쟁점과세기간에 23.1.1. 시행 조특법§18의2에 따른 단일세율를 적용할 수 있는지 여부 등

22.12.31. 개정된 개정규정은 부칙 제1조에 따라 23.1.1. 이후에 적용되므로 쟁점과세기간에 소급하여 개정규정을 적용할 수 없는 점 등에 비추어, 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨 반포세무서장이 2025.8.5. 청구인에게 한 종합소득세(2019년～2022년 귀속) 경정청구 거부처분은 2019년 귀속 종합소득세 경정청구 거부처분은 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 OOO 국적의 외국인으로서, 2010.4.8.부터 2017.5.5.까지 국내에서 근로를 제공하였고, 2017.5.8.부터 심판청구일 현재까지 A 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에서 근무하고 있다.나. 청구인은 쟁점법인에서 발생한 2019년～2022년(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 귀속 근로소득에 대하여 「소득세법」 제55조에 따른 일반세율을 적용하여 신고한 후, 2025.5.30. 2019년 귀속 종합소득세 기한후신고(이하 “쟁점기한후신고”라 한다)를 하고, 쟁점과세기간 귀속 근로소득이 「조세특례제한법」(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 것) 제18조의2 제2항(이하 “쟁점개정규정”이라 한다)에 따라 외국인근로자 단일세율(19%) 적용대상에 해당한다는 사유로 2025.6.2. 처분청에 일반세율 적용 시 세액과 단일세율 적용 시 세액과의 차액에 해당하는 쟁점과세기간 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.다. 처분청은 2019년 귀속 종합소득세 경정청구는 청구기간(2025.3.10.)이 도과하였고, 쟁점개정규정은 2023.1.1.부터 적용할 수 있는 것으로 쟁점과세기간 귀속 근로소득에는 쟁점개정규정을 적용할 수 없다고 보아 2025.8.5. 경정청구 거부처분을 하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.2. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) (쟁점1) 청구인의 2019년 귀속 경정청구는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 청구기한 내에 적법하게 제기되었다.(가) 청구인은 「국세기본법」 제45조의3에 따른 기한후신고를 적법하고 유효하게 이행하였다.「소득세법」은 근로소득을 비롯한 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득 과세표준을 다음 연도 5월 31일까지 신고하도록 규정하되(「소득세법」 제70조 제1항), ‘근로소득만 있는 자’ 등의 경우에는 같은 법 제70조에도 불구하고 “해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있다(「소득세법」 제73조 제1항).즉, 「소득세법」은 원칙적으로 종합소득금액이 있는 모든 거주자에 대하여 종합소득세 과세표준확정신고 의무를 부여하고 있으나, ‘근로소득만 있는 자’ 등의 경우에는 납세자의 편의를 위하여 종합소득세 확정신고를 하는 대신 예외적으로 연말정산으로 갈음할 수 있도록 허용하고 있을 뿐이므로, ‘근로소득만 있는 자’의 경우에도 연말정산으로 소득세 신고·납부를 종결하지 않고, 종합소득세 과세표준확정신고를 자유롭게 할 수 있다(원천세과-OOO, 2011.5.17.).한편, 「국세기본법」 제45조의3 제1항은 “법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장의 결정 통지 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다”고 규정하고 있으며, 앞서 살펴본 바와 같이, ‘근로소득만 있는 자’인 청구인은 「소득세법」 제73조 제1항 특례규정에 의하여 예외적으로 허용된 바에 따라, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니하였고, 청구인은 관할 세무서장으로부터 2019년 귀속 과세표준과 세액에 대한 결정·통지를 받은 사실 또한 없다.나아가, 아래 ＜표1＞과 같이 2006.12.30. 「국세기본법」 제45조의3이 개정되면서, 추가로 납부하여야 할 세액이 없는 경우에도 제한 없이 기한후신고가 허용되는바, 세액의 변동이 없다는 등의 이유로 기한후신고를 이행할 수 없다거나 유효하지 않다는 주장은 타당하지 않다.＜표1＞ 「국세기본법 제45조의3」 개정 전·후 내역 「국세기본법」 제45조의3 (기한후신고) 2006.12.30. 개정 전 2006.12.30. 개정 후 ① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부하여야 할 세액(세법에 의한 가산세를 제외한다)이 있는 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 「자산재평가법」 제15조 의 규정에 의한 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다. ① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 「자산재평가법」 제15조 의 규정에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다. 따라서, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 청구인이 제출한 2019년 귀속 쟁점기한후신고는 아무런 하자 없이 적법하고 유효하다.(나) 청구인은 「국세기본법」 제45조의2 제5항이 아닌 제1항에 따른 경정청구를 제기하였다.「국세기본법」 제45조의2 제1항은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 같은 법 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자”는 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따른 과세표준 및 세액을 초과할 때 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정한다.이처럼 같은 법 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 제기할 수 있는 자로서, ‘기한후과세표준신고서를 제출한 자’를 열거하고 있을 뿐, 그 기한후신고에 따른 세액을 납부하였는지 여부나 신고를 확정하는 효력 등을 따로 요구하지 않는다.앞서 살펴본 바와 같이, 청구인은 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따라 2019년 귀속 경정청구를 제기한 것이며, 처분청이 2019년 귀속 경정청구가 청구기한을 도과하였다는 주장의 근거로 삼고 있는 「국세기본법」 제45조의2 제5항은 본 사안과 아무런 관련이 없다.심지어 「국세기본법」 제45조의2 제5항은 그 입법취지를 보건대, 아래＜표2＞와 같이 납세자의 편의를 위하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있는 자에 대하여도 경정청구권을 추가로 확대 인정하기 위하여 도입된 제도인바, 오히려 이 규정을 들어, 마치 근로소득만 있는 자의 경우에는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 본래의 경정청구를 제기하는 것이 불가능하다는 견해는 잘못된 해석이라고 보아야 한다.＜표2＞ 「국세기본법」 제45조의3 개정 전·후 내역 종 전 개 정 ○ 납세자가 소득세·법인세·부가가치세 등 과세표준확정신고를 한 경우에만 경정청구