법인세경정거부처분취소

【원고, 항소인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양, 담당변호사 심규찬 외 1인) 【피고, 피항소인】 남대문세무서장 【제1심판결】 서울행정법원 2024. 11. 12. 선고 2024구합62523 판결 【변론종결】2025. 9. 19. 【주 문】 1. 원고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 【청구취지 및 항소취지】제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 10. 4. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 법인세 1,072,411,350원 및 2019 사업연도 법인세 1,636,499,940원의 경정청구 거부처분을 각 취소한다. 【이 유】 1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가·삭제하고 원고가 이 법원에서 추가하거나 강조하는 주장에 관하여 ‘2. 추가 판단’을 기재하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다. ○ 제1심판결 제6면 각주의 "1998, 12, 28,"을 "1998. 12. 28."로 고쳐 쓴다. ○ 제1심판결 제9면 제4행과 제5행 사이에 아래와 같은 내용을 추가한다. 『원고는, 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 법인세법은 제8조 제1항 단서에서 조세회피 목적이 있는 합병법인의 결손금 공제 불가 요건만을 규정하고 있었으므로 적격합병을 한 합병법인은 별도의 규정이 없는 한 피합병법인의 이월결손금을 포괄승계하고 이는 당연히 합병법인 자신의 결손금이 되는 것이었다가, 1998. 12. 28.자 개정으로 구분공제 조항이 신설됨에 따라 공제 범위가 제한되었을 뿐이라고 주장한다. 그러나 1998. 12. 28.자 개정 이전의 법인세법 제8조 제1항 단서는 그 문언에 의하더라도 ‘조세회피 목적이 없는 합병의 경우, 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 제한 없이 공제할 수 있다’는 취지가 아님이 명백한 점, 합병법인이 합병에 의하여 피합병법인의 결손금을 당연 승계하는지 여부에 관하여 상법과 세법은 입장을 달리하고 있는 점, 종래 법인세법은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 공제하는 것을 일절 허용하지 않다가 1998. 12. 28.자 개정으로 구분공제 조항을 신설하면서 비로소 일정한 요건을 갖춘 이른바 적격합병의 경우 일정한 한도 내에서 승계 및 공제를 허용하기 시작한 점, 위 1998. 12. 28.자 개정의 개정이유에는 합병법인이 피합병법인의 이월결손금을 승계하여 공제받을 수 있도록 한다는 점이 명시되어 있는 점, 위와 같이 개정된 법인세법은 부칙 제3조에서 구분공제 조항은 이 법 시행 후 최초로 합병하는 분부터 적용한다고 정할 뿐 개정 전의 합병에 대한 경과규정을 두지 아니한 점 등을 비추어 볼 때, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.』 ○ 제1심판결 제11면 아래에서 제4 내지 3행의 "공제한도비율을 적용하는 방식을 적용하겠다는 방식의 정책적 의도가"를 "공제한도비율을 적용하겠다는 정책적 의도가"로 고쳐 쓴다. ○ 제1심판결 제12면 제7행과 제8행 사이에 아래와 같은 내용을 추가한다. 『원고는 자신이 피합병법인을 흡수합병한 데에는 조세회피 목적이 없었고 이 사건 단서 조항 역시 조세회피 문제와 무관하므로 ‘조세회피 목적의 합병 방지’를 이유로 원고의 주장을 배척하는 것은 부당하다는 취지로도 주장하나, 법인세법령은 조세회피를 목적으로 하지 않는 일정한 요건을 갖춘 적격합병의 경우에만 예외적으로 결손금의 승계를 인정하고 있으므로 만약 원고에게 조세회피 목적이 있었다면 승계한 결손금의 공제 한도에 관한 다툼에 나아갈 것 없이 결손금의 승계 자체가 불가능하였을 것인 점, 구분공제 조항 또한 합병법인에게 조세회피 목적이 있었는지 여부를 묻지 않고 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금의 공제 범위를 일괄적으로 제한하고 있는 점, 관계 법령의 적용·해석에서 개별 납세의무자의 주관적 의사는 고려 요소가 되지 않는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.』 2. 추가 판단 가. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조). 나. 구체적 판단 1) 원고는 합병법인의 경우에 이 사건 단서 조항 중 ‘(내국법인의) 각 사업연도의 소득’의 의미는 합병법인 고유의 사업에서 발생한 소득(이하 ‘고유사업소득’이라고 한다)과 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득(이하 ’승계사업소득’이라고 한다)의 구분 없이 합병법인의 전체 소득금액으로 보아야 한다고 주장하나(결국 합병법인의 ‘각 사업연도의 소득’은 고유사업소득과 승계사업소득의 합계액이 되어야 한다는 주장이다), 관계 법령의 내용, 체계, 연혁 등에 의하여 인정되는 다음 사정들을 종합하면, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다. ① 이 사건 단서 조항은 이월결손금의 공제 ‘한도’를 정함으로써 과거에 발생한 결손으로 인하여 대규모의 이월결손금이 형성된 법인이라도 당해 사업연도에 이익이 발생하였다면 최소한의 법인세를 부담하도록 할 목적에서 도입되었다. 그런데 원고의 주장과 같이 해석할 경우, 합병법인이 승계사업소득의 100%에 대하여 이월결손금 공제를 받아 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한