임대등록 당시 존속 중인 임대차계약이 임대료

1. 사실관계 ○ 2016.10.27. A주택 * 취득 * 임차인 甲( 임대기간 : 2016.10.18. ~ 2018.10.17., 임대보증금 130,000,000원) ○ 2018.01.29. A주택, 세무서 및 구청에 단기민간임대주택으로 등록 ○ 2018.06.25. A주택, 임대차계약 * 체결 (표준임대차계약서) * 甲 퇴거 후 乙에 임대(임대기간 : 2018.08.08. ~ 2020.08.07., 임대보증금 150,000,000원) ○ 2018.06.27. A주택, 구청에 장기일반민간임대주택으로 변경등록 ○ 2026.06.29. A주택 양도 2. 질의요지 ○ 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대등록 당시 존속 중인 임대차 계약이 「 조세특례제한법 」 제97조의3제1항제2호에 따른 임대료 증액 제한의 기준이 되는 최초 임대차계약에 해당하는지 3. 관련법령 □ 조세특례제한법 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도 소득세의 과세특례】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간 임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 (법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. 1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우 부칙 <제19199호, 2022.12.31.> 제38조(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 등록을 한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택에 대한 양도소득세 과세특례에 관하여는 제97조의3제1항의 개정규정에도 불구 하고 종전의 규정에 따른다. □ 조세특례제한법( 2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일) 까지 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제4 호에 따른 공공지원민간 임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반 민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반 민간 임대주택 으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기 민간임대 주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공 지원민간임대 주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외 한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기 일반 민간임대주택등”이라 한다)을 양도 하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 ｢소득세법｣ 제 95조제1항에 따른 장기보 유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제 2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반 민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제 율을 적용한다. 1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우 □ 조세특례제한법 시행령 (2023.02.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자”란 「소득세법」 제1조의2제1항제1호 에 따른 거주자를 말한다. ② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다. 1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 「주택법」에 따른 리모델링으로 임대할 수 없는 경우: 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다. 2. 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항 에 따라 등록이 말소되는 경우: 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다. ③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등”이란 다음 각 호의 요건을 말한다. 1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구 하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다. 2. 「주택법」제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것 3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것 4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것 ④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항 제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대 하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다. ⑤ 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항 본문에 따른 100분의 50의 공제율 또는 같은 항 단서에 따른 100분의 70의 공제율을 적용할 때에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다. ⑥ 법 제97조의3제2항에 따라 과세특례 적용의 신청을 하려는 자는 해당 장기일반민간임대주택등의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항ㆍ제4항 및 제6항을 준용한다. 부칙 <제33264호, 2023.2.28> 제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다. □ 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 【임대료】 ① 임대사업자가 민간임대주택을 임대하는 경우에 최초 임대료(임대 보증금과 월임대료를 포함한다. 이하 같다)는 다음 각 호의 임대료와 같다. <개정 2019.4.23, 2020.8.18, 2024.12.3> 1. 공공지원민간임대주택의 경우: 주거지원대상자 등의 주거안정을 위하여 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라 임대사업자가 정하는 임대료 2. 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택의 경우: 임대사업자가 정하는 임대료. 다만, 제5조에 따른 민간임대주택 등록 당시 존속 중인 임대차계약(이하 "종전임대차계약"이라 한다)이 있는 경우에는 그 종전임대차계약에 따른 임대료 ② 임대사업자는 임대기간 동안 임대료의 증액을 청구하는 경우에는 임대료의 5퍼센트의 범위에서 주거비 물가지수, 인근 지역의 임대료 변동률, 임대주택 세대 수 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 증액 비율을 초과하여 청구해서는 아니 된다. ③ 제2항에 따른 임대료 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못한다. ④ 임대사업자가 제2항에 따라 임대료의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우의 적용기준은 국토교통부령으로 정한다. ⑤ 임대사업자는 임대료를 현금 또는 「여신전문금융업법」제2조에 따른 신용카드, 직불카드, 선불카드를 이용한 결제로 받을 수 있다. < 2019.04.23. 법률 제16386호로 개정되기 전 > □ 민간임대주택에 관한 특별법 제44 조 【임대료】 ① 민간임대주택의 최초 임대료 (임대보증금과 월임대료를 포함한다. 이하 같다) 는 임대사업자가 정한다 . 다만, 공공지원민간임대주택의 최초 임대료는 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라야 한다. ② 임대사업자가 임대의무기간 동안에 임대료의 증액을 청구하는 경우에는 임대료의 5퍼센트의 범위에서 주거비 물가지수, 인근 지역의 임대료 변동률, 임대주택 세대 수 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 증액 비율을 초과하여 청구해서는 아니 된다 . 다만, 공공지원민간임대 주택은 임대의무기간을 넘는 임대기간 동안에 임대료의 증액을 청구하는 경우에도 이를 적용한다. <개정 2018.1.16, 2018.8.14> ③ 제2항에 따른 임대료 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못한다. <신설 2018.8.14.> 〈 부칙 제16386호, 2019.4.23.〉 제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다 . 제4조( 최초 임대료 및 임대차계약신고에 관한 적용례) 제44조제1항 및 제46조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 최초로 등록하는 민간임대주택부터 적용 한다 . ◇ 개정이유 임대수요가 높은 역세권에 공공지원민간임대주택을 신속하게 건설할 수 있도록 공공지원민간임대주택 공급촉진지구의 지정요건을 완화하고, 임대사업자가 임차인의 자격을 확인할 수 있는 절차를 마련하며, 장기일반민간임대주택 등의 경우 민간임대주택으로 등록 당시 존속 중인 임대차계약이 있는 경우 종전 임대차 계약에 따른 임대료를 기준으로 임대료 증액 상한이 적용되도록 그 임대료를 최초 임대료로 보도록 하는 한편, 공공지원민간임대주택 외의 민간임대주택에 대해서도 임대료 상한을 적용하는 기간을 임대기간으로 하고, 민간임대주택 규제의 실효성을 확보하기 위하여 임대사업자가 임대의무기간 내에 임대를 아니한 경우 등 의무를 위반한 경우에 부과하는 과태료를 상향하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것 임. ◇ 주요내용 다. 장기일반민간임대주택 등의 경우 민간임대주택 등록 당시 존속 중인 임대차 계약이 있는 경우에는 그 종전 임대차계약에 따른 임대료를 최초 임대료로 함 (제44조제1항). □ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제34조의2 【임대료】 법 제44조제2항 본문에서 "대통령령으로 정하는 증액 비율"이란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다. 1. 100세대 이상 민간임대주택단지(법 제2조제4호가목에 따른 공공 지원민간임대주택 중 20년 이상 임대할 목적으로 건설 또는 매입 하는 100세대 이상 민간임대주택단지는 제외한다): 「통계법」에 따라 통계청장이 고시하는 지출목적별 소비자물가지수 항목 중 해당 임대주택이 소재한 특별시, 광역시, 특별자치시, 도 또는 특별 자치도의 주택임차료, 주거시설 유지ㆍ보수 및 기타 주거관련 서비스 지수를 가중 평균한 값의 변동률. 다만, 임대료의 5퍼센트 범위에서 시ㆍ군ㆍ자치구의 조례로 해당 시ㆍ군ㆍ자치구에서 적용하는 비율을 정하고 있는 경우에는 그에 따른다 2. 제1호를 제외한 민간임대주택: 임대료의 5퍼센트. 다만, 주거비 물가지수 및 인근 지역의 임대료 변동률 등을 고려해야 한다 . □ 민간임대주택에 관한 특별법 제67조 【과태료】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 3천만원 이하의 과 태료를 부과한다. 4. 제44조제2항에 따른 임대료의 증액 비율을 초과하여 임대료의 증액을 청구한 자