신청법인이 물류센터 개발사업을 영위하기 위해 사업권을 매입한 경우 매입세액공제 대상인지 여부

1. 사실관계 ○ 신청법인은 프로젝트금융회사 * 로 당초 물류센터 개발사업에 따른 건축물의 건설 및 매각 등을 정관상 목적사업으로 하여 설립되어, * 자산을 사회간접자본 시설투자 등 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익배분을 목적으로 하는 특수목적법인(SPC)으로 페이퍼컴퍼니 형태의 투자회사 - 2021.4.20. 물류창고 개발사업을 위해 토지 및 사업권을 각 75억원, 215억원에 양수하였음 ○ 사업권은 양도자가 득한 물류센터 건축허가 및 개발행위허가를 신청법인에게 승계하는 것에 대한 대가로 그 금액은 물류센터의 예상 가치에서 토지 금액 및 건물 공사비용을 제외하여 산정됨 <표1> 사업권 평가가액 산정 사업권 평가가액(물류센터 건축 및 개발행위 허가권) = 물류센터의 적정가치(*1) - 토지 평가액(*2) - 건물 예상 공사비용(*3) (*1) 물류센터의 적정가치 = 시장접근법 및 소득접근법에 따른 가치의 평균가액 (*2) 토지 평가액 = 물류창고 건축허가를 득한 후의 토지 감정가액 전례 및 거래사례 수준을 고려한 협의가액 (*3) 건물 예상 공사비용 = 향후 물류창고 건설과 관련해서 예상되는 투입비용 ○ 신청법인은 당초 토지와 사업권을 매입하여 물류센터 준공 후 이를 매각하고자 하였으나, 사업계획 변경에 따라 이를 매각하지 아니하고 임차인에게 임대하여 사업을 영위하고 있음 2. 질의내용 ○ 신청법인이 물류센터 개발사업을 영위하기 위해 사업권을 매입한 경우 매입세액공제 대상인지 여부 3. 관련법령 ○ 부가가치세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 부가가치세법 시행령 제2조 【재화의 범위】 ② 법 제2조 제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 14. 토지 ○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) ○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 ○ 부가가치세법 시행령 제80조 【토지에 관련된 매입세액】 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액