청구인을 부재부동산 소유자로 보아 대체취득에 따른 취득세 면제를 거부한 처분의 당부

청구인의 경우 사업인정고시일(19.12.23.) 1년 전부터 사업자등록 등을 하였으나, 농지 임대차의 임대수익에 대한 금융증빙이 구체적으로 확인되지 아니한 점, 청구인이 제출한 자료는 청구인의 총무이사의 메모에 불과한 점, 제출한 금융증빙자료 또한 총무이사와 종중대표 사이의 계좌이체 내역인 점, 청구인이 주사무소로 사용하였다는 컨테이너의 경우 2018년 11월 거리뷰 사진 등에서 확인되지 아니한 점 등에 비추어, 사업인정고시일(19.12.23.) 현재 1년 전부터 실질적인 사업을 수행하였다고 인정하기 어려운바, 부재부동산 소유자로 보는 것이 타당함 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 「공공주택특별법」제6조에 따라 경기도 성남시OOO일원이 ‘A 공공주택지구’ 개발사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)으로 지정됨에 따라, 청구인이 소유하고 있던 경기도 성남시OOO 외 2필지(197-3·5)의 토지(임야 및 답 4,4701.2㎡, 이하 “이 건 수용부동산”이라 한다)가 한국토지주택공사에 수용되자 청구인은 2022.12.28.과 2022.12.29. 보상금 OOO원을 수령하였다.＜표1＞ 이 건 수용부동산 세부 내역○○○나. 그 후, 청구인은 2023.12.12. 서울특별시 OOO외 1필지의 토지 754.2㎡ 및 건축물 1,495.56㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 대체 취득하여, 같은 날, 그 취득가액 OOO원에 대하여 아래 ＜표2＞와 같이 구분하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부한 후,이 건 부동산이 「지방세특례제한법」제73조 제1항에 따른 토지수용 등으로 인한 대체취득 부동산에 해당한다는 사유로 2024.5.30. 경정청구를 하였으나, 처분청은 같은 조 제2항에 따른 부재부동산 소유자에 해당한다는 사유로 2024.7.10. 청구인의 경정청구를 거부하였다.＜표2＞ 이 건 부동산에 대한 취득세 등 과세구분(단위 : 원)○○○다. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.7. 이의신청을 거쳐 2025.4.2. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장청구인이 부재부동산 소유자에 해당하는지 여부는 청구인이 이 건 수용부동산에서 사업인정고시일(2019.12.23.) 1년 이전부터 사업자등록에 준하는 고유번호를 부여받은 사실과 종중 정관에 따른 목적사업을 수행하였는지에 따라 판단하여야 하는 것이고, 이 건 수용부동산의 농지에서 수익사업을 영위했는지와는 무관하다 할 것이므로, 대체취득한 이 건 부동산은 아래와 같은 사유로 「지방세특례제한법」제73조 제1항에 따라 취득세 등을 감면하는 것이 타당하다.(1) 「지방세특례제한법 시행령」제34조 제2항에서 “부재부동산 소유자”란 ① 형식적 사업자등록과 ② 실질적 사업수행 여부를 그 판단 요건으로 하고 있다.(2) 비영리단체(종중)인 청구인은 사업인정고시일로부터 1년 이전부터 이 건 수용부동산이 소재한 지역에서 계속 사업자등록을 하였다.(가) 대법원(2010.12.23. 선고 2008두19864 판결)에서 대체부동산 취득세 감면을 적용함에 있어 대체부동산 취득자에 대한 조세정책적인 차원에서의 지원 또는 배제의 필요성은 자연인이나 법인뿐만 아니라 종중과 같은 비법인사단 등 부동산 소유자 및 납세의무자가 되는 권리주체는 모두 인정된다고 판시하고 있는바,청구인은 2009.11.1. 「소득세법」제168조에 따른 고유번호를 부여 받아 수익사업을 영위하지 아니하는 법인 아닌 단체로 등록한 후, 12년간 개인 면세사업자에 준하는 지위로서 청구인의 목적사업을 지속하여 왔고, 2021.12.30 분당세무서장에게 「국세기본법」제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체 승인 신청을 하였으며, 요건을 인정받아 법인 사업자로서의 고유번호를 부여 받았으며, 「소득세법」제168조 제5항 제1호에 따르면, 「소득세법」에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 「부가가치세법」제8조를 준용한다고 규정하고 있다.(나) 청구인은 사업자등록번호에 준하는 고유번호를 부여 받았으므로, ① 형식적 사업자등록 요건을 충족한 것으로 보아야 하고, 「지방세특례제한법」 제34조 제2항에서 말하는 사업자등록이란 「부가가치세」과세사업 또는 수익사업만을 목적으로 하는 사업자등록이라는 명문 규정이 존재하지 않으므로 고유번호만 가지고 있다는 사실만으로 그 요건을 위배했다고 볼 수 없다.(3) 종중의 고유목적사업은 실질적으로 정관으로 정해진 본점 소재지에서 수행하므로, 청구인은 사업인정고시일로부터 1년 이전부터 이 건 수용부동산이 소재한 지역에서 계속하여 실질적인 사업을 수행한 경우에 해당한다.(가) 청구인은 2009.11.1. 고유번호 신청 당시부터 작성된 정관으로 그 목적사업을 정하고 있고, 이 건 수용부동산 중OOO을 선영(주사무소)으로 하여 숭조돈중사업, 종중재산보존사업 등을 수행하는 것을 그 목적으로 하여 고유번호를 부여 받았으나, 해당 주소지는 관할 지방자치단체와 세무서 등으로부터 우편물을 수령할 때 배송의 어려움이 있어 편의상 청구인의 회장 a의 소유 부동산으로 고유번호증 상의 소재지를 변경한 것에 불과하다.(나) 청구인은 2019.9.3. 성남문화원 등을 통해 성남시 향토문화재 제 OOO로 지정되었고, 위성사진 등을 통해 봉분이 잘 관리되어 온 사실 등을 미루어, 청구인은 해당 선영을 중심으로 목적사업을 지속해왔다는 사실을 알 수 있으며,만일, 고유목적사업을 실질적인 사업을 수행한 것으로 보지 않는다면 수용되는 선영의 대체부동산을 매입할 경우 취득세 감면이 배제되어 다른 현지인들과 비교했을때 과세형평에 어긋나게 될 뿐만 아니라, 대체부동산 취득에 대한 경제적 부담이 높아져 오래전부터 이어져온 종중의 고유목적사업의 지속적인 수행을 어렵게 해 그 단체의 계속가능성을 위협하는 요인이 되는 결과를 초래할 수 있다.(다) 또한, 종중은 매년 선영에서 지내는 시제가 가장 중요한 고유목적사업에 해당하고, 그 시제는 컨테이너가 아닌 분묘에서 행해지고 있음에도, 처분청이 컨테이너 등이 없었다는 이유로 이 건 수용부동산에서 종중 고유목적사업이 수행되었다고 보기 어렵다고 하는 것은 부당하다.(4) 종중이 수익사업을 영위하지 않는다는 이유로 부재부동산 소유자로 판단하는 것은 비영리단체에 대한 역차별에 해당한다.(가) 「지방세특례제한법」제73조는 토지수용 등으로 인하여 자신의 의사에 반해 부득이하게 생활의 기반이나 사업의 기반을 잃게 되는 거주자 또는 사업자가 부동산을 대체취득하는 경우에 조세정책적인 차원에서 그 대체취득에 따른 취득세를 면제하여 주는 것이다.(나) 이러한, 입법취지 등을 보았을 때 청구인은 토지수용 등으로 인하여 고유목적 사업의 기반을 잃게 된 것은 분명한 사실임에도 형식적인 사업자등록과 수익사업여부만으로 그 사업기반을 잃지 않았다고 보는 것은 수익을 추구하는 사업자만 감면대상이 되는 것에 해당하게 되는 것으로 매우 부당하다.나. 처분청 의견(1) 대법원에서는 종중이란 공동선조의 후손들에 의하여 선조의 분묘수호와 봉제사 및 후손 상호간의 친목 도모를 목적으로 형성되는 자연발생적인 친족단체이다(대법원 1994.11.11. 선고 94다17772 판결, 같은 뜻임)고 정의하면서,종중은 공동선조의 제사뿐만 아니라 공동선조의 분묘수호와 종중재산의 보존·관리, 종원 상호간의 친목 등 다양한 목적을 위하여 구성되는 자연발생적인 종족집단이므로 제사만을 목적으로 하는 단체로 보기 어렵다(2016.2.18. 선고 2015두40958 판결, 같은 뜻임)고 하였으며,부재부동산 소유자는 ‘거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)’에 해당하여야 하므로, 자연인이나 법인 또는 비법인사단 등인지 여부를 불문하고 사업자등록을 하고 사업을 수행할 수 있는 자는 일단 위 ‘사업자’에 해당한다고 보아야 하고, 다시 위 각 규정에 따른 사업자등록 및 실질적인 사업수행 여부를 판단 받아 과세 또는 비과세여부가 결정된다(2010.12.23. 선고 2008두19864 판결, 같은 뜻임)고 판시하였다.(2) 「지방세특례제한법 시행령」제34조 제2항에 의한 “부재부동산 소유자”란, 거주자 또는 사업자에 해당하여야 하고, 고유목적사업을 수행하는 비법인사단을 사업자의 범위에 포함하지 않는다면 비법인사단의 경우 무조건 토지수용 등으로 인한 대체취득 감면대상에 해당하게 되어 해당 규정의 감면 취지에 부합하지 않는다 할 것인바,비법인사단인 종중이 분묘수호, 봉제사 등의 종중 고유목적사업만을 수행한 것으로는 사업자로서 사업을 수행하였다고 보기 어렵고, 사업자등록 및 그에 기반한 실질적인 사업수행을 한 경우에만 부재부동산 소유자에 해당하지 않는다고 보아야 한다.(3) 청구인은 이 건 수용부동산 소재지와 같은 행정구역 내에서 고유번호증을 발급받은 사실이 확인되므로, 이 건 수용부동산에서 이 건 개발사업의 사업인정고시일(2019.12.23.) 1년 전부터 사실상 사업을 계속하였는지 여부를 살펴보면,청구인이 주사무소로 사용했다고 하는