통합고용세액공제 최초 적용시 중소기업 사회보험료세액공제 2차연도 공제 중복적용 가능 여부

1. 사실관계 ○ 질의법인은 관광자원의 개발·홍보를 통한 지역경제 및 관광산업 활성화를 목적으로 지방자치단체가 100% 출자하여 설립한 공기업임 - ’21∼’23사업연도 상시근로자수 현황은 아래와 같으며 ’22사업연도에 중소기업 사회보험료 세액공제 1.4억원 공제받음(조특법상 중소기업에 해당) 구분 ’21년 ’22년 ’23년 인원 인원 증감 인원 증감 청년등 48.83 51.41 2.58 83.41 32.00 청년등 외 222.08 273.75 51.67 294.83 21.08 전 체 270.91 325.16 54.25 378.24 53.08 2. 질의내용 ○ ’22사업연도에 중소기업사회보험료세액공제 최초 적용 후 ’23사업연도에 통합고용세액공제(최초)와 중소기업사회보험료세액공제(2차년도)를 동시에 적용할 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제29조의8 【통합고용세액공제】 ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 또는 경력단절 여성 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등상시근로자"라 한다)의 증가 인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,450만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,550만원)]을 곱한 금액 2. 청년등상시근로자를 제외한 상시근로자의 증가 인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액) 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 850만원 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 950만원 ② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액(제1항에 따른 공제금액 중 제144조에 따라 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액을 말한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. ③∼⑧ (생 략) ○ 조세특례제한법 제30조의4 【중소기업 사회보험료 세액공제】 ① 중소기업이 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 청년 및 경력단절 여성(이하 이 조에서 "청년등"이라 한다) 상시근로자고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액: 청년등 상시근로자 고용증가인원으로서 대통령령으로 정하는 인원 × 청년등 상시근로자 고용증가인원에 대한 사용자의 사회보험료 부담금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 × 100분의 100 2. 청년등 외 상시근로자 고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액: 청년등 외 상시근로자 고용증가인원으로서 대통령령으로 정하는 인원 × 청년등 외 상시근로자 고용증가인원에 대한 사용자의 사회보험료 부담금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 × 100분의 50(대통령령으로 정하는 신성장 서비스업을 영위하는 중소기업의 경우 100분의 75) ② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 중소기업이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도에 대하여 같은 항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도에 대하여 같은 항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. ③∼⑥ (생 략) ○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】 ⑪ 제29조의8제1항은 제29조의7 또는 제30조의4에 따른 공제를 받지 아니한 경우에만 적용한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제27조의4 【중소기업 사회보험료 세액공제시 상시근로자의 범위 등】 ①∼② (생 략) ③ 법 제30조의4제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 인원"이란 해당 과세연도에 직전 과세연도 대비 증가한 청년등 상시근로자수(그 수가 음수인 경우 영으로 본다)를 말한다. 다만, 해당 과세연도에 직전 과세연도 대비 증가한 상시근로자 수를 한도로 한다. ④∼⑦ (생 략) ⑧ 법 제30조의4제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(해당 과세연도에 청년등 상시근로자를 대상으로 법 제30조의4제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사회보험에 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액에 대하여 국가 및 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조 에 따른 공공기관이 지급했거나 지급하기로 한 보조금 및 감면액의 합계액은 제외한다)을 말한다. ⑨ 법 제30조의4제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(해당 과세연도에 청년등 외 상시근로자를 대상으로 법 제30조의4제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사회보험에 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액에 대하여 국가 및 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조 에 따른 공공기관이 지급했거나 지급하기로 한 보조금 및 감면액의 합계액은 제외한다)을 말한다. ⑩ 제8항 및 제9항을 적용할 때 사회보험료율은 해당 과세연도 종료일 현재 적용되는 다음 각 호의 수를 더한 수로 한다. 1. 「국민건강보험법 시행령」 제44조제1항 에 따른 보험료율의 2분의 1 2. 제1호의 수에 「노인장기요양보험법 시행령」 제4조 에 따른 장기요양보험료율을 곱한 수 3. 「국민연금법」 제88조 에 따른 보험료율 4. 「고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료 징수 등에 관한 법률」 제13조제4항 각 호에 따른 수를 합한 수 5. 「고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료 징수 등에 관한 법률」 제14조제3항 에 따른 산재보험료율 ⑪ 법 제30조의4제2항 후단에 따라 납부해야 할 소득세액 또는 법인세액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액(해당 과세연도의 직전 과세연도에 법 제30조의4제1항에 따라 공제받은 세액을 한도로 한다)으로 하며, 이를 해당 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부해야 한다. 1. 상시근로자 수가 감소한 경우: 다음 각 목의 구분에 따라 계산한 금액 가. 감소한 청년등 상시근로자의 수가 감소한 상시근로자 수 이상인 경우: 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 나. 그 밖의 경우: 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 2. 상시근로자 수는 감소하지 않으면서 청년등 상시근로자 수가 감소한 경우: 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 ⑫ 제11항을 적용할 때 최초공제연도에 청년등 상시근로자에 해당한 사람은 이후 과세연도에도 청년등 상시근로자로 보아 청년등 상시근로자 수를 계산한다. ⑬∼⑯ (생 략)