청구법인이 이전공공기관의 종전부동산 매각사업을 수행함에 따라 발생한 쟁점이익이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부

청구법인이 국가로부터 위탁받은 업무를 대행하고 그 대가로 쟁점이익을 수령한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못 1. 처분개요가. 청구법인은 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」(이하 “농어촌공사법”이라 한다)에 따라 농어촌 정비사업, 농지은행 사업 및 농업 기반시설 종합관리 등을 주요 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2011.7.1. 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」(이하 “혁신도시법”이라 한다) 제43조 제3항 및 같은 법 시행령 제36조에 따라 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 및 건축물과 그 부지를 매입할 수 있는 공공기관(이하 “매입공공기관”이라 한다)으로 지정되어, 이전공공기관의 종전부동산을 매입·관리(개발) 및 매각하는 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 수행하고 있다.나. 청구법인은 쟁점사업에서 발생한 이익 중에서 혁신도시법상 청구법인에게 귀속되는 성과수수료 OOO원(이하 “쟁점이익”이라 한다)을 부가가치세 과세표준에 포함하여 2022년 제2기 및 2023년 제2기 부가가치세를 신고·납부하였다.다. 청구법인은 쟁점이익이 국가의 업무를 대행하거나 국가로부터 위탁받아 쟁점사업을 수행하고 받은 대가가 아니라 청구법인의 자체 사업에서 발생한 이익으로 보아, 쟁점이익은 부가가치세 과세대상이 아니므로 기 납부한 부가가치세를 환급해달라는 취지로 2024.12.24. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.4.16. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.28. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건의 쟁점은 다음과 같다.이 건의 쟁점을 예를 들어 설명하면, 아래 ＜표1＞과 같이 ① 국가가 종전부동산을 청구법인에게 OOO원에 매각하고(자산 인수), ② 청구법인이 부동산을 개발하는데 OOO원을 투입하여(가치 창출) 개발이 완료된 부동산을 ③ 제3자에게 OOO원에 분양하여 OOO원의 이익이 발생하였고(가치 실현), ④ 혁신도시법에 따라 OOO원의 이익 중 OOO원(성과수수료)을 제외한 OOO원을 혁신도시건설특별회계(이하 “특별회계”라 한다)에 전입한 경우(이익 정산), 청구법인에 유보된 OOO원이 「부가가치세법」상 과세대상에 해당하는지 여부이다.＜표1＞ 이 건의 흐름 및 쟁점 단계 내용 비고 ① 자산 인수 청구법인은 자기자금으로 국가로부터 종전부동산을 OOO원에 매입 소유권 이전 완료 및 취득세 납부 ② 가치 창출 청구법인이 자기 책임하에 OOO원을 투입하여 토지를 개발·관리 시행사로서의 인허가 획득, 세금계산서 수수 및 부가가치세 신고 주체는 청구법인임 ③ 가치 실현 청구법인이 개발한 부동산을 제3자에게 OOO원에 매각 부가가치세 신고·납부 ④ 이익 정산 OOO원은 청구법인이 향유 청구법인이 향유한 OOO원이 부가가치세 과세대상인지 여부가 이 건의 쟁점임 (2) 쟁점이익은 청구법인이 쟁점사업을 수행한 결과 발생한 ‘이익’의 일부일 뿐, 청구법인이 국가에 역무를 제공하고 받은 대가가 아니다.위 ＜표1＞에 기재된 바와 같이, 청구법인은 쟁점사업의 모든 과정에서 독립된 사업자로서의 지위를 유지하면서 거래 단계별 과세의무를 모두 이행하였다. 「부가가치세법」 제4조에 따르면, 과세대상은 ‘사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급’이라는 거래행위가 있어야 한다. 그러나, 쟁점이익은 청구법인의 명의와 계산 및 책임으로 쟁점사업의 모든 과정이 완료된 후 발생한 최종 이익을 혁신도시법에 따라 국가에 전입(OOO원)하고 남은 ‘잔여이익’에 불과하다. 이는 이미 모든 단계[청구법인이 ① 국가로부터 부동산 매입(매입 거래), ② 매입 부동산의 관리 및 개발(개발 거래), ③ 제3자에 대한 분양(매각 거래)]에서 부가가치세가 정산된 사업의 최종 매각차익(소득)을 사후적으로 배분하는 과정이지, 청구법인이 국가에 새로운 역무를 제공하고 받은 대가가 아니다.이익의 정산은 과세 대상인 거래가 아니라, 일련의 사업 수행 결과물인 이익을 혁신도시법에 따라 국가와 청구법인 간에 배분하는 ‘소득의 이전 및 유보(retention)’ 과정일 뿐이다. 이미 독립된 사업자로서 부가가치세가 정산된 소득의 분배 과정에 대해 다시 ‘용역의 대가’라는 가공의 틀을 씌워 부가가치세를 과세하는 것은 「부가가치세법」의 기본 원리인 ‘거래세’ 성격에 정면으로 위배된다. 즉, 처분청의 이 건 처분은 청구법인이 물건(부동산)을 팔아서 남은 돈 중 자기 몫을 챙긴, 자기 이익의 유보에 대하여 부가가치세를 부과한 것이다.(3) 쟁점사업에 따른 전체 이익은 청구법인에 일단 귀속되었다가, 전체 이익에서 일부를 제외한 금액이 국가에 ‘전입’된다는 점에서, 그 전체 이익의 일부인 쟁점이익이 국가가 청구법인에게 용역대가로 지급하였다는 처분청의 논리는 성립할 수 없다.성과수수료가 용역의 대가가 되기 위해서는 쟁점사업의 전체 이익이 국가에 ‘원시적으로 귀속’된 후 국가가 청구법인에게 그 대가를 ‘지급’하는 구조여야 한다. 그러나, 혁신도시법 제44조 제4항은 종전부동산 매입에 따른 이익을 회계에 ‘전입’할 수 있다고 규정했을 뿐, 해당 이익이 국가에 직접 ‘귀속’된다고 규정하지 않았다.특히, 혁신도시법 내에서 용어의 사용례를 살펴보면 그 차이는 더욱 명백하다. 혁신도시법 제22조는 ‘공공시설 등의 귀속’이라는 제목 하에, 신규 공공시설은 관리청에 귀속되나, 종래의 공공시설은 사업시행자(청구법인)에게 ‘귀속’된다고 명시하여, 소유권이라는 물권적 권리의 원시적 주체가 청구법인임을 확정하고 있다. 반면, 같은 법 제44조 제4항의 ‘전입’은 회계 또는 주체 간의 자금 이동을 의미하는 것으로, 이는 ‘청구법인이라는 주체에게 이미 귀속된 이익’을 전제로 하여 그 중 일부를 사후적으로 국가 계정으로 옮기는 행정적 절차를 의미할 뿐이다.결국, 혁신도시법 제44조 제4항이 ‘전입’이라는 용어를 선택한 법리적 이유는, 청구법인이 자기 명의와 자금으로 부동산을 매입한 법률상 소유권자이기에 그로부터 발생한 이익 역시 일차적으로 청구법인에게 귀속되기 때문이다. 따라서, 성과수수료는 국가가 청구법인에게 지급하는 용역비가 아니라, 청구법인이 자기 이익 중 법령에 정해진 분담금(OOO)을 국가에 전입(환수)하고 남은 유보된 ‘잔여 이익’이다. 청구법인의 노력으로 벌어들인 돈 중 일부를 청구법인 주머니에 남겨두는 것은 「부가가치세법」상 용역의 공급이 성립할 수 없음은 자명하다. 만일, 처분청 의견대로 청구법인이 국가의 대행인이거나 수탁인이라면, 부동산 매각대금은 국가 계좌로 입금되고 청구법인은 수수료만 정산받았어야 한다. 결론적으로, 국가에 ‘전입’되는 쟁점사업의 이익은 「개발이익 환수에 관한 법률」상 ‘개발부담금’처럼 공법적 의무에 따라 사업자 수익의 일부를 사후 정산하는 개념일 뿐, 이를 근거로 국가가 쟁점사업의 주체라거나, 성과수수료가 용역 대가라고 해석하는 것은 부당하다.(4) 「부가가치세법」상 용역의 공급은 계약상 또는 법률상 모든 원인에 따라 역무 등을 제공하는 것인데, 청구법인과 국가는 혁신도시법에서 규정한 토지 양수도 거래를 수행하였을 뿐, 별도의 용역계약을 체결한 사실이 없다.「부가가치세법」 제11조에 따르면, 용역의 공급이 성립하기 위해서는 역무 제공의 근거가 되는 계약상 또는 법률상의 원인이 존재하여야 한다. 그러나, 청구법인과 국가는 혁신도시법 제43조 제3항에 따라 재화(종전