종전결정에도 불구하고 처분청이 당초 원처분을 그대로 유지한 것은 재조사결정의 기속력에 반하여 위법하다는 청구주장의 당부

처분청이 종전결정에도 불구하고 당초 결정을 유지한 것은 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하므로 취소되어야 할 것인바 처분청이 청구인들에게 한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨 서울특별시 성동구청장이 2022.10.6. 청구인들에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 서울특별시 성동구 OOO 소재 건축물 5층 170.32㎡ 및 그 부속토지 32.4㎡ 대해 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 중과세율 적용을 배제하여 그 세액을 경정한다. 1. 처분 개요가. 청구법인과 청구법인의 대표자인 청구인 AAA(청구법인과 합하여 “청구인들”이라 한다)은 2017.8.7. 서울특별시 성동구 OOO 소재 토지 1,312㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고, 도시형 공장을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여「서울특별시 시세 감면 조례」제8조(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에 따른 감면율(50%)을 적용한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.나. 이후, 청구법인은 2020.11.13. 이 건 토지 위에 건축물 7,236.58㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하고, 이 건 감면규정에 따른 감면율(50%)를 적용한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.다. 한편, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산 중 주식회사 OOO에게 임대한 부분 1,923.47㎡와 그 부속토지 365.92㎡(이하 “쟁점임대부분”이라 한다), 근린생활시설로 용도 변경한 부분 271㎡와 그 부속토지 51.7㎡를 그 취득일로부터 5년 이내에 공장용 이외의 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보아 이 건 감면규정 제2호에 따라 추징하고, 청구법인의 사무실 사용면적 289,85㎡ 중 이 건 건축물 전체 면적에서 임대면적으로 사용하는 비율(58.76%)을 적용한 170.32㎡와 그 부속토지 32.4㎡(이하 “쟁점사무실”이라 한다)은 「지방세법」 제13조 제1항의 과밀억제권역 내 본점 신축에 대한 중과세율을 적용하여 2022.10.6. 청구인 등에게 기 감면한 취득세 등 OOO원을 아래 ＜표1＞과 같이 부과·고지하였다.＜표1＞ 이 건 취득세 등의 부과 내역(단위 : 원)○○○라. 청구인들은 이에 불복하여 2022.12.2. 이의신청을 거쳐 2023.5.22. 심판청구를 제기하였는데, 우리 원은 2024.11.21. 쟁점임대부분 등에 대한 주장은 기각하고, 쟁점사무실 부분은 재조사 결정(조심 2023지3815·3816(병합), 이하 “종전결정”이라 한다)을 하였다.마. 처분청은 2025.1.24. 청구인들이 주장하는 매출액 비율로 안분하는 것은 합리적이지 않는다는 취지로 당초 처분을 유지하는 결정을 하였다.바. 청구인들은 이에 불복하여 2025.2.21. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장청구인 등은 제조업과 임대업을 겸영하는 사업자로서 이 건 과세처분의 쟁점은 공장의 취·등록세 감면을 적용하면서 감면 적용이 배제되는 임대업 관련 부분 산출방식에 대한 청구인과 처분청과의 이견이다.처분청은 단순히 쟁점부동산의 임대면적 비율로 안분 계산하였으나 당초 조세심판원의 결정 내용은 제조업과 임대업은 그 업무량에 상당히 차이가 있어 단순 임대면적 비율에 의한 계산은 불합리하므로 매출액 비율 등 합리적인 방법으로 임대업과 관련된 비율을 재산정하도록 주문하였다.종전결정에 대하여 처분청은 임대물건이 일정기간 공실이거나 임대료의 변동이 존재하므로 합리적인 안분기준으로 삼기 어렵다면서 당초 처분(임대면적비율)이 정당하다는 의견이다.그러나, 입법 미비로 특정 사안의 판단 기준에 대하여 상식 및 합리적인 판단기준과 법 규정이 다를 시에는 법 규정을 따라야 하지만, 그렇지 않을 시에는 상식과 합리적인 판단기준으로 판단하여야 할 것이며 특히 납세자에 대한 부과처분은 재산권을 침해하는 것으로서 법 규정이 없거나 미진할 경우에는 건전한 상식과 합리적인 판단기준으로 국고주의가 아닌 납세자에게 유리하도록 적용하여야 할 것이다.처분청은 법에 근거하지 아니한 채 미래에 변동될 수도 있다는 추정에 근거하여 기속력이 있는 종전결정을 배제하고 임의적으로 판단하고 있으므로 이는 위법하다.「지방세법 시행령」 제45조(대도시 법인 중과세의 범위와 적용기준)에서 “과세표준이 구분되지 아니한 경우 직전 사업연도(직전 사업연도의 매출액이 없는 경우에는 해당 사업연도, 해당 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 그 다음 사업연도)의 매출액 기준으로 안분하여 과세한다”고 규정하고 있음에도 매출액이 수시로 변동하여 적용하기 어렵다는 처분청의 논리라면 상기 조항도 적용할 수 없다는 논리로서, 매출액 기준으로 안분계산을 하여야 한다는 법규정이 있음에도 개인적인 판단으로 매출액 기준으로 안분계산이 적정하지 않다.따라서 당초 종전결정 취지에 따라 감면배제 면적 산정시 처분청의 단순 임대면적비율이 합리적인 직전기의 매출액 비율로 안분된 방법을 적용하여야 한다.나. 처분청 의견청구인들은 처분청이 안분기준으로 삼은 연면적 비율 대신 매출액 등 비율의 안분기준을 보다 합리적인 기준으로 보아 경정청구하였고, 조세심판원이 처분청의 당초 처분을 부적합하다고 판단하여 재조사하여 경정하라는 결정을 했음에도 매출액 등 비율이 변동 가능성이 있다는 이유로 처분청이 당초 처분을 유지하기로 결정한 것은 부당하다고 주장하고 있다.처분청은 조세심판원의 종전결정 취지에 따라, 본점 사무실 면적 내에서 중과세 대상이 되는 구체적인 면적을 산정하기 위해 더 타당하고 납득할 만한 기준을 재조사하였다.이에 앞서, 우선적으로 청구인 등이 주장한 세금계산서의 발급 건수나 매출액 비율을 기준으로 본점 사용면적을 검토하였지만, 이러한 기준은 임대 물건이 일정 기간동안 공실 상태일 가능성이 있거나, 임대료를 사정에 따라 인하하는 등의 변동성이 존재하여 합리적인 안분 기준으로 삼기 어렵다.또한 청구인들이 제시한 매출액 비율 기준은 「지방세법 시행령」제45조 제5항의 대도시내 법인 전입에 따른 등기, 즉 법인등기에 관련된 규정으로서, 이러한 규정을 준용할 근거가 없다.따라서, 처분청은 부득이하게 보다 안정적이고 명확한 연면적 비율의 안분 기준을 유지하기로 결정한 것이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 사무실로 사용한 면적을 임대면적 비율로 안분하여 과밀억제권역 안 취득세 등을 중과한 처분이 재조사 기속력을 위반한 것인지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 심리 및 판단(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2008.8.12. OOO에서 인쇄업 및 출판업, 전자상거래업, 수출입업, 광고물 제작 및 광고대행업 등을 목적사업으로 설립하였다.(나) 처분청은 2022.3.8. 쟁점부동산 중 1층 내지 3층, 7층 및 8층의 용도를 ‘공장’에서 근린생활시설 및 업무시설로 변경하여 사용승인한 것으로 나타난다.(다) 처분청은 2022.4.5. 쟁점부동산에 대한 현황 조사를 실시하였고, 그 결과보고서에는 임대 부분은 임차인이 별도의 제조시설을 갖추고 있지 아니한 상태에서 출판업에 사용하고 있고, 5층에는 청구법인의 본점이 위치해 있으며, 나머지 부분은 임대나 공실 상태인 것으로 되어 있다.(라) 처분청이 작성한 과세 사유 내역서의 일부내용은 아래와 같다.○○○(마) 청구인들이 제출한 자료에 따르면, 청구법인의 2022년 부가가치세 신고서에는 전체 과세표준 OOO원 중 임대업의 공급가액은 OOO원으로 나타나고, 이 자료를 기초로 청구인 등이 산정한 비율은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 청구인들이 산정한 비율(단위 : 건, 원, %)○○○(바) 우리 원의 종전결정의 판단부분은 아래와 같다.＜조심 2023지3815·3816(병합), 2024.11.21 결정서 내용 중 발췌＞ (가) 먼저, 청구인 등은 지식산업센터(아파트형 공장) 관련 규정을 들어 도시형 공장의 업종에 출판업도 포함된다고 주장하나, 산업집적법은 출판업 등이 입주할 수 있는 지식산업센터와 도시형 공장을 별개로 구분하여 규정하고 있고, 산업집적법 제28조 및