「민간임대주택에 관한 특별법」 개정으로 임대사업자 등록이 자동말소된 쟁점임대주택에 대하여 재산세 감면분을 추징한 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부

쟁점임대주택은 자동말소(20.8.18.)된 주택으로서 21년~24년 과세기준일(6.1.) 당시 감면 요건을 충족하지 아니한바, 감면 대상으로 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2021년∼2024년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 서울특별시 OOO등 주택 40개호(전용면적 40㎡ 이하로 상세내역은 ＜별지1＞과 같고, 이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 보유하고 있고, 2013.5.15. 서울특별시 성동구청장에게 쟁점임대주택을 임대목적물로 하여 단기(5년)민간임대사업자로 최초 등록하였으며, 2013.7.2. 임대 개시 이후 「지방세특례제한법」(이하 “지특법”이라 하고, 「지방세특례제한법 시행령」은 “지특령”이라 한다) 제31조 및 지특령 제13조에 따라 2021년∼2024년 재산세 등의 100분의 50을 경감받았다.나. 등록관청은 쟁점임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부 개정된 것, 이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제6조 제5항 및 같은 법 부칙 제7조에 따라 2020.8.18. 임대사업자 자동말소 대상에 해당하는 것으로 보아 2025.3.11. 쟁점임대주택의 임대사업자를 말소하였고, 일부 내용을 정정하여 2025.4.8. 최종 말소하였다.다. 처분청은 쟁점임대주택에 대하여 지특법 제31조 및 지특령 제13조 제3항에 따른 감면요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 2025.6.10. 청구법인에게 2021년∼2024년 재산세 등 감면분 합계 OOO원을 부과·고지 하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.1. 이의신청을 거쳐 2025.11.24. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 사건 처분은 등록관청과 처분청의 과실로 인해 단기민간임대사업자로의 등록이 지속적으로 유효하다고 신뢰해 온 청구법인에게 한 처분으로 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙에 위배된다.(2) 등록관청과 처분청은 민간임대주택법 개정 이후부터 이 사건 처분일까지 4년 동안 청구법인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적견해를 지속적으로 표명하였다.(가) 등록관청은 2020.8.18. 민간임대주택법 개정 이후 4년이 넘는 기간 동안 쟁점임대주택에 대한 단기민간임대주택 임대사업자를 말소하지 아니하다가 2025.4.8.에서야 민간임대주택법이 개정된 2020.8.18.자로 소급하여 직권말소하였다. 그 결과 등록관청은 단기민간임대주택 임대사업자가 직권말소 되기 전까지 청구법인에 대하여 단기민간임대주택 임대사업자 등록이 유효하다는 취지의 견해표명을 지속적으로 해왔다.1) 등록관청은 2022.11.15., 2023.9.5. 청구법인에 대한 단기민간임대주택 임대사업자 등록이 유효하다는 취지의 증명서를 발급한 바 있다.2020.8.18. 민간임대주택법 개정 이후에는 단기(5년)민간임대주택과 장기(8년)민간임대주택 임대사업자 등록이 제도적으로 존재하지 아니함에도 등록관청은 그 사실을 간과하고 이러한 제도가 여전히 존재하고 청구법인의 임대사업자 등록이 유효하다는 취지로 공식적인 증명서류를 발급한 것이다. 행정기관이 발급하는 증명서류는 발급받은 당사자 및 그와 법률관계를 맺는 제3자에게까지 광범위한 신뢰를 부여하는 공신력 있는 자료이므로 공적견해의 표명이라고 볼 수 있다.2) 등록관청은 2021년부터 2025년까지 청구법인에게 등록면허세를 부과하였는바, 이는 단기민간임대주택 임대사업자 등록이 유효하다는 것을 전제로 한 공적 견해의 표현에 해당한다. 청구법인은 2021.1.18., 2022.1.25., 2023.1.18., 2024.1.17., 2025.1.21. 각각OOO원의 등록면허세를 납부하였는데, 만약 청구법인이 납부한 등록면허세가 과오납된 것이었다면 처분청은 마땅히 이를 환급하거나 환급하기 위한 조치를 취했어야 하나, 지난 4년 동안은 물론이고 단기민간임대주택 임대사업자가 직권말소된 지 7개월이 경과한 현재까지도 이에 대해 어떠한 안내도 하지 않고 있다.3) 등록관청은 2020.8.18.∼2025.4.8. 전국 임대사업자 민원행정 One-Stop 서비스인 렌트홈(임대등록시스템으로 이하 “렌트홈”이라 한다)에 쟁점임대주택이 적법하게 등록된 것으로 표시하였는바, 이는 단기민간임대주택 임대사업자 등록이 유효하다는 취지의 공적 견해를 4년 동안 표명한 것으로 보아야 한다.(나) 처분청은 2020.8.18. 민간임대주택법 개정 이후 4년이 넘는 기간 동안 청구법인에 대하여 단기민간임대주택 임대사업자 등록이 유효하다는 취지의 견해표명을 지속적으로 하였고, 청구법인은 처분청의 요구사항을 성실히 이행하여 왔다.1) 처분청은 2022년 청구법인에게 우편으로 민간임대주택법에 따른 민간임대주택 부기등기를 하라고 요구하였는바, 청구법인은 처분청의 이러한 견해표명을 신뢰하여 2022.11.18. 쟁점임대주택을 포함한 63건의 부동산에 대하여 전부 부기등기를 하였고, 2025.3.6.까지 적법하게 임대차계약에 대한 신고 업무를 수행하였다.2) 처분청의 주택과 임대사업관리팀 담당자는 2023.8.2. 청구법인에게 임대차계약내역 전송 및 임대차계약신고 등을 요구하는 메일을 발송하였는바, 이는 청구법인에 대한 단기민간임대주택 임대사업자 등록이 유효하다는 것을 전제로 한 것이다.(다) 이와 같이 등록관청과 처분청은 4년에 걸쳐 다양한 형태로 청구법인의 단기(5년)민간임대주택 및 장기(8년)민간임대주택 임대사업자 등록이 유효하다는 공적 견해표명을 하였고, 청구법인은 이에 대해 강한 신뢰를 형성하게 된 것이다.(3) 청구법인이 등록관청과 처분청의 공적 견해표명을 정당하다고 신뢰한 데에 청구법인의 귀책사유가 없다.(가) 국회에서 1년에 발의되는 법안 수는 수천 건에 달하고, 그 중 1,000여 건이 본회의를 통과하고 있다. 일반 국민들로서는 어떤 법안이 개정되어 어떻게 시행되는지에 대해 알기 어려운데, 특히 행정상 등록·관리되는 부분에 대해서는 더더욱 행정기관의 조치를 신뢰할 수 밖에 없다.(나) 등록관청조차도 이미 민간임대주택법 개정으로 제도가 폐지되어 2년 이상이 경과하였음에도 단기(5년)민간임대주과 장기(8년)민간임대주택 임대사업자 등록이 유효하다는 취지의 증명서류를 발급하고 있고, 이러한 증명서류에 하자가 있다는 것을 어느 누구도 알아채지 못하였다. 등록관청 어느 누구도 인지하고 시정하지 아니하였던 사실을 일반 국민이 스스로 인지하는 것은 불가능하다.(다) 처분청의 주택과 담당자 또한 단기(5년)민간임대주택과 장기(8년)민간임대주택 제도가 폐지되었다는 사실을 간과하고 청구법인에게 민간임대주택 부기등기를 하라고 하거나, 임대차계약에 대한 신고 업무 등을 수행하라고 요청하였다. 처분청이 행정시스템으로 청구법인에 대한 정보를 조회하면 이미 제도가 폐지된 임대사업자 등록이 되어 있음을 확인할 수 있었을 것인데, 처분청의 임대사업 관련 부서에서 오래 근무한 공무원조차 인지하지 못하였던 사실을 일반 국민이 인지하는 것은 불가능하다.(4) 청구법인은 등록관청과 처분청의 잘못된 공적 견해표명으로 법률상 의무 없는 행위를 하였거나, 법률상 의무 없는 비용을 지출하였거나, 장기(10년)민간임대주택으로 재등록하여 적법하게 받을 수 있었던 재산세 감면을 받지 못하는 등 막대한 재산상 손해를 보았다.(가) 등록관청과 처분청은 오랜 기간 청구법인의 단기(5년)민간임대주택 및 장기(8년)민간임대주택 임대사업자 등록이 유효하다는 공적 견해표명으로 신뢰를 형성하였고, 이에 따라 청구법인은 등록면허세 납부(4년 동안 27만원), 임대료 증액 법정 기준(5%) 준수, 임대의무기간 내 지속적인 임대 등 법률상 의무 없는 행위를 지속하였다. 민간임대주택법은 임대사업자에게 각종 의무를 부여하고, 이에 대한 반대급부로 재산세 감면 등의 세제 혜택을 주고 있는 것인데, 만약 처분청이 이러한 재산세 감면분을 전액 추징한다면 청구법인은 아무런 세제 혜택도 받지 못하고 법률상 원인 없는 의무만을 이행하게 되어 상당한 재산상 손해를 보게 된다.(나) 청구법인은 처분청의 요구에 따라 민간임대주택 부기등기를 하기 위해 등기비용 및 법무사 보수 등으로 OOO원을 지출하는 등 이미 상당한 수준의 금전적 손해를 보았고, 임대차계약의 신고 업무 등 임대사업자 등록이 유효하다는 전제하에 각종 행정행위를 하였는바, 이러한 행정업무를 위해 지출된 인건비 또한 재산상의 손해로 보아야 할 것이다.만약 민간임대주택법 개