지적재조사로 증가된 토지에 대한 조정금을 수령한 경우 양도소득세 계산 시 취득가액으로 산입할 수 있는지 여부

1. 사실관계 ○ 질의자는 ‘06.10.23. 김제시 소재 3필지(A. B, C)와 3필지 위 건물의 각 1/2지분을 법원의 임의경매절차에서 취득 ○ 김제시는 ‘20년 지적 재조사 사업을 실시 - ‘22.3월 3필지 토지에 대하어 아래와 같이 조정금을 부과 및 지급 결정 통지 ○ ‘22.4월 B, C토지의 등기부 표제부란 경정등기 경료 ○ 질의자는 ‘23. 3 월 조정금 14,055,300원 * 을 완납함 * 14,055,300원 = [(54,753,600원 – 26,643,000원) x 1/2지분] - ‘23.5.23 위 3필지와 건물 모두 양도 < A, B, C 토지의 지적재조사 사업 현황 > 구분 토지 면적 증감 조정금 A토지 52.8㎡ 증가 54,753,600원 부과됨 B토지 24.9㎡ 감소 26,643,000원 지급됨 C토지 변화 없음 2. 질의내용 ○ 지적 재조사로 증가한 토지에 대하여 지급한 조정금을 양도소득금액 계산 시 취득가액 으로 산입할 수 있는지 여부 3. 관련법령 및 관련사례 □ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. <개정 2014.1.1, 2016.12.20, 2018.12.31, 2020.8.18, 2021.12.8> 5. 「지적재조사에 관한 특별법」 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 감소되어 같은 법 제20조에 따라 지급받는 조정금 □ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】 ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. <개정 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.31, 2019.12.31, 2020.6.9> 1. 취득가액( 「지적재조사에 관한 특별법」 제18조 에 따른 경계의 확정 으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다. 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액 2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 소득세법 부칙 <법률 제16104호, 2018. 12. 31.> 제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. (단서생략) 제2조(일반적 적용례) ② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용 한다. 제9조(지적공부상의 면적이 감소하여 조정금을 지급받은 경우에 관한 적용례 제89조제1항제5호의 개정규정은 2012년 3월 17일 이후 발생한 분부터 적용한다. 제 11조(지적공부상의 면적이 증가하여 징수한 조정금을 취득가액에서 제외하는 것에 관한 적용례) 제97조제1항제1호의 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. □ 지적재조사에 관한 특별법 제18조 【경계의 확정】 ① 지적재조사사업에 따른 경계는 다음 각 호의 시기에 확정된다. 1. 제17조제1항에 따른 이의신청 기간에 이의를 신청하지 아니하였을 때 2. 제17조제4항에 따른 이의신청에 대한 결정에 대하여 60일 이내에 불복의사를 표명하지 아니하였을 때 3. 제16조제3항에 따른 경계에 관한 결정이나 제17조제4항에 따른 이의신청에 대한 결정에 불복하여 행정소송을 제기한 경우에는 그 판결이 확정되었을 때 □ 지적재조사에 관한 특별법 제20조 【조정금의 산정】 ① 지적소관청은 제18조에 따른 경계 확정으로 지적공부상의 면적이 증감된 경우에는 필지별 면적 증감내역을 기준으로 조정금을 산정하여 징수하거나 지급한다. ② 제1항에도 불구하고 국가 또는 지방자치단체 소유의 국유지ㆍ공유지 행정재산의 조정금은 징수하거나 지급하지 아니한다. ③ 조정금은 제18조에 따라 경계가 확정된 시점을 기준으로 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가액으로 산정한다. 다만, 토지소유자협의회가 요청하는 경우에는 제30조에 따른 시ㆍ군ㆍ구 지적재조사위원회의 심의를 거쳐 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가로 산정할 수 있다. <개정 2017.4.18, 2020.4.7> ④ 지적소관청은 제3항에 따라 조정금을 산정하고자 할 때에는 제30조에 따른 시ㆍ군ㆍ구 지적재조사위원회의 심의를 거쳐야 한다.