주택건설사업자에게 토지를 먼저 양도한 후 해당 토지에 대한 공공매입임대주택 건설 등에 관한 약정이 체결된 경우, 조특법§97의9 적용여부

1. 사실관계 ○ A토지 소유하다 2022.11.xx. 주택건설사업자에게 A토지 양도 ○ 양도일까지 공공주택사업자와 주택건설사업자 간 공공매입임대주택 건설 및 양도에 관한 약정이 체결되지 않음 2. 질의내용 ○ 주택건설사업자에게 토지를 먼저 양도한 후 해당 토지에 대한 공공매입임대주택 건설 등에 관한 약정이 체결된 경우, 조특법§97의9 적용여부 3. 관련법령 및 관련사례 □ 조세특례제한법 제97조의9 【공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례】 ① 거주자가 「공공주택 특별법」 제2조제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "공공매입임대주택"이라 한다)을 건설할 자[같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에 서 "공공주택사업자"라 한다)와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다. 이하 이 조에서 " 주택건설사업자"라 한다]에게 2022년 12월 31일까지 주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다. ② 제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 사람은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 세액감면 신청을 하여야 한다. ③ 주택건설사업자가 토지를 양도받은 날부터 3년 이내에 해당 토지에 공공매입임대주택으로 사용할 주택을 건설하여 공공주택사업자에게 양도하지 아니하는 경우 주택건설사업자는 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생 한 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. ④ 제1항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제63조제3항을 준용하여 이자상당가산액을 납부하여야 한다. ⑤ 제1항에 따른 감면 대상 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요 한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 조세특례제한법 시행령 제97조의9 【공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례】 ① 법 제97조의9제1항을 적용받으려는 자가 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우 토지와 건물 등의 양도가액 또는 취득가액의 구분 이 불분명할 때에는 「소득세법 시행령」 제166조제6항 을 준용 하여 안분계산한다. ② 법 제97조의9제2항에 따라 세액감면 적용을 받으려는 사람은 해당 토지의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 토지를 양수하는 자가 「공공주택 특별법」 제2조제1호 의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자로서 같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자임을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. □ 공공주택 특별법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "공공주택"이란 제4조제1항 각 호에 규정된 자 또는 제4조제2항에 따른 공공주택사업자가 국가 또는 지방자치단체의 재정이나 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하 "주택도시기금"이라 한다)을 지원받아 이 법 또는 다른 법률에 따라 건설, 매입 또는 임차하여 공급하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다. 가. 임대 또는 임대한 후 분양전환을 할 목적으로 공급하는 「주택법」 제2조제1호 에 따른 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택(이하 "공공임대주택"이라 한다) 나. 분양을 목적으로 공급하는 주택으로서 「주택법」 제2조제5호 에 따른 국민주택규모 이하의 주택(이하 "공공분양주택"이라 한다) 1의2. "공공건설임대주택"이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하여 공급하는 공공임대주택을 말한다. 1의3. "공공매입임대주택"이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하지 아니하고 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공임대주택을 말한다. □ 공공주택 특별법 제4조 【공공주택사업자】 ① 국토교통부장관은 다음 각 호의 자 중에서 공공주택사업자를 지정한다. 1. 국가 또는 지방자치단체 2. 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사 3. 「지방공기업법」 제49조 에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사 4. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조 에 따른 공공기관 중 대통령령으로 정하는 기관 5. 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 100분의 50을 초과하여 출자ㆍ설립한 법인 6. 주택도시기금 또는 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하 나 에 해당하는 자가 총지분의 전부(도심 공공주택 복합사업의 경우에는 100분의 50을 초과한 경우를 포함한다)를 출자 (공동으로 출자한 경우를 포함한다)하여 「부동산투자회사법」 에 따라 설립한 부동산투자회사 ② 국토교통부장관은 제1항제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자와 「주택법」 제4조 에 따른 주택건설사업자를 공동 공공주택사업자로 지정할 수 있다.