가공매입세금계산로 보아 손금부인하고 대표이사 상여로 소득처분한 소득금액변동통지의 당부

청구법인은 쟁점매입처가 아닌 OO이 쟁점용역을 실제 공급하여 위장거래로 인정해야 한다고 주장하나, OO이 쟁점용역을 공급하였음을 입증할 자료를 제출하지 못하였고, 쟁점매입처의 대표가 쟁점용역의 대금을 청구법인에게 되돌려 주었다고 시인하였으므로 OO이 쟁점용역을 공급한 것으로 인정하기 어려우므로 쟁점용역의 공급대가를 귀속자가 불분명한 사외유출금액으로 보아 대표자 상여로 소득처득한 것은 타당 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구법인은 2021.7.2. 설립되어 OOO에서 전기차 충전시설 설치·운영사업을 영위 중인 업체로, 2024년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 A(이하 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 프로그램 대여 및 마케팅 용역을 품목으로 한 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 1매를 수취하고, 위 금액을 손금으로 계상하여 2024사업연도 법인세 신고를 하였다.나.OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.2.20.부터 2025.5.2.까지 쟁점매입처의 2024년 제1기～제2기 부가가치세 과세기간을 대상으로 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과 쟁점세금계산서를 용역의 공급 없이 거짓으로 기재하여 발급한 세금계산서로 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였다.다.처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 2025.9.18. 쟁점세금계산서 관련 공급대가인 OOO원을 청구법인의 대표이사 B에 대한 상여로 소득처분하여 2024사업연도 소득금액변동통지를 하는 한편, 아래 ＜표1＞과 같이 2025.10.23. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원[「부가가치세법」제60조 제3항 제2호의 세금계산서 불성실 가산세(3%) OOO원 포함]을 경정·고지하였다.＜표1＞이 건 과세처분 내역○○○라.청구법인은 이에 불복하여 2025.12.15. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1)쟁점세금계산서가 가공세금계산서라면 우선 그 사실관계와 회계처리 내용 등을 바탕으로 소득의 실질 귀속자에게 관련 공급가액과 매입세액을 소득처분함이 마땅하고 귀속자가 불분명한 경우에 한하여 대표이사에게 상여로 소득처분하여야 한다.(가)청구법인은 전기차 충전시설의 설치 및 운영을 주요 사업으로 영위하면서 전국 아파트 단지를 대상으로 영업활동을 수행하고 있는바, 청구법인은 자체 영업조직 외에도 필요에 따라 쟁점매입처와 같은 대행업체 등을 활용하여 영업활동을 전개하면서 세금계산서 수취를 통해 적격증빙을 구비하여 왔다.(나)전기차 충전영업 대행 용역의 경우 그 이행상황을 살핌에 있어 업계의 관행상 그 내용을 별도의 서면으로 주고받지 않고 입주자대표회의와 청구법인 간 관련 납품계약이 성사되면 그 공로를 살펴 용역의 이행을 인정하고 역무의 대가를 지급하는 것이고, 반대로 납품계약 체결이 무산되면 쟁점매입처의 그간 노고에 불문하고 일체의 대가를 지급하지 아니한다.(다)청구법인은 신원미상의 D이라는 자에게 전기차 충전시설 납품 영업(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 대행하도록 한 결과, 2024.12.2. C 입주자회의와 전기차 충전시설 납품 계약을 체결하게 되었다.다만, 청구법인은 쟁점용역 공급이 완료된 이후인 2024.12.9. D의 요구에 따라 쟁점매입처와 계약을 체결하고 2024.12.12. 쟁점세금계산서를 수취한 후 2024.12.19. 공급대가 전액을 쟁점매입처 대표인 E 명의의 계좌로 송금하였는데, 이는 위에서 설명한 바와 같이 관련 납품계약 체결이 완료되고 나서야 쟁점용역 대금의 지급의무가 발생하는 업계의 관행 때문이었을 뿐 조세회피를 의도하거나 가공거래를 감추기 위한 것이 아니다.(라)이에,「국세기본법」제14조에 따르면, 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하도록 하고 있는바,이 건의 경우 D이 청구법인에게 쟁점용역을 실제 공급하고 쟁점매입처의 명의를 빌려 쟁점세금계산서를 발행한 위장거래에 해당함에도 불구하고, 조사청 또는 처분청은 청구법인이 쟁점매입처 대표 명의 계좌로 송금한 용역대금의 최종 귀속자에 대한 면밀한 확인없이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 단정하고 공급대가 상당액을 청구법인 대표자에게 상여로 소득처분하였으므로 이와 같은 위법한 과세처분은 취소되어야 한다.(2)「부가가치세법」제60조 제3항 제4호에 따르면 용역을 공급받고 실제로 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우 2%의 가산세율을 적용하여야 하는 것인바, 이 건의 경우 입주자대표회의와 청구법인 간 전기차 충전시설 납품계약이 정상적으로 체결된 점에 비추어 필연적으로 쟁점용역 또한 정상적으로 공급되었다고 봄이 마땅하고, 설령 쟁점세금계산서가 사실과 다르다고 하더라도 이는 실제 용역을 공급한 자와 쟁점세금계산서를 발급한 자의 명의만 다른 것이므로 2%의 가산세율을 적용함이 타당하다.나.처분청 의견(1)이 건 쟁점매입처에 대한 세무조사 과정에서 쟁점매입처는 쟁점용역을 공급하기 위한 인적자원 및 물적시설을 보유하고 있지 아니한 점이 확인되었을 뿐만 아니라 쟁점매입처 대표인 E 또한 청구법인과의 거래사실이 없음을 시인한바 쟁점세금계산서는 가공세금계산서임이 분명하다.(가)쟁점매입처는 F 등에 등록된 상품의 노출 횟수를 증가시켜 검색순위가 상향조정 되도록 하는 소위 매크로(Macro) 프로그램을 판매하는 사업을 영위하고 있고 실제 매출 또한 이 매크로 프로그램 판매에서만 발생하고 있다.(나)조사청은 쟁점매입처의 실제 매출기록을 근거로 쟁점매입처가 청구법인에게 쟁점용역을 공급한 사실이 없음을 입증하였으며, 쟁점매입처 대표 또한 청구법인에게 가공세금계산서를 발급한 뒤 쟁점매입처 계좌로 송금받은 쟁점세금계산서 공급대가 상당액을 현금으로 출금하여 청구법인에게 반환하였다고 진술한바 있다.(다)따라서, 이 건과 같이 실제 용역공급 없이 쟁점매입처 명의 계좌에 송금된 공급대가 상당액이 현금 출금됨으로써 실질 귀속자를 분별할 수 없는 경우에는「법인세법」시행령 제106조 제1항 제1호에 따라 대표자에게 상여로 소득처분 함이 마땅하다.(2)청구법인은 제3자를 통해 쟁점용역을 실제로 공급받았다고 주장 하나, 결과물(청구법인의 납품계약 성사)이 산출되고 나서야 관련 영업활동(쟁점매입처)을 실시하는 내용으로 계약서를 작성한다는 것은 경험칙상 받아들이기 어려운 점, 청구법인과 입주자대표회의 간 전기차 충전시설 납품계약이 성사되었다는 사실만으로는 쟁점용역의 실제 공급 여부를 증명하기 부족한 점, 청구법인이 입주자대표회의를 대상으로 한 쟁점용역이 필요한 사유 및 동 쟁점용역의 세부 내용에 대하여 소명하지 못하는 점, 청구법인이 실제 쟁점용역을 공급한 자에 대하여 구체적으로 밝히지 못하는 점, 쟁점매입처 대표가 쟁점세금계산서 공급대가 상당액을 현금으로 출금하여 청구법인에게 반환하였다고 진술한 점 등에 비추어 쟁점세금계산서는 용역을 공급받지 아니하고 수취한 가공세금계산서에 해당하므로 공급가액의 3% 상당의 가산세를 납부세액에 가산함이 타당하다.3.심리 및 판단가.쟁점①쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 공급대가를 청구법인 대표자에 대한 상여로 소득처분한 소득금액변동통지의 당부②쟁점세금계산서에「부가가치세법」제60조 제3항 제2호가 아닌 제4호가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부나.관련 법령(1)부가가치세법제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.1.공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2.공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3.공급가액과 부가가치세액4.작성 연월일5.그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제38조[공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.1.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)제39조[공제하지 아니하는 매입세액 등] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.1.제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나