청구법인은 매도법인으로부터 사업권을 양도받는 대가로 쟁점사업권비용을 지급하였으므로 이를 이 건 토지 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

사업권이라 함은 신용·명성·거래선과 같은 영업상의 이점과 사업시행 등에 있어서 가질 수 있는 우선적인 지위 등을 의미하는바, 매도법인은 이 건 토지에 대한 건축허가 및 경관심의를 마친 후에 이 건 토지와 더불어 허가받은 사업권까지 청구법인에게 이전한 것이므로, 청구법인이 사업권양수도계약에 따라 지급한 쟁점사업권비용은 토지의 취득가격에서 제외하는 것이 타당함 경기도 화성시장(동탄출장소장)이 2025.8.19. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2021.3.12. OOO주식회사(이하 “매도법인”이라 한다)와 경기도 OOO토지 15,580㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 복합시설 신축공사 사업 일체를 포괄적으로 양수도하는 사업권양수도계약(이하 “이 건 포괄양도계약”이라 한다)을 체결한 후, 같은 날 이 건 토지를 취득(매매)하였고, 그 취득가액OOO원을 취득세 과세표준으로 하고「지방세법」(2021.1.1., 법률 제17769호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계OOO원을 신고·납부하였다.나. 청구법인은 이 건 토지의 취득세 과세표준에 포함된 사업권 양수도 대금OOO원(이하 “쟁점사업권비용”이라 한다)는「지방세법 시행령」제18조 제2항 제3호에서 규정한 이 건 토지의 취득과는 무관한 사업권에 대한 대금으로 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하면서, 2025.7.3. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.8.19. 이를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.16. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 쟁점사업권비용은 이 건 토지와는 별개의 자산으로 그 대금은 토지 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.「지방세법 시행령」제18조 제2항 제3호에 따르면 “이주비, 지장물, 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용”은 사실상 취득가격에 포함하지 않는다고 규정하고 있으며, 대법 2013두3641에서도 “원고가 OOO산업 주식회사와 주식회사 OO건설로부터 양수한 각 사업권은 그들이 OOOO구역 도시개발사업을 추진하면서 얻은 신용·명성·거래선과 같은 영업상의 이점과 사업시행 등에 있어서 가질 수 있는 우선적인 지위 등으로서 취득세의 과세대상인 토지와는 별도의 권리이므로 그 각 사업권 양수비를 이 사건 토지 취득가격에 산입하여서는 아니된다”고 판시하고 있다.따라서, 쟁점사업권비용은 취득세 과세물건과 별개의 권리에 관한 자산인 경우 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.(2) 매도법인은 2년 이상 신축사업을 추진하여 각종 노하우 및 사업적 지위를 축적함으로써 배타적인 사업권(영업권)을 보유하고 있었다.조세심판원 선결정례(조심2011지680)에서 “부동산의 전 소유자인 OOO는 주상복합 건축물의 건축허가를 받지 아니한 상태였고, 청구법인이 건축허가를 받은 사실이 확인되므로 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 이 건 부동산의 전 소유주가 사업권을 가지고 있었다고 보기 어려움”이라고 판시하고 있으며, 이외에도 조심2018지18 등 다수의 선결정례에서도 주로 전 소유자의 인허가 여부를 통해 사업권 유무를 판단하고 있다.매도법인은 2018.5.9. 이 건 토지를 취득한 후, 2019.4.4. 처분청으로부터 지식산업센터시설 승인을 통보받았고, 2019.7.1. 건축허가 승인을 통보받았으며, 2020.11.17. 건축 및 경관 통합심의도 통과하였는데, 이러한 일련의 인허가 절차는 상당한 준비가 필요하여 많은 시간과 비용이 소요된다.즉, 매도법인은 2년 이상 이 건 토지 개발사업 관련하여 인허가 절차를 선행적으로 이행함에 따라 사업에 필요한 실질적인 노하우, 사업기반 및 지위를 축적하여 사업권을 보유하고 있었음을 알 수 있다.또한, 청구법인은 사업권 양수도 계약을 통해 매도법인이 축적한 사업기반 및 지위를 승계함으로써 이 건 토지 취득일로부터 6일만에 건축허가 변경 승인을 받았으며, 이후 착공신고수리통보까지 약 3달이 채 되지 않는 단기간 내 행정절차를 완료할 수 있었는데, 이는 매도법인이 가지고 있던 사업시행 등에 관한 지위를 그대로 이어받았기 때문이다.이와 같이, 매도법인은 단순히 이 건 토지만을 보유하고 있었던 것이 아니라 2년 이상 사업을 추진하면서 각종 인허가를 취득하는 등 배타적으로 신축사업을 추진할 수 있는 권리(사업권)을 보유하고 있었고, 청구법인은 이 건 토지 매매와 별도로 이에 대한 대가를 지급한 것이다.(3) 쟁점사업권비용은 사업권에 대한 대가로 지급한 것이지 이 건 토지를 취득하기 위한 목적에서 지급한 것이 아니다.조세심판원 선결정례(조심2023지4243)에서 “청구법인이 매도법인으로부터 사업권을 인수하지 못했다면, 이 건 사업부자에서 주택건설사업을 시행하기는 어렵다 할 것이므로, 애당초 쟁점 부동산을 매수할 이유도 없었다. 즉, 청구법인이 사업권을 인수하였기 때문에 쟁점부동산을 매수할 필요가 있었던 것이므로 처분청 의견과 같이 쟁점 부동산을 취득하기 위하여 쟁점사업권비용을 지급한 것으로 보기 어렵다”고 판시하고 있다.청구법인 역시 주거용 및 비주거용건물 개발·공급업을 주업으로 영위하는 법인으로, 매도법인으로부터 사업권을 인수하지 못했다면 이 건 토지에서 복합시설 신축사업을 시행할 수 없고, 그에 따른 수익도 발생할 수 없으므로 이 건 토지를 취득할 이유가 없다.즉, 청구법인은 매도법인으로부터 OOO 지원시설용지 OOO 복합시설 “신축사업권을 인수”받고자 한 것이고, 쟁점사업권비용은 그 사업권 자체에 대한 대가로 지급한 것으로 보아야 한다.따라서, 처분청이 쟁점사업권비용을 이 건 토지의 취득세 과세표준에 포함하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.나. 처분청 의견청구법인은 쟁점사업권비용을 이 건 토지 취득과는 별개의 사업권에 대한 대가라고 주장하는 주된 이유는 매도법인이 2년 이상의 이 건 토지 개발 사업 관련 인허가 절차를 선행적으로 이행하였다는 점이다.매도법인의 경우 2018.5.9. OOO주식회사로부터 이 건 토지 분양권을 취득하였고, 2019.4.4. 지식산업센터 신설에 대한 승인을 처분청으로부터 받았고, 2019.7.1. 건축허가 승인을 받았으나, 청구법인이 2021.3.12. 이 건 토지를 취득한 이후 단 6일 만에 신축 건물 용도를 지식산업센터에서 제 1·2종 근린생활시설 및 업무시설로 변경하는 건축변경허가 승인을 받았다.지식산업센터는「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의거하여 설립되는 산업입지 활성화라는 특수목적의 건축물로서, 지식산업센터 승인 조건에서도 볼 수 있듯 교통영향평가, 수도 및 전력공급, 안전관리 등의 기준이 까다롭기 때문에 관계기관 협의 절차가 복잡하고, 산업용지로서의 적합성 여부 등도 심사하여야 하며, 입주가능한 업종도 제한하고 있다는 점에서 일반적인 근린생활시설의 건축 허가 절차와는 그 난이도에 차이가 있어 매도법인이 건축허가를 진행하며 수년간 쌓아온 신용, 명성, 거래선 등으로 지식산업센터 건축에 있어서는 건축업을 영위하는 다른 기업이 올리는 수익보다 큰 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치인 사업권이 있었다고 인정할 수 있을 것이다.다만, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 일반 근린생활시설로 건축변경허가를 득하여 건축하게 되었는데 이는 지식산업센터 설립 허가를 위한 매도법인의 배타적인 사업권에 대하여 막대한 자금을 지불하고서 취득할 이유가 없어 보인다.이는 단순히 매도법인이 이 건 토지를 취득하기 위한 과정에 소요된 비용 등을 보전해 주기 위한 취지로 청구법인이 매도법인에게 쟁점사업권비용을 지급한 것으로 보이고, 쟁점사업권비용을 지급하지 아니하였다면 이 건 토지를 취득할 수 없었을 것으로 보인다.따라서, 쟁점사업권비용은 사업권의 대가가 아닌「지방세법 시행령」제18조 제1항 제4호에서 규정한 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료로 보아야 한다.권리의무승계계약서 및 부동산신고필증 등의 서류에서 이 건 토지의 매매대금에 쟁점사업권비용이 포함되어 있지 않다는 사실만으로 쟁점사업권비용이 이 건 토지 취득과는 무관한 사업권이라고 볼 수 없고, 매도법인이 법인장부에 쟁점사업권비용과 관련하여 무형자산처분이익으로 계상하여 사업권으로 인식하였으나, 제출된 손익계산서는 당해연도 전체 무형자산의 처분·상각 등 여러 거래가 포괄적으로 반영되는 재무제표이므로 쟁점사업권비용 등 특정 항목에 대한 비용이라는 점을 직접적으로 입증하는 자료로 볼 수 없다.한국부동산원에서 공시하고 있는 이 건 토지 개별공시지가의 변동률이 전국 및 수도권 평균보다도 낮은 수준이므로 2018년과 비교하여 청