재산분할로 임대주택의 공유지분을 이전받아 민간임대주택법상 임대사업자 지위를 승계한 경우 조특법§97의3 적용 여부

1. 사실관계 ○ ’16.9.9. A주택 매매취득( 甲· 乙 공동명의) ○ ’17.9.27. 세무서 사업자등록(공동사업) ○ ’17.9.28. 지자체 임대등록(공동명의, 준공공·8년) ○ ’23.9.20. 지자체 임대사업자 지위 포괄승계 (甲·乙→乙) ○ ’23.9.22. 세무서 사업자등록 정정 (甲·乙→乙) ○ ’23.10.16. 재산분할로 甲이 乙에게 A주택 지분(1/2) 이전 ○ ’25.10.01. 지자체 임대등록 자동말소 ○ ’26.2.26. A주택 * 양도 * 임대기간 외 조특법§97의3 요건 충족 전제 2. 질의요지 ○ 전 배우자(이하 “甲”)와 질의자(이하 “乙”)가 매매로 공동취득하여 준공공임대주택으로 임대사업자 등록 후 임대하던 A주택에 대하여, - 乙이 甲의 지분을 이혼에 따른 재산분할로 이전받아 민간임대주택법상 임대사업자 지위를 포괄 승계한 경우 - 甲의 임대기간을 합산하여 「조세특례제한법」제97조의3에 따른 과세특례 적용이 가능한지 여부 3. 관련 법령 〔1〕 「조세특례제한법」 □ 조세특례제한법 (2024.12.31. 법률 제20617호로 개정된 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간 임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 (법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. <개정 (...) 2022.12.31, 2024.12.31> 1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우 ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 <제19199호, 2022.12.31> 제38조(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 등록을 한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택에 대한 양도소득세 과세특례에 관하여는 제97조의3제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. □ 조세특례제한법 (2022.12.31 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제97조의3【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반 민간 임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간 매입 임대 주택이나 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원 민간 임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외 한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택 (이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다. 1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우 □ 조세특례제한법 시행령 (2023.02.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속 하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다. 2. 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대 주택에 관한 특별법 일부 개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항 에 따라 등록이 말소되는 경우: 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다. ③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다. 1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 에 따라 정한 기준을 준용한다. 2. 「주택법」 제2조제6호 에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것 3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것 4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것 ④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조 제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법 」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며,「민간 임대주택에 관한 특별법」제5조제3항에 따라 같은 법 제2조 제 6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다. ⑤ 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항 본문에 따른 100분의 50의 공제율 또는 같은 항 단서에 따른 100분의 70의 공제율을 적용할 때에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다. □ 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함 한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다. (각 호 생략) ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】 ⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 "주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다. 1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것 2. 삭제 <2001.12.31> 3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대 하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것 3의2. 삭제 <2001.12.31> 4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것 5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것 □ 조세특례제한법 시행규칙 제97조 【주택임대기간의 계산 】 영 제97조제5항제5호에서 “기획재정부령이 정하는 기간”이라 함은 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간으로서 3개월이내의 기간을 말한다. 〔2〕 「민간임대주택에 관한 특별법」 □ 민간임대주택에 관한 특별법 (2020.8.18. 법률 제17482호로 개정 된 것) 제2조 【정의】 5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간 임대 주택 (아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다. 6. 삭제 <2020.8.18.> 부 칙 <법률 제17482호, 2020. 8. 18.> 제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다. ② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등록할 수 없다 . □ 민간임대주택에 관한 특별법 (2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】 5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 부 칙 <법률 제15356호, 2018. 1. 16.> 제5조(이미 등록한 민간임대주택등에 관한 특례) ② 이 법 시행 후 제5조의 개정규정에 따라 임대사업자가 등록한 장기일반민간임대주택을 다른 법령에서 인용하는 경우 종전 규정에 따라 등록한 준공공 임대주택을 포함한다. □ 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 【임대사업자 등록의 말소】 ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다. 5. 제43조제2항 또는 제6항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우 11. 제43조에도 불구하고 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별