법인세부과처분취소

[1] 구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호 각 목의 규정은 합병법인이 피합병법인으로부터 감면 또는 세액공제를 승계함에 따라, 각 사업연도 소득금액 및 법인세액을 계산할 때 구체적인 감면 또는 공제의 적용 방법 및 공제의 한도 등을 정한 것인지 여부(적극) / 위 각 목 규정의 존재로 법인세법령 외의 다른 법령에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 적용하는 구체적인 방법 및 공제 등 범위를 정하는 것이 금지되거나 원천적으로 차단되는지 여부(소극) [2] 구 조세특례제한법 시행령 제23조 제13항 제3호 (가)목에서 정한 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’의 의미(=직전 과세연도 및 해당 과세연도 동안 피합병법인의 매월 말 현재 상시근로자 수) 및 이를 토대로 도출된 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 각 ‘상시근로자 수’를 전제로 하여 합병법인의 해당 과세연도의 ‘상시근로자 수’가 직전 과세연도의 ‘상시근로자 수’를 초과하는지 살펴야 하는지 여부(적극) 【원고, 피상고인 겸 상고인】 주식회사 ○○○ (변경 전 △△△ 주식회사) (소송대리인 법무법인 정안 담당변호사 박소연 외 2인) 【피고, 상고인 겸 피상고인】 강동세무서장 【원심판결】 서울고법 2022. 7. 6. 선고 2021누49927 판결 【주 문】 원심판결의 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 상고를 기각한다. 【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서 등은 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다. 1. 사안의 개요 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가. 원고는 2015. 5. 19. 기업인수 목적으로 ‘□□□ 주식회사’라는 상호로 설립되었는데, 2016. 9. 21. 합병 전 △△△ 주식회사(이하 ‘이 사건 피합병법인’이라 한다)를 흡수합병한 후(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다), 같은 날 상호를 피합병법인의 상호인 ‘△△△ 주식회사’로 변경하고, 사업목적을 식품 프랜차이즈사업 등으로 변경하였다. 이 사건 합병은 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조 제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 적격합병에 해당한다. 나. 이 사건 피합병법인은 이 사건 합병 전에 11,810,645,680원(이하 ‘이 사건 투자금액’이라 한다)을 투자하여 충북 진천에 창고시설을 신축하였다. 이 사건 피합병법인은 이 사건 합병등기일까지의 2016 의제사업연도(2016. 1. 1.부터 2016. 9. 21.까지)에 대한 법인세를 신고하면서 이 사건 투자금액에 대하여 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제26조 제1항에 따라 고용창출투자세액공제를 적용하였는데, 구 조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제23조 제13항 제3호를 적용할 경우 해당 사업연도 상시근로자 수의 증가인원이 0명으로 산출되어, 추가공제 없이 기본공제 금액만을 적용하였다. 이처럼 세액공제가 이루어지지 않은 추가공제와 관련하여 구 조특법 제144조 제3항에 따라 이 사건 피합병법인에 대하여 이월 가능한 고용창출투자세액공제 금액은 697,455,140원이다(이하 ‘이 사건 추가공제금액’이라 한다). 다. 원고는 2016, 2017 각 사업연도 법인세를 신고하면서, 이 사건 투자금액에 대하여 이 사건 추가공제금액을 승계하여 이월공제하는 것으로 하여, 2016 사업연도에 414,900,000원, 2017 사업연도에 282,555,140원을 각각 공제하였다. 원고는 위와 같이 이월공제되는 금액을 계산하는 과정에서, 구 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호 (가)목에 따라 합병법인으로서 ‘승계한 상시근로자 수’를, 합병등기일을 기준으로 이 사건 피합병법인으로부터 실제 승계한 총인원 수가 아니라, 이 사건 피합병법인의 직전 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수를 전제로 삼았다. 라. 서울지방국세청장은 피고에 대한 종합감사에서 고용창출투자세액공제의 추가공제분은 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제3항 제2호에 따라 합병법인이 승계하여 이월공제할 수 있는 세액공제에 해당하지 않는다고 판단하였다. 피고는 이에 따라 2018. 10. 24. 이 사건 추가공제금액을 부인하여 원고에게 2016 사업연도 법인세 476,677,840원(가산세 포함), 2017 사업연도 법인세 374,688,890원(가산세 포함)을 각각 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 2. 이 사건 추가공제금액의 이월공제 승계 여부에 관하여(피고의 상고이유) 가. 관련 규정 및 법리 1) 구 법인세법 제44조의3 제2항은, 적격합병의 요건을 충족하여 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우, 과세상 기업으로서의 계속성을 인정한다는 취지에서, 피합병법인의 합병등기일 현재의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 합병법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제59조 제1항 제3호는 ‘이월공제가 인정되는 세액공제’를 구 법인세법 및 다른 법률을 적용할 때의 세액공제 중 하나로 정하고 있다. 나아가 앞서 본 구 법인세법 제44조의3 제2항의 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항은, 적격합병의 요건을 충족하여 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우, 합병법인은 피합병법인이 합병 전에 적용받던 구 법인세법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 적용받을 수 있되, 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 구 법인세법 또는 다른 법률에 있는 때에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다고 정하고 있다. 2) 한편 구 법인세법 제45조 제4항은 같은 법 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다고 규정하고 있다. 이와 같은 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제81조 제3항은, 합병법인은 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다고 규정하면서, 그 제2호에서 구 법인세법 제59조 제1항 제3호에 따른 세액공제 중 이월된 외국납부세액공제 미공제액[(가)목], 구 조특법 제132조에 따른 법인세 최저한세액에 미달하여