조특법§99의2 감면주택과 일반주택 보유 중 일반주택 양도시 비과세 여부

법규과-1582 (2025.07.16. 시행) 1. 사실관계 ○ ’13.12월 甲, A주택 * 분양계약 체결 * 조특법§99의2 특례대상 요건 충족함을 전제함 ○ ’16.9월 甲, A주택 완공되어 취득 ○ ’17.10월 甲과乙은 부부, B주택 * 공동 취득 * (조정대상지역) ’18.12.31.지정, ’22.11.13. 해제 ○ ’25.07월 甲과乙 B주택 * 양도 (양도가액 12억원 이하) * 거주이력이 없는 것으로 전제함 2. 질의내용 ○ 조특법§99의2 감면주택 (A주택) , 일반주택 (B주택) 을 보유하는 1세대가 거 주이력이 없는 일반주택 (B주택) 양도시 1세대1주택 비과세 가능 여부 3. 관련법령 □ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세 (이하 “양도소득세”라 한다) 를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택 (주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다) 과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지 (이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다) 의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대 통령령으로 정하는 주택 □ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1 세대가 양도일 (주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 (제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것 [취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역” 이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해 당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것] 을 말한다. <후략> □ 조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소 득세의 과세특례】 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주 택의 연면적 (공동주택의 경우에는 전용면적) 이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 ｢주택법｣ 제54조에 따라 주 택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득 (2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다) 한 경우에 해당 주택을 취득일 부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도 소 득세의 100분의 100에 상당 하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경 우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양 도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금 액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. ② ｢소득세법｣ 제89조제1항제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. ④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.