그림1＞과 같이 과세전적부심사시 처분청의 답변서에도 반영되어 있다.＜그림1＞ 2023.11.22. 과세전적부심사결정문 중 처분청 의견또한 2023.11.22. 과세전적부심사가 채택되자 처분청(소득세과)은 이미 조사한 내용에 대하여 다시 2024.12.2. 청구인에게 소명서를 요구하고 이를 바탕으로 2025.5.8. 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 고지하였다.처분청은 동일한 방법으로 쟁점토지1·2의 양도 관련 청구인과 청구인 배우자, 청구인이 주주로 있는 쟁점법인을 수차례 조사하였으며, 이는 「국세기본법」 제81조의4에서 금지하는 중복조사에 해당한다.(2) (쟁점②) 청구인에게 부과제척기간이 임박한 2025.3.27. 과세예고통지를 한 것은 청구인이 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기회를 부여하지 않은 것으로 절차상 하자가 있다.조세는 국민의 재산권을 중대하게 제한하는 것이므로, 국가의 과세권은 반드시 적정하고 민주적으로 행사되어야 하며, 이에 따라 「국세기본법」 제15조는 ‘세무공무원이 직무를 수행할 때에는 신의에 따라 성실하게 해야 한다.’고 규정하고, 같은 법 제81조의16 제1항은 ‘국세청장은 직무를 수행함에 있어 납세자의 권리가 보호되고 실현될 수 있도록 성실하게 노력하여야 한다.’고 규정하고 있다.그러므로 세무공무원 과세관청으로서는 신고 내용을 확인하는 과정에서 과세전적부심사 받을 기회를 포함하여 납세자의 실체적·절차적 권리가 부당하게 침해되지 않도록 신속·적정·성실하게 담당 업무를 처리할 의무를 당연히 부담하는 것이다.납세자에게 과세전적부심사 기회를 부여하지 않고 내려진 과세처분에 관해, 대법원은 “납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이고, 원고에게 충분히 해명할 기회를 부여하는 측면에서 이 사건 처분은 취소되어야 한다”고 판시(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결)하였다.조세심판원도 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에서 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 한 규정은 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 문제점 등을 해소하기 위하여 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 한 것으로, 과세관청이 과세자료 수보(생성) 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 경우까지 해당 규정을 적용하려는 것은 아니라고 보고 있다.그러므로 2024년 3월 수보한 과세자료를 2024년 12월에서야 소명안내문을 발송한 후 납세자의 해명이 그 해에 있었음에도 불구하고 부과제척기간 임박을 이유로 소득세를 과세하였던 점 등에 비추어 이는 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해하였기에 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하다고 할 것이다.대법원은 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었