완전자회사 간 무증자 흡수합병 시 합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액은 합병일이 속하는 사업연도에 완전모회사의 손금으로 인정되어야 한다는 청구주장의 당부

무증자합병을 하게 되는 경우 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨 없이 소멸하므로 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것으로 볼 수 있고, 따라서 합병구주의 가액(피합병법인 주식의 취득가액)은 「법인세법」 제19조의 손금에 해당함 A세무서장이 2024.3.25. 청구법인에게 한 2021사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2000.11.1. D 주식회사로부터 분할하여 설립된 법인으로, 서울특별시 서초구 OOO을 본점 소재지로 하여 식품 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하고 있다.나. 청구법인의 완전자회사인 ㈜B는 2021.11.1. 청구법인의 또 다른 완전자회사인 ㈜C을 무증자 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였고, 쟁점합병 후 청구법인은 별도의 세무조정 없이 피합병법인인 ㈜C 지분의 장부가액 OOO원을 차감하고 동 금액을 합병법인인 ㈜B 지분의 장부가액에 가산하였다.다. 청구법인은 ㈜B와 ㈜C의 무증자합병으로 소멸한 피합병법인 ㈜C 주식의 장부가액 OOO원이 「법인세법」상 손금에 해당한다는 내용으로 2023.3.31. 처분청에 2021사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경청청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.3.25. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.14. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 완전자회사간 무증자합병 시 피합병법인 주식은 소멸되므로, 청구법인이 인식하던 피합병법인 주식의 세무상 장부가액(=취득가액)은 「법인세법」상 손금에 해당한다.(가) 「법인세법」 제19조 제1항은 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용을 손금으로 정의하고 있다. 무증자합병을 하게 되면 합병구주의 장부가액만큼 순자산감소가 발생하므로 이는 손금의 정의에 부합하는 거래로 볼 수 있다. 합병 시 합병구주의 가액은 합병신주 가액으로 대체되어야 하나, 무증자합병을 하게 되면 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨 없이 소멸하므로 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하는 것으로 볼 수 있다. 따라서 합병구주가액(피합병법인 주식 취득가액)은 「법인세법」 제19조의 손금의 정의를 충족하는 것으로 보아야 하므로, 완전모회사는 이를 합병등기일이 속하는 시점에 손금으로 인식하는 것이 타당하다.즉, 본 사안의 쟁점이 피합병법인 주식의 손금 귀속시기가 “합병시점”인지 아니면 “합병법인 주식의 매각시점”으로 이연되는 것인지 여부인 점을 감안할 때, 「법인세법」 제40조(손익의 귀속사업연도)의 일반원칙인 권리의무확정주의에 따라 피합병법인 주주의 주식이 합병으로 소멸된 날이 속하는 사업연도의 손금으로 봄이 타당하다.이에 대하여 처분청은 무증자합병 시 합병법인에게 이전된 피합병법인의 순자산가치만큼 합병법인의 규모도 증가하여 피합병법인 주주(청구법인)는 경제적 손실이 없고 지배권에도 변동이 없어 피합병법인 주식 장부가액은 손금이 아니라는 의견이나,「법인세법」은 거래 전체의 경제적 효과나 지배권 변동 여부 등을 고려하여 그 적용을 달리하지 않는 것이 일반적이며, 합병법인과 피합병법인, 그리고 해당 법인의 주주 입장에서의 합병법인 주식과 피합병법인 주식은 각각 별개의 「법인세법」 적용대상으로서, 무증자합병에 따른 처리를 각각의 객체별로 판단하여 적정한 세법 규정을 적용하는 게 마땅하나, 처분청의 의견은 이러한 구분 없이 무증자합병 거래에서의 여러 대상을 하나로 묶어 전체 경제적 효과에 따라 「법인세법」을 적용해야 한다는 것인바, 일반적인 「법인세법」의 적용방식에 반하여 근거 없다.구체적으로 무증자합병으로 인하여 합병법인이 합병으로 피합병법인의 순자산을 취득하여 순자산이 늘어나는 것과 합병으로 인하여 늘어난 순자산가치만큼 합병법인 주식을 평가하는 것, 그리고 피합병법인이 순자산을 양도하고 소멸하는 것과 이로 인하여 피합병법인 주식이 소멸하는 것은 자산별, 주체별로 적정한 세법 규정에 따라 처리되어야 한다. 그럼에도 무증자합병 거래에서 합병법인과 피합병법인, 그리고 그 주주 간 전체의 경제적 손실이 없다는 이유에서 피합병법인 주식 장부가액을 손금으로 볼 수 없다는 처분청 의견은 타당하지 않다.(나) 한편, 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제5호는 투자법인이 합병으로 취득한 신주의 취득원가를 피합병법인 주식의 장부가액에 의제배당금액과 특수관계인으로부터 자본거래로 분여받은 이익을 더한 금액에서 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액으로 산정하도록 규정하고 있다. 위 규정은 투자법인이 합병에 따라 새로이 주식을 취득하였을 때 그 주식의 취득가액을 어떻게 산정할 것인지에 관한 것으로, 이는 합병에 따라 새로이 취득하는 ‘자산(주식)’이 있는 경우를 전제하고 있다. 그러나 무증자합병은 합병신주가 발행되지 아니하므로 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식 장부가액에 가산하여야 한다고 할 문언상 근거가 없다. 따라서 무증자합병과 같이 신주를 발행하지 않는 경우에는 취득한 주식 자체가 존재하지 아니하므로 위 규정은 적용될 여지가 없다.무증자합병으로 인하여 주식을 교부받지 못한 피합병법인의 주주가 합병법인의 주주라는 이유로 당해 피합병법인 주식가액을 합병법인 주식가액에 가산할 법령상 근거는 없는 상황에서 합병법인이 발행한 주식가액을 증액하는 것은 임의평가증에 해당하며, 이는 「법인세법」상 허용되지 아니한다.즉, 합병법인의 주주 관점에서도 무증자합병 거래 시 합병법인 주식을 단순히 보유하고 있는 상황에 불과한바, 합병거래가 「법인세법」이 인정하고 있는 합병법인 주식의 평가의 계기에 해당되지 아니한다. 「법인세법」 제42조 제1항은 주식에 대한 평가를 허용하지 않기 때문에 합병법인 주식도 피합병법인의 순자산 승계와 관계없이 원칙적으로 이를 평가할 근거가 없다. 합병법인이 피합병법인 순자산을 승계함에 따라 규모가 변동되었다 할지라도 이는 합병법인에서 일어나는 경제활동의 일종에 불과하고 「법인세법」상 허용하고 있는 자산의 평가 예외에 해당하지 아니하며, 무증자합병에 따라 합병법인 주식에 피합병법인 주식을 가산하기 위해서는 별도의 합병법인 주식 평가규정이 존재하여야 한다.합병법인 주주와 피합병법인 주주가 동일인이라 할지라도 「법인세법」 제42조 제1항은 주식에 대한 평가를 허용하지 아니하므로, 무증자합병으로 피합병법인 주식이 소멸되었다는 이유에서 합병법인 주주가 소유하고 있는 합병법인 주식을 평가(피합병법인 주식을 합병법인 주식에 가산)할 근거는 존재하지 아니한다.(다) 청구법인의 무증자합병 거래는 피합병법인이 합병으로 감자되는 것이므로 그 실질은 무상감자 또는 무상소각과 유사하다. 그리고, 국세청은 투자주식의 전부가 무상감자되는 경우 그 장부가액을 손금에 산입하는 것으로 해석하고 있고(사전-2017-법령해석법인-OOO, 2018.3.16.), 기획재정부 역시 투자주식의 전부가 무상감자된 후 피투자법인에 대한 채권이 출자전환됨에 따라 주주의 지위가 계속 유지되는 경우에도 무상감자한 주식의 가액을 손금에 산입하는 것으로 해석한 바 있다(재법인-OOO, 2004.2.5.).(2) 기획재정부 및 국세청 예규에 대한 청구주장은 다음과 같다.(가) 기획재정부와 국세청은 여러 유권해석을 통하여 완전자회사 간 무증자합병 시 손금의 일반원칙인 「법인세법」 제19조에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도에 피합병법인 주식의 장부가액이 손금으로 실현된다는 것을 인정하였다[기획재정부 법인세제과-OOO(2022.8.29.), 국세청 사전-2021-법규법인-OOO(2022.9.6.), 국세청 사전-2020-법령해석법인-OOO(2020.3.30.), 국세청 법인세과-OOO(2009.12.21.), 국세청 서면2팀-OOO(2004.3.22.), 국세청 법인OOO(1999.4.16.) 등].(나) 그런데, 최근 기획재정부는 기존 해석을 번복하여, 과거 결손 누적으로 자본잠식이 된 법인의 경우에만 무증자합병 시 피합병법인 장부가액을 손비 처리할 수 있다고 하여 무증자합병 시 주식발행법인이 자본잠식 상태에 있지 아니한 경우 피합병법인 주식을 손비 처리를 할 수 없다고 해석하였다[기획재정부 법인세제과-OOO(2024.1.4.)].그러나, 무증자합병으로 피합병법인 주식이 소멸하여 손익이 “확정”되었음에도 주식 발행법인의 재무상황에 따라 이러한 손익의 “확정”시점, 즉 피합병법인 주식의 손금 귀속시기가 달라진다고 하는 것은 「법인세법」 제40조에서 규정한 권리의무확정주의에 위배되는 것이다. 즉, 권리의무확정은 자산이나 부채의 규