매수자 지위이전 대가에 대한 부가가치세 공급가액 계산방법

질의요지 ○ 사업자가 매도인과 부동산(토지, 건물)매매계약 체결 후 부동산 사모 투자회사에게 매수인의 지위를 이전하는 경우로서 지위 이전 계약 시 건축물이 철거중으로 - 지위이전대가를 토지감정평가액에서 부동산매매대금을 차감한 가액으로 계약한 경우 해당 지위이전대가에 대한 부가 가치세 공급가액 계산방법 사실관계 ○ 신청법인(또는 “매수인”)은 건설서비스 및 부동 산 개발사업을 영위하는 법인으로 - ’20.12월 주식회사 ◎◎◎(이하 “◎◎◎” 또는 “매도 인”) 와 △△ 시에 소재한 - 토지(이하 “쟁점 토지”) 와 지상건물(이하 “쟁점건물”) 을 총 990억원에 매입하는 부동산 매매계약 * (이하 “쟁점부동산계약”)을 체결 * 토지 923.3억원(93.26%), 건물 66.7억원(6.74%)(부가령 §64에 따라 기준 시가로 안분), 계약금 (10%), 잔금(90%) 지급조건이며 계약 시 99억원 지급 - ’21.7월 쟁점부동산계약의 매매대금 지급조건을 계약금(10%), 중도금 (40%), 잔금(50%)으로 변경하고 ’21.9월 중도금 396억원 지급 ○ 신청법인은 신규 물류센터 건립을 자체적으로 진행하고자 하였으나 외부자금조달 등을 위해 별도의 펀드를 세워 사업을 진행하기로 하고 - □□□자산운용㈜(이하 “□□□”)와 ◈◈◈ 부동산사모투자회사(이하 “지위승계인” 또는 “◈◈◈펀드 * ”)를 ’21.12월 설립 * 신청법인 지분 50%, 해외투자자 지분 50% ○ ’22.1.24. 신청법인은 지위승계인과 ‘계약상 지위이전 계약’(이하 “지위 이전 계약”)을 체결하여 신청법인이 매도인과 체결하였던 - 쟁점부동산계약의 매수인 지위와 쟁점토지 인허가 관련 용역 계약 상 용역을 공급받는 자의 지위 * 를 지위승계인에게 이전 하기로 약정 * 용역 관련 지위이전 금액은 계약 상 33.4억원이었으나 ’22.2.24. 47억원으로 정산 ○ 지위이전계약일 현재 쟁점토지 지상에 설립된 쟁점건물은 철거 중으로 - 지위승계인은 쟁점토지에 대한 감정평가 결과를 근거로 쟁점 건물이 철거된 토지의 가치를 1,322.9억원으로 판단하여 아래 표와 같이 지위이전대가 (이하 “쟁점대가”) 를 산정함 지급인 수령인 금액 비고 지위승계인 신청법인 495억 원 부동산매매계약상 계약금 및 중도금 (지위이전계약상 1차 양수도대금) 지위승계인 신청법인 332.9억 원 지위이전대가 (지위이전계약상 2차 양수도대금) 지위승계인 매도인 495억 원 부동산매매계약상 잔금 합계 1,322.9억 원 토지 감정평가액(’22.1.17. 기준) ○ 지위승계인은 신청법인에게 지급해야 할 쟁점대가를 자금조달 일정 (약 33개월)에 따라 지급할 예정이고 - 신청법인과 지위승계인은 쟁점대가에 대한 부가가치세를 별도 산정 * 하여 계약상 최종 양수도 대금 869.1억원 ** 에 포함하였으며 * 쟁점대가에 대한 부가가치세 과세여부에 대해 이견이 있어 각각 50%씩 부담 하기로 결정하였으며 쟁점부동산계약시점(’20.12.18.)의 토지·건물 기준시가로 안분 ** 1 차 및 2차 양수도대금(827.9억원)+ 용역 관련 지위이전 금액(33.4억원) + 관련 VAT(7.8억원) - ’22.2.24. 지위이전대가를 제외한 쟁점부동산계약상 잔금 등은 지급 완료되었고 쟁점토지 및 쟁점건물은 지위승계인에게 소유권이전 등기됨 <본건 지위이전계약 주요 내용 요약> 양수도대금 산정방법 Ⅰ. 본건 토지에 대한 2022년 1월 17일자 감정평가에 따른 감정가액 - \132,291,402,000 Ⅱ. 위Ⅰ.의 감정가액을 근거로 당사자들이 합의한 본건 토지의 現 가치금액 - \132,290,000,000 Ⅲ. 위 Ⅱ.의 본건 토지 現 가치금액( \132,290,000,000 )에서 본건 부동산매매계약의 매매대금( \99,000,000,000 )을 차감한 금액 - \33,290,000,000 Ⅳ. 본건 양도대상계약에 따라 양도인이 거래종결일 전까지 계약상대방에게 실제로 지급한 아래 기재 금액의 합계액 - \52,842,998,400 (관련 표 생략) Ⅴ. 양수인이 양도인에게 지급하여야 하는 부가가치세 금액 - 아래 (1) 내지 (3)의 합계액: \779,943,426 (1) \335,500,000 (본건 부동산매매계약에 따라 양도인이 매도인에게 계약금 및 중도금을 지급하면서 기 지급한 건물분 부가가치세 금액을 의미 (2) \112,143,586 (제2조 제3항에 따라 계산되는 부동산가치증가분VAT의 50%에 해당하는 금액) (3) \334,299,840 (별지 3.2.에 기재된 부수계약들에 따라 양도인이 계약상대방 에게 기 지급한 부가가치세 금액의 합계) 최종 양수도 대금(= Ⅲ+ Ⅳ+Ⅴ) - \86,912,941,826 <본건 지위이전계약 별지4. 주요 내용 요약> 전문 2. 본 계약에 따라, 양도인은, 본건 부동산매매계약(괄호내용생략)에 따른 양도인의 권리, 의무 및 계약 당사자의 지위 일체(괄호내용생략)를 양수 인에게 양도하고, 양수인은 양도인이 보유하는 본건 양도대상권리등을 양도인으로부터 양수하고자 한다.(이하생략) 제2조(계약상지위 등의 이전 및 양수도대금) ③ (중략) 양도인은 별지4.Ⅲ에 따라 산정된 금액인 33,290,000,000(이하 “부동산가치증가분”)에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 를 적용하여 부동산가치증가분 중 건물분에 해당하는 금액을 계산한 후, 그 건물분 금액의 10%에 해당하는 금액(이하 “부동산가치증가분 VAT”)을 과세관청에 부가가치세로 신고 및 납부하기로 하며, 이를 위하여 양수인은 위 부동산가치증가분VAT의 50%에 해당하는 금액(즉, 별지 4.Ⅴ(2). 기재 금액)을 양수도대금에 포함하여 지급하기로 한다. 제3조(거래종결 등) ① 본건 거래의 종결(괄호내용 생략)은 2022년 2월 24일 또는 당사자들이 별도로 합의하는 날(이하 총칭하여 “거래종결예정일”)에 당사자들이 합의하는 장소에서, 본 계약 제6조의 모든 조건이 충족되었거나 포기할 권리가 있는 당사자에 의하여 포기되었을 것을 조건으로, 이루어진다. 본 계약에서 거래종결이 실제로 이루어지는 날을 “거래종결일”이라 한다. ② 거래종결일에, 양도인은, 양수인으로부터 본 계약 제5조제1항에 따라 산정된 1차 양수도대금(괄호내용 생략)을 지급받음과 동시에, 본 계약에 따라 (ⅰ)양수인에게 본건 양도대상권리등을 이전하여야 하고(이하생략) ③ 거래종결일에, 양수인은, 본 조 제2항에 따른 양도인의 거래종결행위와 동시에, 양도인에게 본 계약 제5조제1항에 따라 산정된 1차 양수도대금을 지급하기로 한다. 관련 법령 ○ 부가가치세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 부가가치세법 시행령 제2조 【재화의 범위】 ② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 14. 토지 ② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수 되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. ○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】 ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급 하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령 령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. 1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액 과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령 에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. ○ 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 ① 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 ｢소득세법｣ 제99조 에 따른 기준시가(이하 이조 에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재 의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가 가액[제28조에 따른 공급시기 (중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시 일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 한다. 2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우 로서 감정평가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액: 다만, 감정평가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다. 3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 ② 법 제29조제9항제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우 2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용 하는 경우