청구법인이 이전고시일의 다음 날 취득한 체비지의 면적은 전체 체비지 면적에서 기 취득한 비조합원용 공동주택 및 임대주택의 부속토지(이하 “체비지”)의 면적을 차감하는 방식으로 산정해야 한다는 청구주장의 당부

이 건 정비사업을 위하여 청구법인이 취득한 토지 면적은 45,462.8897㎡이고, 청구법인은 이 건 정비사업 진행 중에 토지 38,699.18㎡에 대한 취득세 등을 이미 신고·납부하여, 소유권이전 고시일의 다음날 그 나머지인 6,763.7097㎡를 취득하였음. 그럼에도 청구법인은 21,980.9598㎡에 대한 취득세 등을 추가로 신고·납부하여 15,217.2501㎡에 대한 취득세를 과다 신고·납부한 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨 인천광역시 부평구청장이 2025.8.8. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 인천광역시 부평구 OOO 일대 74,924.7㎡에「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 합니다)에 따른 주택재개발정비사업(이하 “이 건 재개발사업”이라 합니다)을 시행하여 2024.10.18. 준공인가를 받았으며 2025.1.13. 이 건 재개발사업에 대한 이전고시를 완료하였다.나. 청구법인은 이 건 재개발사업 이전고시의 다음날에 취득한 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지에 대하여 2025.1.22. 「지방세법」제10조의5 제3항 제3호 및「지방세법 시행령」(2025.1.31. 대통령령 제35177호로 개정되기 전의 것) 제18조의4 제1항 제3호(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 산식에 따라 산출한 과세대상 면적 21,980.9598㎡(이하 “쟁점토지”라 합니다)에 제곱미터당 공시지가를 곱한 금액을 과세표준으로 하고, 무상취득 세율(3.5%)을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.다. 청구법인은 쟁점토지 과세 면적을 산정함에 있어 일반분양분 토지 45,462.8897㎡에서 청구법인이 사업진행 중에 조합원이 아닌 제3자로부터 취득한 토지 38,669.18㎡를 우선적으로 차감한 후 산정하여야 할 것이므로, 당초 신고한 쟁점토지 중 과다하게 산정된 부분 15,217.2501㎡(=21,980.9598㎡-6,763.7097㎡)에 대한 취득세 등을 환급되어야 한다는 취지로 2025.6.16. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.8.8. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.12. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장「지방세법」 제7조 제8항 단서가 도시정비법상 재건축조합 등에 관한 규정일 뿐 재개발조합에 직접 적용되는 규정은 아니라 하더라도, 재개발조합이 취득한 비조합원용 부동산의 과세범위를 정함에 있어서는 해당 사업의 실질과 대법원 판례의 법리에 따라 제3자로부터 취득한 토지 부분을 우선적으로 공제하여야 한다.즉, 주택재개발정비사업에서는 조합원들이 종전 소유하던 토지가 우선적으로 조합원용 토지와 정비기반시설 부지로 충당되고, 부족한 사업부지 확보 및 일반분양을 위하여 제3자로부터 현금청산, 수용, 매매, 무상양여 등의 방식으로 토지를 추가 취득하는 구조이므로, 일반분양분에 해당하는 비조합원용 토지는 원칙적으로 제3자로부터 취득한 토지로 먼저 구성된다고 보아야 한다.특히 조합원으로부터 신탁되거나 현물출자된 토지와 제3자로부터 취득한 토지가 전체적으로 하나의 단일 사업부지로 사용되어 각각의 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는, 대법원 2010두1804 판결, 2019두53075 판결 등이 판시한 바와 같이, 비조합원용 토지 중 제3자로부터 취득한 토지의 면적을 우선 산정하여 공제한 후 남는 면적만을 과세대상으로 보아야 한다.이는 조합원이 본인 소유 토지 위에 장차 귀속될 주택이나 대지지분을 배정받을 수 있음에도 이를 배제하고 오히려 제3자 매입토지를 조합원용으로 먼저 사용한다고 보는 것은 사업 구조와 거래 현실에 반할 뿐 아니라, 납세자에게 가장 불리한 방식으로 사실관계를 의제하는 부당한 해석이라는 점에서도 타당하지 않다.또한 정비사업의 진행 과정상 정비기반시설은 사업 초기에 이미 계획·확정되어 우선적으로 조성되어야 하고, 일반분양분은 그 이후 구체화되는 것이므로, 당초 조합원의 종전 토지는 정비기반시설과 조합원 귀속분에 먼저 배분된다고 보는 것이 사업의 시간적·논리적 순서에도 부합한다.따라서 청구법인은, 이전고시 다음 날 조합이 취득한 것으로 의제되는 비조합원용 토지 전체를 과세대상으로 삼을 것이 아니라, 그중 제3자로부터 유상 또는 무상으로 취득한 토지 면적을 먼저 공제하고, 그 잔여 면적에 한하여 취득세 과세표준을 산정하여야 한다.나. 처분청 의견사업시행자가 정비사업 공사를 완료한 후 이전고시를 통해 취득하게 되는 비조합원용 부동산 등은 당초 사업시행자가 보유하고 있던 토지와 동일한 물건이라고 보기 어렵다. 이 과정에서는 조합원, 조합 및 기반시설 주체들이 각자의 기존 지분 중 일부를 다시 취득하는 한편, 나머지 일부는 상호 간에 재배분받게 된다.따라서 「도시 및 주거환경정비법」상 사업시행자의 입장에서 보면, 이전고시를 통해 취득한 45,462.8897㎡ 중 당초 사업시행자가 소유하고 있던 지분비율 51.6%에 상당하는 면적 부분은 종전 권리가 그대로 반영된 것으로 볼 수 있으나, 이를 초과하는 나머지 48.4% 상당 면적은 조합원으로부터 새로이 취득한 것으로 보아야 한다.그렇다면 청구법인에 대하여 신설 「지방세법 시행령」 제18조의4 제1항 제3호를 적용한 것은 타당하다. 또한 같은 호에 따라, 해당 토지의 면적에서 사업대상 토지 전체 면적 중 사업시행자가 사업 진행 과정에서 취득한 토지면적(다만, 조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외함)이 차지하는 비율만큼을 차감한 면적을 기준으로 취득 당시 가액을 산출한 것은, 종전에 이미 취득한 토지 부분에 대한 이중과세를 조정하기 위한 것으로서 그 산정방식 역시 적정하다고 볼 수 있다.3. 심리 및 판단가. 쟁점일반분양용 토지 면적에서 제3자 매입토지 면적을 우선 공제하여 과세대상 면적을 산출해야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.(가) 청구법인은 이 건 사업부지에「도시정비법」에 따른 주택재개발정비사업을 시행할 목적으로 2009.10.9. 설립된 재개발정비사업조합으로 2011.12.14. 사업시행인가, 2019.4.10. 관리처분계획인가를 받고 재개발사업을 시행하여 2024.10.18. 준공인가를 받았으며, 2025.1.13. 이 건 재개발사업에 대한 이전고시를 완료하였다.(나) 이 건 재개발사업 이전고시로 귀속되는 사업부지의 현황은 아래와 같습니다.○○○(다) 청구법인은 2025.1.13. 이전고시를 완료한 후 2025.1.22. 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지에 대하여 이전고시의 다음날을 취득일로 하고, 쟁점규정에 따라 산출한 취득당시가액(쟁점토지에 제곱미터당 공시지가를 곱한 금액)에 무상취득 세율(3.5%)을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.○○○(라) 청구법인이 이 건 사업부지에서 조합원이 아닌 제3자로부터 취득한 토지 면적은 38,669.18㎡로서, 그 내역은 현금청산 등 30,349.81㎡ 및 국공유지 무상양여 8,349.37㎡이고, 신설기반시설에 편입되는 면적은 없으며, 이에 대하여 처분청도 이견이 없다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 이전고시로 취득한 토지 중 사업시행자의 기존 지분 51.6%를 초과하는 48.4% 부분은 조합원으로부터 새로 취득한 것으로 보아 과세하는 것이 타당하다는 의견이나,쟁점규정은 사업시행자 등이 체비지 등을 취득한 경우에 과세표준에 대한 특례규정으로서, 이 조항을 근거로 청구법인이 이미 취득세 등을 신고·납부한 토지에 대하여 다시 취득세 등의 납세의무가 성립한 것으로 보기는 어려워 보이는 점 등에 비추어,이 건 정비사업을 위하여 청구법인이 취득한 토지 면적은 45,462.8897㎡이고, 청구법인은 이 건 정비사업 진행 중에 토지 38,669.18㎡에 대한 취득세 등을 이미 신고ㆍ납부하여, 소유권이전 고시일의 다음날 그 나머지인 6,763.7097㎡를 취득하였으나, 청구법인은 21,980.9598㎡에 대한 취득세 등을 추가로 신고ㆍ납부하여 15,217.2501㎡에 대한 취득세를 과다 신고ㆍ납부한 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2025지1300, 2026.1.22., 같은 뜻임).4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제7조(납세의무자 등) ⑧ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」