쟁점설비가 환경보전시설 투자세액공제 대상인 재활용시설에 해당한다는 청구주장의 당부

쟁점설비는 시멘트 제조 과정에서 발생하는 폐열을 대상으로 하는 회수시설과 그 폐열을 활용하는 발전시설로 이루어져 있는데, 그 중 회수시설은 시멘트 제조의 필수적인 설비가 아니라 폐열자원을 재사용하기 위해 추가 설치한 것으로, 재활용가능자원의 수집·운반·보관을 위하여 특별히 제조 또는 설치되어 사용되는 시설(자원재활용칙 §3)에 해당하므로, 쟁점설비 중 폐열 회수시설의 투자금액을 재조사하여 세액을 경정함이 타당함 남대문세무서장이 2025.1.20. 청구법인에게 한 2018사업연도 법인세 경정청구 거부처분은, 강원특별자치도 OOO에 위치한 청구법인의 A에 설치된 폐열발전설비 중 폐열을 수집·운반·보관하는 시설의 투자금액을 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 OOO 설립되어 서울특별시 OOO 소재지에서 OOO 제조·판매업을 영위하는 법인으로, 2016사업연도부터 2018사업연도까지 강원특별자치도 OOO에 위치한 A에 전력비 절감을 위한 대규모 폐열발전설비(이하 “쟁점설비”이라 한다)를 설치하는 투자를 수행하고 각 사업연도 투자금액(2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원 및 2018사업연도분 OOO원)에 대하여 「조세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특법”이라 한다) 제25조의2에서 규정하는 에너지절약시설 투자에 대한 세액공제(공제율 : 100분의 1, 이하 “에너지투자세액공제”라 한다)를 적용하여 법인세 산출세액에서 공제하였다.나. 이후, 청구법인은 2024.3.8. 처분청에 2018사업연도 투자금액에 대하여 에너지절약시설에 대한 투자세액공제가 아닌 조특법 제25조의3에서 규정하는 환경보전시설에 대한 세액공제(공제율 : 100분의 3, 이하 “환경보전투자세액공제”라 한다)를 적용하여 법인세 OOO원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 제기하였다.다. 처분청은 청구법인의 위 경정청구를 검토한 결과, 쟁점설비는 「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」(이하 “자원재활용법”이라 한다)에 따른 재활용시설에 해당하지 아니하여 환경보전투자세액공제를 적용할 수 없다고 보아 2025.1.20. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.11. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점설비는 자원재활법에 따른 재활용시설에 해당하므로 환경보전투자세액공제 대상자산에 해당한다. 조특법 제25조의3 및 같은 법 시행규칙 [별표 8의5]에 따르면 자원재활용법에 따른 재활용시설이 환경보전시설로 열거되어 있고, 자원재활용법 제2조 제10호 및 같은 법 시행규칙 제3조 제1호에서 ‘재활용시설이란 재활용가능자원의 수집·운반·보관을 위하여 특별히 제조 또는 설치되어 사용되는 수집·운반 장비 또는 보관시설’로 규정하고 있다.(가) 처분청은 자원재활용법상 재활용시설은 주로 폐기물의 수거·분리·가공을 위한 시설이고, 에너지 재활용시설로 인정받으려면 회수되는 폐열이 단순 사업상의 부산물이 아닌 폐기물 처리 과정에서 발생하는 열이어야 한다는 의견이나, 이는 문언에 근거하지 않은 해석이다. 자원재활용법 제2조의 재활용가능자원 및 재활용시설의 정의를 살펴보면, 「폐기물관리법」에는 ‘재활용’ 및 ‘폐기물’의 개념이 직접적으로 언급되어 있지 않고, 재활용가능자원은 부산물(제품의 제조·가공·수리·판매나 에너지의 공급 또는 토목·건축공사에서 부수적으로 생겨난 물건) 중 재사용 및 재생이용할 수 있는 것을 포함한다는 점에서 폐기물이 아닌 부산물도 포괄하고 있는 개념임을 확인할 수 있으며, 이는 청구법인의 질의에 대하여 ‘재활용가능자원으로서 폐열은 폐기물에 국한되지 않는 광의의 폐열이라고 답변한 환경부의 회신내용을 통하여도 확인할 수 있다.(나) 한편, 처분청은 쟁점설비가 에너지관련 사업으로 산업통상자원부의 승인을 받고 환경영향평가를 받은 사업의 설비이며 「에너지이용 합리화법」 등 에너지 관련 법령의 규제 및 관리대상임을 재활용시설에 해당하지 않는 이유 중 하나로 들고 있으나, 자원재활용법은 재활용시설에 대한 승인·신고의 절차를 규율하고 있지 않으며, 동 법에 따른 재활용시설은 「폐기물관리법」을 준용하여 인·허가를 받도록 하거나 「폐기물관리법」이 아닌 다른 법률에 근거하여 승인·신고된 시설은 재활용시설에 해당하지 않는다는 별도의 근거 규정도 존재하지 아니므로, 쟁점설비가 「에너지이용 합리화법」 등 에너지 관련 법령에 따라 규제·관리된다는 사실이 해당 시설이 자원재활용법에 따른 재활용시설에 해당하지 않는다는 근거가 될 수는 없다.(다) 또한, 처분청은 쟁점설비가 재활용시설로 인정받으려면 회수되는 폐열이 폐기물 처리과정에서 발생하는 열로 간주되어야 한다는 의견인데, 이는 처분청이 자원재활용법상 재활용시설과 「폐기물관리법」상 폐기물처리시설의 일종인 재활용시설을 동일한 개념으로 오인한 것이다. 이를 동일한 개념으로 보는 경우 조특법 시행규칙 [별표 8의5]에서 「폐기물관리법」에 따른 폐기물처리시설과 자원재활용법에 따른 재활용시설을 환경보전시설로 별도로 규정하고 있는 법문이 형해화되어 조세법률주의에 반하고, 폐자원의 재사용 및 재생이용을 촉진하고자 폐기물이 아닌 재활용가능자원을 활용하는 재활용시설에 대한 투자를 지원하는 입법취지도 몰각된다(조심 2020부542, 2020.7.30., 같은 뜻임).위 심판결정례에서도 과세관청은 자원재활용법에 따른 재활용시설이 「폐기물관리법」에 따른 승인을 득하지 아니하여 환경보전투자세액공제 적용을 거부하였으나, 조세심판원은 납세자가 「폐기물관리법」에 따른 폐기물처리시설이 아니라 자원재활용법에 따른 재활용시설에 대하여 환경보전투자세액공제 적용을 구하고 있는 것이므로 「폐기물관리법」에 따른 인·허가를 득하였는지 여부와 무관하게 관련 시설을 조특법상 환경보전투자세액공제 적용대상으로 결정한 바 있다.(라) 한편, 처분청은 쟁점설비가 재활용가능자원의 수집·운반·보관을 위하여 특별히 제조 또는 설치된 시설에 해당하지 않는다는 의견이나, 재활용가능자원인 폐열의 수집·운반·보관 기능 없이는 전력생산이 불가능하므로, 쟁점설비가 재활용시설로서 특별히 설치된 것이 아니라고 보기는 어렵다. 다만, 쟁점설비가 유기적인 통일체임에도 그 설비 전체를 재활용가능자원의 수집·운반·보관을 위해 특별히 설치된 시설로 볼 수 없다면, 폐열을 직접 취급하는 것과는 상대적으로 거리가 있는 전력을 생산하는 발전시설을 제외한 시설에 한하여 폐열의 수집·운반·보관을 위하여 특별히 설치된 재활용시설로 보아 그 투자액을 환경보전시설 투자액으로 인정함이 타당하다.(2) 자원재활법 제2조 제2호에 따르면, ‘재활용가능자원’이란 사용되었거나 사용되지 아니하고 버려진 후 수거된 물건과 부산물 중 재사용·재생이용할 수 있는 것으로서 회수할 수 있는 에너지와 폐열(廢熱)을 포함한다고 명시되어 있으나, 폐열의 범위에 대하여는 자원재활용법에서 별도의 정의를 두고 있지 않고, 같은 법 제2조 제2호에서는 ‘부산물’을 제품의 제조·가공·수리·판매나 에너지의 공급 또는 토목·건축공사에서 부수적으로 생겨난 물건으로, 같은 법 제2조 제6호는 ‘재사용’을 재활용가능자원을 그대로 또는 고쳐서 다시 쓰거나 생산활동에 다시 사용할 수 있도록 하는 것으로 각각 규정하고 있으며, ‘폐(廢)’의 사전적 정의가 일부 명사 앞에 붙어 ‘못 쓰게 된’, ‘이미 써 버린’의 뜻을 더하는 접두사임을 고려할 때 OOO 제조과정(사업활동)에서 부수적으로 발생하였으나 필요하지 않게 되어 남거나 못쓰게 된 폐열도 부산물로서 재활용가능자원에 해당함은 명백하다.(3) 쟁점설비는 재활용자원인 폐열을 발전동력으로 사용하기 위한 수집·운반·보관설비로서 자원재활용법에 따른 재활용시설에 해당하고, 청구법인이 2020.10.21. 이 건에 대하여 대리인을 통해 질의하여(신청번호 : 1AA-2010-056****) 2020.10.30. 회신받은 환경부 국민신문고 답변에서도 ‘OOO 제조업체에서 폐열 수집 및 전력생산을 위한 시설 등은 재활용시설에 해당할 수 있다’는 답변을 받은 바 있다.(가) 처분청은 조특법 시행규칙 [별표 8의5]의 자원재활용법에 따른 재활용시설 해당 여부는 세법 독자적으로 판단하는 것이 아니라 환경부의 해석을 따라야 하고 환경부는 쟁점설비가 재활용시설이 아니라고 답변하였다는 의견이나, 쟁점설비가 재활용시설에 해당하는지 여부에 대한 환경부의 입장은 현재 불분명한 상황이다. 청구법인 및 처분청은 직접 질의 또는 국민신문고를 통해 환경부에 ‘폐열’이 자원재활용법상 재활용가능자원에 해당하는지 여부 및 쟁점설비가 자원재활용법상 재활용시설에 해당하는지 여부에 대하여 여러 차례 질의하였고, 환경부는 이에 대하여 앞선 입장을 번복하는 등 일관성 없이 답변하였다.(나) 청구법인은 2020.10.21. 쟁점설비가 자원재활용법에 따른 재활용시설에 해당하는지 여부에 대하여 국민신문고를 통하여 환경부에 질의하였고, 이에 대하여 환경부는 쟁점설비가 자원재활용법