기납부세액을 지분별로 배분해서 세액을 계산해야 한다는 주장의 당부 등

청구인이 심판청구 과정에서 공동사업 관련 소득분배 내역 및 가맹점주에게 금원을 이체한 내역 등을 제출하였는바, 청구인의 소득세 실제 부담여부 등을 재조사함이 타당함 군산세무서장이 2025.3.13. 청구인에게 한 종합소득세 2021년 귀속분 OOO원 및 2022년 귀속분 OOO원의 부과처분은, 청구인이 A 등 공동사업자가 납부한 기납부세액 중 청구인 지분 상당 소득에 대한 소득세를 부담하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2019.9.27.부터 2022.6.30.까지 경기도 OOO에서 프랜차이즈 가맹점 본사 A를, 2021.5.24.부터 2022.8.31.까지 인천광역시 OOO에서 OOO를, 2021년부터 2023년까지는 청구인이 대표이사인 주식회사 A의 가맹점 OOO, OOO, OOO 등을 동업자들과 함께 운영하였으나, 공동사업자 형식이 아닌 각 동업자들의 개인사업자 형식으로 사업자등록을 하고 사업을 영위하였다.나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.9.5부터 2024.12.19.까지 청구인에 대한 세무조사 결과, 청구인(A)이 자료상업체인 OOO(개인사업자, B)으로부터 거짓 세금계산서(총 3건으로 공급가액 합계 OOO원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2021년 귀속 종합소득세 신고 시 가공경비를 계상하였고, OOO의 영업권을 2021.5.24. 공동사업자인 C에게 OOO원(영업권의 60% 지분 양도)에, 2022.8.16. D에게 OOO원(영업권의 40% 지분 양도)에 양도한 후 이를 기타소득으로 신고하지 않았으며, OOO 등의 위 가맹점들이 공동사업을 영위한 것으로 보아, 각 사업장별 동업자의 지분비율에 따라 소득금액을 재분배 및 재계산하는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였다.다. 처분청(군산세무서장)은 이에 따라 2025.3.13. 청구인에게 종합소득세 2021년 귀속분 OOO원 및 2022년 귀속분 OOO원을, 처분청(부천세무서장)은 2025.3.7. 청구인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.14. 및 2025.5.26. 이의신청을 거쳐 2025.8.26. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 프랜차이즈 가맹 및 운영업을 하는 사업자(본사)로 가맹점관리, 가맹점 인테리어 대행 등의 구조로 사업을 운영하였고, 가맹점주의 경우, 프랜차이즈 본사로부터 인테리어 노하우 등을 제공받아 직접 공사를 진행할 수 있거나, 본사에 가맹점 인테리어 전부를 위탁하여 진행할 수 있었다.(가) 청구인은 가맹점과 인테리어 공사계약을 진행함과 동시에 해당 인테리어 용역을 영원에게 재위탁하였고, OOO은 청구인으로부터 가맹점 인테리어 공사 노하우·디자인 등을 제공받아 인테리어 용역을 수행하였으며, 청구인은 가맹점에 인테리어 공사에 대한 세금계산서를 발행하였고, OOO으로부터 인테리어 공사 대행 용역에 대한 매입세금계산서인 쟁점세금계산서를 수취하였다.(나) 조사당시 처분청은 OOO의 가공세금계산서 발행 행위, 세금포탈 행위 등 가공업체로 판단한 정보를 바탕으로 청구인이 수령한 매입세금계산서 전체를 가공으로 판단하였으나, 청구인은 OOO으로부터 실제 인테리어 용역을 제공받았고, OOO이 세금포탈을 위한 폭탄업체인지도 몰랐으며, 계약당시 해당 사실을 확인할 어떠한 방법도 있지 않으며, OOO이 조세포탈업체라는 이유 하나로 모든 거래사실을 부인하는 것은 부당하다.(다) 처분청은 청구인에게 OOO이 포탈업체로 선정되었다는 사실 외 해당 거래가 부인된 가공거래라는 어떠한 증거도 제시하지 못하였으므로, 이 건 쟁점세금계산서를 가공으로 보아 청구인의 종합소득세 필요경비를 부인한 처분은 부당하다.(2) 청구인은 프랜차이즈 가맹점 브랜드 중 하나인 OOO를 직접 운영하기 위하여 2021.5.24. 개업하였고, 개업 이전인 2021.5.14. C(양수자)에게 지분 60%를 OOO원에 양도하였으며, 이후 2022.8.16. D(양수자)에게 나머지 지분 40%를 OOO원에 양도하였다.(가) 특수관계 없는 제3자 간 지분양수도 거래에 있어서 양수도가액은 유형자산가액에 무형자산(권리금)가액을 더한 금액일 것이고, 양수자는 양도자의 보유자산에 대한 대가를 지불해야 하며, 신규 개업시에 나타나는 불확실성과 위험의 감소 등 무형자산에 대해서도 일정 금액을 지급하며 이를 통상 무형의 권리금 즉, 영업권으로 표현된다.(나) 이러한 보유자산(사업용시설장비)은 양수인이 양도인으로부터 중고자산을 일괄 취득하는 것인바, 즉, 영업권 상당액을 계산함에 있어서는 총 지급대가(사업양수도가액)에서 보유자산(사업용시설장비)가액을 차감한 나머지 부분이 무형자산(영업권)에 해당한다 할 것이다.(다) 위와 같은 사실에도 불구하고 처분청은 사업양수도가액 중 임차보증금 OOO원을 제외한 2021.5.14. 양도 건에 대해서는 OOO원을, 2022.8.16. 양도건에 대해서는 OOO원을 모두 영업권으로 보아 과세하였고, 청구인이 최초 지분양도시점인 2021.5.14.과 개업일의 시점이 매우 가까운 바, 초기 인테리어비용 모두 보유자산가액으로 보아야 하며, 총 지급대가 OOO원 중 보유자산가액을 차감한 나머지 가액만 영업권으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.(3) 각 사업장에서 청구인 등이 실제 공동사업을 영위한 것은 인정하나, 처분청이 각 사업장의 지분비율로 당초 신고한 소득금액에서 당초 사업장에서 납부한 종합소득세 기납부세액은 지분 비율로 배분하지 않고, 청구인의 세액을 계산하였는바 이는 부당하다.(가) 청구인은 2021년부터 2023년까지 청구인이 대표이사로 재임한 주식회사 A의 가맹브랜드 OOO, OOO, OOO 등을 실제 동업자와 함께 운영하였으나, 공동사업자 형식이 아닌 각 동업자들 명의의 개인사업자의 형식으로 운영하였다.(나) 조사청의 조사결과에 따라 해당 사업장은 공동사업자 형식으로 운영된 것이 맞으며, 조사청은 청구인을 포함한 각 사업장별 동업자의 지분비율에 따라 소득금액을 재분배 및 재계산하면서, 해당 사업장의 소득금액은 지분비율로 나눠 배분하였으나, 당초 사업장에서 납부한 종합소득세의 기납부세액은 지분비율로 배분하지 않고 세액을 재계산하였다.따라서,「소득세법」제87조(공동사업장에 대한 특례) 제1항 및 국심 2005중2561 판례에 따라 해당 세액을 재계산하여 고지 금액을 경정하여야 할 것이다.나. 처분청 의견(1) 청구인(A)이 영원으로부터 수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로, 청구인은 쟁점세금계산서 수취와 관련하여 주의의무를 다하였다고 볼 수 없으므로 이를 부인한 것이다.(가) OOO의 조사과정에서 확인된 내용에 대하여, OOO의 대표자 B은 실제 공사한 자료를 제출하겠다고 하였으나, 조사 종결시점까지 해명자료의 제출은 없었고, 실행위자 E(OOO 현장책임자)은 심문조서에서 여러 곳의 공사를 진행하였으나, 사업자등록을 하지 않아 OOO 명의의 세금계산서를 발급하였다고 진술한 바 있다.(나) A의 거래처 OOO의 자료상 조사내용은 다음과 같다.1) OOO은 2021.9.6. 개업한 이후 2021.12.31.까지 청구인을 포함한 62개 거래처에 131건 OOO원의 매출세금계산서를 발급하였으나, 직원은 없었고, 매입자료는 컴퓨터 수리비용 1건 외에는 없어 실제 공사를 하였다고 보기 어렵다.2) 대림금속 등 10개 거래처는 가공거래임을 인정하였고, ㈜B 등 27개 거래처는 실거래라고 주장하면서 견적서 외에는 실제 거래를 증명할 수 있는 자료를 제출하지 않았으며, ㈜C 등 25개 거래처는 거래사실 확인서 조차 제출하지 않았다.3) B(OOO의 대표자)은 OOO 계좌(예금주 B, OOO)를 이용하여 매출 거래처로부터 대금을 수취하였으나, 거래처별로 매출대금의 부가가치세만을 입금하거나, 공급대가를 입금한 후 즉시 출금, 또는 대금을 입금한 사실이 없음을 확인하였다.4) 관련인 E(OOO 현장책임자)은 본인이 사업자등록을 하지 않아 OOO 명의의 세금계산서를 발행하여 요청하면, B이 발행해주었다고 진술하는 등 OOO은 실제 용역을 제공한 사실이 없이 세금계산서를 허위로 발행한 것으로 확인된다.(다) 청구인은 인테리어 공사 관련하여 OOO으로부터 2021.12.1.부터 2021.12.31.까지 3회에 걸쳐 세금계산서를 수취하였으나, 공사계약서는 작성하지 않았고, 견적서와 거래명세서만으로는 어느 지점의 가맹점 인테리어 공사를 하였는지 특정할 수 없다.(라) 일반적으로 공사 전에 견적서를 수취하고 공사 완료 후 정산하여 거래명세표를 수령하여야 함에도 견적서와 거래명세표가 동일한 날짜인 2021.12.1. 작성되었으며, 청구인이 제출한 견