쟁점아파트의 양도를 장기할부조건부 매매거래로 보아 사용수익일을 양도시기로 하여 1세대 1주택 비과세를 부인하고 양도소득세를 부과한 처분의 당부

쟁점매매계약은 쟁점전세계약과는 별도로 당사자 간의 의사합치에 따라 이루어진 것으로 보이는 한편, 쟁점전세계약이 쟁점매매계약 체결이나 청구인의 1세대 1주택 비과세 적용 등을 위한 가장거래에 해당한다고 볼 만한 사정 또한 달리 확인되지 아니하므로 양수인들이 00.0.0.부터 쟁점아파트를 소유자의 지위에서 사용수익한 것으로 보기 어렵고, 쟁점아파트의 잔금청산일, 소유권이전등기 접수일 및 쟁점매매계약서상 인도일은 전부 XX.X.XX.이고, 양수인들이 쟁점아파트의 소유자로서 이를 사용수익하기 시작한 시점 또한 이들이 「민법」상 소유권을 취득한 XX.X.XX.이므로 쟁점아파트 양도시기는 XX.X.XX.로 보임 OOO세무서장이 2025.8.13. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1.처분개요가.청구인은 2020.9.4. A 및 B(이하 “양수인들”이라 한다)에게 대구광역시 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2020.12.31.부터 2024.12.30.까지 임대보증금 OOO원에 임대하기로 하는 전세계약(이하 “쟁점전세계약”이라 하고, 관련 계약서를 “쟁점전세계약서”라 한다)을 체결하였고, 양수인들은 2021.1.7. 쟁점아파트에 전입하였다.나.청구인은 2021.4.9. 양수인들에게 쟁점아파트를 OOO원에 양도하는 계약(이하 “쟁점매매계약”이라 하고, 관련 계약서를 “쟁점매매계약서”라 한다)을 체결하여, 계약금 및 중도금 합계 OOO원은 계약일에 지급받기로 하고 잔금은 2023.2.28. 지급받기로 하였으며, 이후 쟁점아파트의 양도시기를 2023.2.28.로 보아 고가주택의 1세대 1주택 비과세를 적용하여 2023.4.25. 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다.다.OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.4.14.부터 2025.5.3.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점매매계약 체결일인 2021.4.9.를 양수인들이 쟁점아파트를 사용수익하기 시작한 시점으로서 쟁점아파트의 양도시기에 해당하는 것으로 보아, 2년의 보유기간 요건 미충족을 이유로 고가주택의 1세대 1주택 비과세를 부인하여 처분청에 관련 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 청구인의 2023년 귀속 양도소득세 전액을 감액경정하는 한편, 2025.8.13. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.라.청구인은 이에 불복하여 2025.10.31. 심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1) 쟁점전세계약 및 쟁점매매계약 등의 경위는 다음과 같다.(가) 청구인은 고등학교 재학중이던 1983년 아버지가 돌아가시면서 집안 사정으로 인하여 대학을 진학하지 못하고 생업 전선에서 평생 근로소득자로 살아온 사람으로, 평생 자기 집 한 번 가져보지 못하다가 어렵게 청약에 당첨되었다.(나) 쟁점아파트는 학군 프리미엄이 있는 대구광역시 OOO에 위치하여 청약 당첨과 동시에 큰 시세 차익이 발생할 수 있었고, 청구인은 2018.7.10. 쟁점아파트를 총 공급가액 OOO원에 분양받는 계약을 체결하여 2020.12.29. 잔금을 완납하였으며, 이로부터 1세대 1주택 비과세 보유요건 기간인 2년이 경과한 2023.2.28. 쟁점아파트를 양수인들에게 양도하였다.(다) 청구인은 2020.6.10.까지 쟁점아파트 공급가액 중 계약금 및 6회분 중도금 합계 OOO원을 지불하였으나 잔금 OOO원을 지불할 자금사정이 여의치 않아 계약 해지에 따른 손실을 막기 위하여 부득이하게 양수인들과 쟁점아파트 준공 전인 2020.9.4. 쟁점전세계약을 체결하여 쟁점매매계약의 잔금을 지급하였다.(라) 청구인은 쟁점전세계약에 따른 임대계약기간 중인 2021.4.9. 쟁점매매계약을 체결하면서, 기존의 임대보증금 OOO원을 계약일자에 계약금 및 중도금으로 지급받은 것으로 갈음하고 2023.2.28. 잔금 OOO원을 지급받기로 하였다.(2) 쟁점매매계약은 장기할부조건부 매매거래가 아닌바 이 건 양도소득세 부과처분은 조세법률주의에 어긋난 것이고, 청구인의 쟁점아파트 취득시기는 분양대금 잔금을 완납한 2020.12.29.이며 양도시기는 쟁점매매계약에 따른 잔금을 수령한 2023.2.28.이므로 이는 취득 및 양도의 잔금청산일이 분명한 경우에 해당하는 경우로서 청구인의 쟁점아파트 양도는 1세대 1주택 비과세 적용을 위한 2년 이상의 보유요건을 충족한 것이다.(가) 잔금청산일(2023.2.28.)이 쟁점매매계약 체결일(2021.4.9.)로부터 1년 이상 경과한 뒤라고 하더라도, 쟁점전세계약에 따른 임대계약기간이 만료되지 아니한 상황에서 양수인들에게 임대보증금을 반환할 의무는 없는 것이고, 양수인들은 쟁점매매계약이 아닌 쟁점전세계약에 따라 쟁점아파트를 사용수익하는 것이다.(나) 이 건은 임대보증금이 매매대금으로 전환된 경우로서 청구인이 이미 지급받은 임대보증금을 돌려주고 다시 매매대금으로 분할하여 지급받는 것이 아니라 매매대금 잔금 청산 시 상계되는 것이므로, 쟁점매매계약은 계약금을 제외한 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입하는 것과는 관련이 없다.(다) 쟁점매매계약이 장기할부조건부 매매거래에 해당하려면 쟁점아파트의 소유권이전등기 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상이어야 하나, 양수인들의 쟁점아파트에 대한 사용수익은 쟁점전세계약에 의한 것이므로 위 시점들 중 소유권이전등기 접수일만 남게 되어 이는 장기할부조건부 매매거래의 요건에 부합하지 아니하는 것이다.(라) 국세청 예규에 의하면 임대주택을 임대사업자로부터 분양받는 경우로서 “대금을 청산한 날”이란 당초 임대보증금을 납부한 날이 아니라 임대관계 종료로 임대사업자와 당해 임대주택의 분양전환에 합의하고 이미 납부한 임대보증금을 매매대금으로 전환하여 당해 자산의 대금을 청산한 날을 말하는 것(재산세과-1538, 2009.7.27.)이고, 분양전환임대주택의 취득시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날이며 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기 등을 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일인 것(서면-2020-부동산-1861, 2020.10.29.)인바, 청구인의 쟁점아파트 양도의 경우 임대보증금이 매매대금으로 전환되었으므로 잔금청산이 완료된 시점인 2023.2.28.을 양도시기로 보아야 한다.(마) 청구인이 만일 쟁점아파트를 양도하면서 2021.4.9.자 계약금을 OOO원으로 하고 2023.2.28.자 잔금을 OOO원으로 하였다면 계약금을 제외한 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입한 것이 아니므로 장기할부조건부 매매거래 요건을 충족하지 아니하였을 것인데, 이는 2021.4.9.자 계약금 및 중도금 합계액을 OOO원으로 한 것과 그 실질이 다르지 아니하므로, 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 「국세기본법」 제14조가 규정한 실질과세의 원칙에 반한다.(3) 청구인은 1세대 1주택 비과세를 적용받기 위하여 쟁점아파트 취득일로부터 2년이 지나 잔금을 받기로 하였던 것으로서 이는 일반적인 상식을 가지고 있는 사람들이 할 수 있는 지극히 당연한 행위이다.(가) 청구인은 일반적인 상식을 가진 선량한 납세자로서 장기할부조건부 매매거래의 요건이나 논리를 알지 못하였고(이를 알았더라면 2021.4.9.자 계약금을 OOO원으로 하여 논란의 소지가 없도록 하였을 것이다) 전문가인 공인중개사가 1세대 1주택 비과세가 적용된다고 하며 관행적으로 작성한 매매계약서를 신뢰하여 날인한 것뿐이다.(나) 처분청은 양수인들이 매수여력이 충분함에도 청구인 때문에 잔금 지급을 미루는 이례적인 거래를 하였다는 의견이나, 양수인들이 자금여력이 충분하다 하더라도 즉시 그 돈을 받고 1세대 1주택 비과세 적용을 포기할 사람은 존재하지 아니한다.(다) 일반적인 장기할부조건부 매매거래에서 계약금과 1회차 할부금을 동시에 지불하는 경우는 관행상 있을 수 없는데, 청구인의 경우 임대차계약 내에 쟁점매매계약을 체결한 특수한 상황에 처해 있었고, 쟁점매매계약 체결 시 세법 지식이 없는 선량한 납세자로서 공인중개사가 작성한 계약서를 신뢰할 수밖에 없었다.(라) 청구인이 쟁점아파트를 취득한 시기는 부동산 가격 변동이 크던 시점으로 특히 쟁점아파트가 소재한 대구광역시 OOO의 경우 학군 프리미엄으로 인하여 오래된 아파트도 매물이 없고 전세 수요 또한 많아 전세를 구하기 어렵다.(마) 청구인은 자녀 교육상 안정적으로 거주하고자 하는 양수인들의 요청에 의하여 임대계약기간 만료 후 양수인들에게 쟁점아파트를 우선 매수할 권리를 부여함과 동시에 매매금액을 확정하기 위하여 상호 합의 하에 임대계약기간 중 매매대금을 주고받지 아니하고 형식상 쟁점매매계약을 체결한 것에 불과하다.(바) 물론 청구인이 양수인들에게 쟁점아파트를 우선 매도한다는 매도확약서를 작성하고 확약 위반 시 위약금을 부담하기로 하는 공증 등을 받은 뒤 쟁점전세계약 만료 후에 매매계약을 체결하여 쟁점아파트를 양도하였더라면 처분청과 다툼을 할 여지가 없었을