청구인이 제출한 증빙을 근거로 당초 도급계약 금액을 초과하는 공사비용을 취득가액으로 인정할 수 있는지 여부

ㅇㅇㅇ은 쟁점건물 신축 도급계약 당시 청구인의 대리인으로서 참여하였음이 도급계약서상 확인되고, 도급계약 후 최소 계좌이체분에 달하는 금액을 청구인으로부터 수령했는바, 쟁점건물의 신축을 총괄 또는 중개한 공사책임자로 보이는 점, 쟁점건물은 신축 당시 설계가 변경되어 공사가 이루어지는 등 상당한 추가 비용이 발생했을 가능성이 인정되는 점, 도급계약서상의 금액은 청구인이 제시한 국토교통부 표준건축비에 비해 지나치게 낮은 수준이고, 청구인이 주장하는 공사금액도 위 표준건축비보다 낮은 것으로 나타나는 점, ㅇㅇ건설의 “수령금액 현황” 자료에 따르면, 쟁점건물의 신축공사와 관련하여 ㅇㅇ건설은 쟁점건물 사용승인일에 근접한 날까지 ㅇㅇㅇ원을 지급받은 것으로 기록되어있고 이는 청구인이 주장하는 최소 공사금액을 초과할 뿐 아니라 청구인이 계좌이체 및 현금을 통해 ㅇㅇㅇ에게 지급했다고 주장하는 각 금액 및 일자까지 일치하는 점 등을 종합하면, 비록 「소득세법」 제160조의2 제2항에 따른 관련 증명서류가 존재하지 않는다고 하더라도 청구인이 ㅇㅇㅇ에게 계좌이체를 통해 지급한 금액이 ㅇㅇ건설로 이체되었다면, 특별한 사정이 없는 이상 이를 쟁점건물 신축 공사비로 일응 추정할 수 있다고 판단됨 강릉세무서장이 2025.8.1. 청구인에게 한 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 2015.2.4.~2015.9.25. 기간 동안 a의 계좌에서 b의 계좌로 입금된 OOO원을 한도로 하여 이에 대응하여 b이 ㈜c에게 입금한 내역 등을 재조사하여 쟁점건물의 취득가액 등을 산정하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다. 1.처분개요가. 청구인은 서울특별시 강남구 OOO소재 토지 360.7㎡ 및 (구)건물을 취득·보유하다가 2015.9.21. (구)건물을 멸실하여 지상2층의 연면적 888.63㎡ 주택겸용건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하고, 2015.10.22. 쟁점건물 지분 20%를 배우자 a에게 증여하였다.나.청구인은 2024.10.31. 쟁점건물(양도 시 상가건물로 용도변경) 및 토지를 OOO원에 양도[청구인 지분은 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)]한 후, 건물 취득가액을 OOO원으로 하여 2024.12.27. 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.다. 처분청은 2025.5.1.~2025.5.19. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 당초 청구인이 신고한 취득가액 OOO원 중 OOO원은 적격증빙이 없는 것으로 보아 해당 금액을 부인하고 2025.8.1. 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.24. 심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1) b은 쟁점건물 신축공사의 공사책임자로서, 청구인(배우자 a 계좌)으로부터 b의 계좌로 입금된 금액 OOO원은 쟁점건물 신축을 위해 실제 집행된 자금에 해당하는바, 그 전액이 쟁점건물의 취득가액으로 인정되어야 한다.(가) 청구인은 장기간 미국에서 생활하다 국내에서 거주하기로 결정하고, 생계 유지를 위하여 소유 중이던 노후된 단독주택을 멸실하고 임대목적으로 쟁점건물을 2015년 신축하였다. 건축에 문외한이었던 청구인은 건설회사 임원으로 오래동안 근무한 경험이 있는 b을 공사책임자로 삼았다. b은 쟁점건물의 공사 전체를 직접 지휘하였고, 기본공사는 ㈜c(이하 “d”이라 한다)과 쟁점건물 신축공사 도급계약을 체결(＜그림1＞)하였는바, 도급계약은 청구인을 대리하여 b이 체결하였다. b은 현장 감독관 및 책임자로 공사를 진행하였다.한편, 당초 총 OOO원이었던 공사금액은 쟁점건물이 4세대에서 6세대 주택으로 설계가 변경되었고, 설계변경에 따른 기 공사한 계단 철거, 목공사, 금속창호 공사 등이 추가됨에 따라 증액되었다.(나) 청구인은 양도소득세 신고 시 제출한 “건물신축 공사대금 지급 확인서”(＜그림6＞)에서는 물론, 조사 당시에도 지속적으로 b에 대해 쟁점건물 신축과 관련하여 청구인이 지정한 공사책임관리자라고 진술하였고, 처분청이 b으로부터 징취한 진술서에도 b이 쟁점건물 신축시 청구인으로부터 공사책임관리를 위임받아 공사전반에 대하여 책임관리하였다고 진술한 사실이 확인된다.그럼에도 불구하고 처분청은 b에 대해 d에서 소득을 받은 적도 없고 d의 주주나 대표이사가 아니라는 이유로 ‘관련인’이 아니라고 판단하였는바, 이는 황당무계한 것이다.(다) 쟁점건물 신축과 관련된 공사비는 b의 요청에 따라 청구인의 배우자 a 계좌에서 b 계좌로 전액 송금되었고, b이 이를 집행하였는바 계좌이체한 내역은 다음 ＜표1＞과 같다. 청구인은 양도소득세 신고 시 취득가액에 b에게 지급한 금액 전체를 반영하지 않고, 그 중 계좌이체한 금액 OOO원만 보수적으로 반영하여 취득가액으로 신고하였다.＜표1＞ 쟁점건물 공사대금 계좌송금 내역(양도소득세 신고 시 제출)(단위 : 원)청구인은 위 계좌이체 금액 외에 다음 ＜표2＞와 같이 b에게 지급한 현금이 있었음에도, 이는 양도소득세 신고 시 취득가액에 반영하지 않았다.＜표2＞ 쟁점건물 공사대금 현금지급 내역(단위 : 원)(라) “건물신축 공사대금 지급 확인서”에는 공사대금을 수령한 b의 OOO계좌번호가 명시되었는바, 청구인에 대한 양도소득세 세무조사 시 관련인 b도 “쟁점건물 신축에 대하여 감독관으로 전반적인 책임을 수행하였으며, 공사대금도 수령한 후 지급하였고, 계약금 및 추가금액을 다 수금하였다”는 내용의 진술서를 제출하였다. 청구인은 또한 기본공사를 진행했던 d의 현장소장이 보관 중이던 쟁점건물에 대한 공사대금 수령 현황(＜그림2＞), 도급세금계산서 발행현황(＜그림3＞), 월별 계산서 발행현황(＜그림4＞)을 처분청에 제출하였다.그러나 처분청은 b으로부터 “쟁점건물 신축과 관련하여 공사대금을 수령한 후 d에 지급하였다”는 진술을 받았음에도, 청구인의 배우자(a)와 b의 배우자가 지인이라는 이유로 실제 공사비보다 적게 수령한 세금계산서 및 계산서만 취득가액으로 인정하면서, 청구인에게 취득가액을 더 인정받고 싶으면 공사대금을 수령한 b의 계좌거래내역을 제출하라고 하였다.또한 위 추가 제출된 공사대금 수령현황, 도급세금계산서 발행현황, 월별 계산서발행현황에 대하여도 아무런 검증도 하지 않은채 청구인이 제출한 금융이체자료 및 b이 제출한 자료를 신뢰할 수 없다며 이를 부인하였다.(마) 나아가 처분청은 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」상 청구인이 조회할 수 없는 b의 금융자료를 제출하라며 법의 범위를 벗어난 위법·부당한 요구를 하면서, 청구인이 양도소득세 신고 시 제출한 금융거래내역에 대하여 근거도 없이 부인하였다.처분청이 조사 단계에서 b의 금융계좌에 대해 거래내역을 확인하였으면, b 진술의 적정성 여부를 확인할 수 있었음에도 이를 하지 않은 것은 조사공무원으로서의 당연한 업무도 하지 않은 것으로, 처분청은 청구인의 금융거래내역 및 b 진술서에서 확인한 대로 공사대금을 전액 인정해야 한다.(바) 처분청은 b이 진술서 마지막 부분에서 진술한 추가공사비 OOO원이 과다하여 신뢰할 수 없다는 입장이나, b이 제출한 d의 정산서를 살펴보면 이는 근거가 없다.우선, 처분청도 d의 정산서에 대해 공사진행도가 자세히 나와있기 때문에 신뢰할 수 있다고 하였고, 2015.8.24. 준공청소가 이루어졌지만 정산서상 2015년 8월말과 9월에도 공사를 진행한 사실이 확인된다. 아래 상술하는 바와 같이 정산서의 금액은 공사원가로 표기한 것이고, b은 발주금액으로 진술한 것이므로 차이가 발생할 수 있는 것인데, 처분청이 단지 금액이 과다하다는 이유로 b의 진술을 신뢰할 수 없다고 추정하는 것은 근거과세의 원칙을 위배하는 것이다.d 정산자료를 살펴보면 쟁점건물의 사용승인일까지 투입된 공사원가를 확인할 수 있다. d의 월별 계산서 발행내역은 쟁점건물 신축과 관련하여 자재 및 하도급업체 등에 지불할 비용을 정리한 것으로, 시공업체에서 투입된 비용(관리비용 및 소장 인건비)과 수익은 제외된 것이며, 준공 이후 지출된 비용은 반영되지 않은 것(즉, 준공일까지의 공사원가만 반영)이다. 정산자료에는 당초 계약금액 OOO원 및 근생추가공사 OOO원으로 표기된 도급세금계산서 발행현황(＜그림3＞)이 있고, 월별 계산서 발행내역(＜그림4＞)에는 월별 투입된 내역이 있는데, 정산자료 누계치 합계액이 OOO원으로 나타난다.처분청은 d이 신고한 자료와 대사하여 확인된 OOO원만 공사원가로 인정할 수 있고, 세금계산서 및 계산서 발행금액 OOO원과의 차액인 OOO원에 공사수익과 본사 관리비용(소장 인건비 및 관리비)가 포함되었다는 입장이나, 2015년 7월 및 8월 계산서 발행현황에 음영으로 표시된 부분은 세금계산서를 미수취한 금액으로서, 이는 공사시 필수불가결하게 소요되는 비용(함바, 운송료 등)으로 적격증빙을 수취하지 못한 것뿐이므로 공사투입원가에서 제외하는 것은 합리적이지 않다.한편, 2015년 6월 계산서 발행현황 중 입금자 구분을 살펴보면, 입금자가 “b”과 “법인계좌이체”로 되어 있는 것을 알 수 있는데, 이는 b이 공사책임자로서 공사대금을 직접 지급한 것으로 b이 처분청에 진술한 내용과 일치한다.이상의 내용은 처분청이 b의 관련 계좌를 금융조사하여 d의 월별 정산서와 비교대사했으면, 시공사에게 얼마가 지급되었는지, 공사책임자가 챙긴 수익이 얼마인지 등을 확인(공사책임자 b의 사업소득으로 과세)할 수 있는 사항이었다.(사) 국세의 과세표준 조사 및 결정은 증빙자료에 의하여야 하며, 과세근거의 입증책임 또한 과세관청에 있으나, 처분청은 청구인이 신축공사비로 실제로 지출하고 제출한 금융이체자료에 대하여 근거없이 사적관계에 의한 금융거래 가능성도 배제할 수 없다는 추정을 바탕으로 자의적 과세를 하였는바, 이는 위법부당한 처분으로 근거과세원칙에 위배된다.(2) 처분청은 세무조사 결과 청구인에게 “2