쟁점거래가 정상적인 매입거래라는 청구주장의 당부

쟁점매입처에 대한 동작세무서 조사시 쟁점세금계산서가 가공으로 확정되어 자료가 파생된 후, 동작세무서장이 정상거래로 재통보한 사실이 없는 점, 쟁점매입처가 청구법인에게 거래 수량 및 금액을 통보해주면 별도의 주문서 및 계약서 등 증빙 작성없이 세금계산서가 발급되는 거래 특성상 조사시 제출된 서류 및 관련자의 진술이 더 신빙성이 있고, 청구법인은 매입을 입증할 증빙서류를 제출하지 못한 점 등에 비추어 가공거래에 해당 분당세무서장이 2025.8.8. 청구법인에게 한 2021년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 부정과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 수의학 연구개발 및 동물용품·약품 도·소매업을 영위하는 법인으로 2021년 제2기에 주식회사 A(이하 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 과다하게 수취한 세금계산서 OOO원(이하 “쟁점거래”라 함)에 대하여 공제받지 못할 매입세액으로 2023년 2월 부가가치세 수정신고(＜표1＞ 참조) 및 자진납부하였다.＜표1＞ 청구법인의 수정신고 내역(단위 : 원)OOO나. 처분청은 2024.7.15.부터 2024.11.3.까지 쟁점거래에 대하여 조세범칙조사를 실시한 결과, 쟁점거래를 가공거래로 확정하였다(수정신고로 인해 증액된 세액은 없음).다. 청구법인은 2025.6.5. 2021년 제2기 부가가치세 수정신고는 쟁점매입처의 강요 등에 의한 신고이며, 쟁점거래에 대한 처분청의 조세범칙조사 결과 통고처분을 받았으나 B경찰서의 수사결과 불송치(혐의없음) 결정에 의해 당초 수취한 세금계산서는 정상거래이므로, 수정신고를 통해 납부한 부가가치세 OOO원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.8.8. 청구법인이 쟁점거래에 대해 실제 매입거래임을 증빙할 수 있는 객관적인 서류를 제시하지 못하였고, 경찰의 불송치(혐의없음) 결정만으로 실제 거래를 했다고 볼 수 없다고 보아 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.28. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견(1) (주위적 청구) 2021년 제2기 부가가치세 수정신고를 통해 과다하게 납부된 부가가치세 상당액 및 관련 가산세를 환급해야 한다.(가) 청구법인의 2023년 2월 2021년 제2기 부가가치세 수정신고는 청구법인의 의지가 아닌 쟁점매입처의 강요 등에 의한 신고로 이런 사실은 분당세무서의 조세범칙조사 과정에 충분히 진술하였으며, 수정신고서 제출이 세금계산서 과다수취를 인정하고 조세범으로 고발될 것이라고 인지하였으면 수정신고에 동의하지도 않았을 것이고, 또한 수정신고에 따른 가산세를 쟁점매입처에서 부담하여 세무상 위험이 없는 것으로 판단했다.(나) 처분청은 쟁점매입처로부터 세금계산서 수취 금액 중 판매금액을 제외한 나머지 금액 OOO원의 세금계산서를 발행하는 시점에서 상대방과 통정하여 세금계산서를 과다 발행한 것으로 판단하였으나, 가공 또는 실제보다 금액을 과다하게 부풀려 세금계산서를 받는다는 것은 상대방과의 통정 또는 합의가 전제되어야 하지만 처분청은 조사과정 및 경찰청의 조사과정에서 쟁점매입처와 청구법인 간의 통정 등에 대한 증거를 제시하지 못했다.(다) 가령, 가공으로 수취한 물건이 맞다면 청구법인이 운영하는 수의사 장터(온라인 쇼핑몰)에 게시하거나 판매하려는 영업활동을 하지도 않았을 것이고 쟁점매입처로부터 세금계산서를 수취하는 시점부터 매월 재고내역을 재고관리 책임사인 C 주식회사(이하 “D”라 한다)로부터 내역을 수취하고 매월 수의사 장터 판매내역과 대사하여 정산하지 않았을 것이다.(라) 또한, 처분청의 의견대로 당초부터 일부 금액을 가공으로 수취할 의도가 있었다 하더라도 세금계산서 수취 시점에는 향후 판매금액을 추정할 수 없었으므로, 실제 판매금액을 가지고 당초 세금계산서 발행 부분 중 미판매금액을 가공으로 발행할 의사가 있었다고 추정하는 것은 논리상 맞지 않다.(마) 청구법인은 쟁점매입처로부터 정상적인 경영상 판단하에 세금계산서를 수취하고 정상적인 영업을 통해 일부 제품 판매 후 재고물품을 D에 정상적으로 매출한 것이며, 청구법인이 쟁점매입처로부터 세금계산서를 과다하게 발급받았다는 처분청의 주장은 B경찰서의 혐의없음 결정 및 고발인의 이의제기 없이 종결되어 사법적으로 청구법인의 주장은 타당한 것으로 종결되었다고 판단된다.(바) 처분청은 쟁점매입처와 관련 없는 D a 회장과 청구법인 대표가 친분이 있는 사이라서 세금계산서 과다 발급건을 미리 협의 또는 모의하였다고 주장하는 것은 증거 없이 정황만 가지고 법 집행을 하겠다는 것으로 이는 처분청과 청구법인에 대한 경기B경찰서의 조사결과로도 명백하게 확인된 사항이며, 청구법인은 처분청의 세무조사 진술과정에도 일관되게 쟁점매입처로부터 받은 물품에 대해서 정상적인 판매를 위한 영업활동을 지속한 것은 관련 자료로 확인되고 있으므로 처분청의 의견은 받아들일 수 없다.(2) (예비적 청구) 2021년 제2기 부가가치세는 부정과소신고가산세를 일반과소신고가산세로 경정해야 한다.납세자가 그 세금계산서상의 실제 공급자가 다르게 적힌 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ‘부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’나 제47조의3 제1항 제1호에서 규정한 ‘부정행위로 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우’에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015.1.15. 선고 OOO 판결 참조).청구법인과 쟁점매입처는 세금계산서를 수취·발급하면서 정상적으로 부가가치세를 납부하여 국가의 조세수입을 감소시키는 행위를 하지 않았으므로, 부가가치세 신고불성실 가산세는 부정과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세 적용이 타당한 것으로 보인다.나. 처분청 의견(1) 청구법인은 2021년 제2기 쟁점매입처로부터 과다하게 수취한 세금계산서 OOO원에 대하여 수정신고 및 자진납부한 후, 쟁점거래에 대하여 실제 물품을 인계받았고 거래처의 압박으로 인해 수정 신고한 것이라고 주장하였으나 아래의 사유로 이유가 없다.(가) 쟁점매입처에 대한 E세무서 자료상 조사 시 가공매입 세금계산서 자료로 확정되어 분당세무서장에게 자료파생된 후 자료 파생처인 E세무서장이 정상거래로 재통보된 사실이 없고, 쟁점매입처가 청구법인에 거래 수량 및 금액을 통보해 주면 별도의 주문서 및 계약서 등 증빙 작성 없이 세금계산서가 발급되는 거래 특성상 실제 거래를 확인할 수 있는 증거서류는 쟁점매입처 조사 시 제출된 서류 및 관련자의 진술이 더 신빙성이 있으며, 청구법인은 실제 매입거래임을 증빙할 수 있는 객관적인 서류를 제시하지 못하고 있다.(나) 쟁점매입처 내부감사를 통해 과도한 목표치 달성을 위해 허위 매출을 입력한 사실을 인식한 후 이를 바로잡기 위해 거래 당사자들의 경정청구서 및 수정신고서가 접수되었고, 청구법인은 쟁점매입처로부터 수정신고에 대한 대가로 가산세 상당액 및 향후 거래 시 가격 인하 내지는 물량 확보 등의 사업상 혜택을 받기로 하였다.(다) E세무서 자료상 조사 시 제출된 거래처 원장상 OOO원 상당의 품목이 실제 출고되지 않은 것이 확인되었고, 과다수취 혐의가 있는 물품의 인계를 확인할 수 있는 계약서 등 증빙서류가 없는 점 및 청구법인의 대표이사는 당초 조사 시 허위매출 리스트에 대하여 작성 및 합의한 사실이 있는 쟁점매입처의 거래(매입)처인 D a 회장과 친분이 있는 사이로 진술하였으며, 해당 허위매출 계상 사실에 대해 인지하지 못했다고 보기 어려워 선의의 거래 당사자로 볼 수 없는 점 등으로 보아, 쟁점매입처로부터 수취한 매입세금계산서는 정상거래라는 청구법인의 주장은 인정할 수 없다.(2) 경찰의 불송치(혐의없음)결정이 쟁점거래를 실거래로 인정한 결정이라는 청구법인의 주장에 대하여,(가) 자료상 고발 사건이 불송치 결정하였다는 이유만으로 정당한 거래라고 할 수는 없으며, 경기B경찰서장의 「조세범 처벌법」 위반에 대한 불송치 결정은 범죄사실을 인정하기에 충분한 증거를 확보하지 못하여 검찰에 송치하지 아니한다는 것이며, 통상 형사소송 절차는 행정처분 절차보다 엄격한 증명을 요구하고 있음에 비추어 불송치 결정 사실만으로 쟁점거래를 실거래로 인정하기는 부족하다.(나) 검찰 등의 수사 결과, 증거불충