청구법인이 자회사들의 고가 유상증자시 이를 포기하고 특수관계법인으로 하여금 제3자 배정방식으로 인수하게 한 것으로 보고 그 발행가액과 상증법 보충적 평가액 과의 차액을 분여받은 것으로 본 처분의 당부

청구법인은 자회사들의 DCF법상 평가액을 제시하나, 그 평가시 적용된 추정영업이익은 실제 영업이익과의 차이가 과다한 등 적용할 수 없고 달리 시가에 해당하는 금액이 없으므로 상증법상 보충적평가액을 근거로 한 이 건 처분에 잘못이 없음 1. 남대문세무서장이 2022.11.21. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 감액경정처분에 대한 심판청구는 이를 각하한다.2. 남대문세무서장이 2022.11.21. 청구법인에게 한 2017사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 영등포세무서장이 2025.5.14., 2022.5.22. (주)A와 (주)B에 통지한 세무조사 결과에 따라 청구법인이 2020.10.20. 주식취득법인에 양도한 (주)A와 (주)B 발행주식의 보충적평가액을 재계산하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2016.4.12. 설립되어 부동산 투자업, 부동산 컨설팅업 및 기타 경영자문업 등을 영위하는 법인으로, OOO 보따리상을 면세점에 송객하여 주고 수수료를 수취하는 사업에 진출하기 위하여 2017.2.24.∼2017.5.4. 기간 동안 (주)A, (주)B(이하 “2개 여행사”라 한다)와 (유)C(이하 2개여행사와 합하여 “3개 여행사”라 한다)의 발행주식 전부를 취득하는 한편, 2017.7.25.∼2017.8.26. 기간 동안 D(주)(이하 “주식취득법인”이라 한다)의 발행주식 2,575,047주를 취득하여 주식취득법인의 최대주주(지분율 42.15%)가 되었다.나. 3개 여행사는 2017.8.22.∼2017.8.28. 기간 동안 유상증자(이하 “쟁점유상증자”라 한다)를 실시하였고, 3개 여행사의 지분 전부를 보유한 청구법인이 유상증자에 참여하지 않아 발생한 실권주를 주식취득법인이 제3자 배정방식으로 실권주를 인수하여 3개 여행사 발행주식의 지분 51%를 보유하게 되었다.다. 청구법인은 2020.10.20. 청구법인이 보유한 3개 여행사와 (주)E, (유)F, (주)G, ㈜H(이하 “7개 여행사”라 한다)의 발행주식 전부를 주식취득법인에 양도(이하 “쟁점양도”라 한다)하였다.라. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.3.21.∼2022.4.29. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시한 결과, ① 청구법인이 쟁점유상증자 시 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가액보다 고가로 발행된 신주의 인수를 포기하고 청구법인의 특수관계인인 주식취득법인이 실권주를 제3자 배정방식으로 인수함에 따라 청구법인이 주식취득법인으로부터 이익을 분여 받은 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 OOO원을 청구법인의 익금에 산입(유보)하고, ② 청구법인이 보유한 7개 여행사의 지분을 주식취득법인에게 양도하면서, 2개 여행사의 발행주식을 특수관계인인 주식취득법인에게 시가보다 낮은 가액으로 저가 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 OOO원을 청구법인의 익금에 산입(기타사외유출)하는 한편, 쟁점유상증자 시 유보로 처분된 금액 중 2개 여행사에 해당하는 부분(OOO원)은 추인하여 손금에 산입(△유보)하여야 한다는 조사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2022.11.21. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원(과소신고가산세 OOO원 및 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하고, 2020사업연도 법인세 OOO원을 감액경정하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.13. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 3개 여행사의 쟁점유상증자가액은 업종의 특성을 반영한 합리적인 방법에 따라 평가한 가액으로, 이는 「법인세법」상 시가에 해당한다.(가) 쟁점유상증자 시 3개 여행사의 주식 가치는 현금흐름할인법(이하 “DCF법”이라 한다)에 따라 평가하였는바, DCF법은 상증세법상 보충적 평가방법보다 여행사들의 주식가치를 더 적절하게 평가할 수 있다.1) 주식취득법인은 쟁점유상증자에 참여할 때, 3개 여행사의 주식 가치를 ‘증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정’에 따라 2017.6.30.을 평가기준일로 하여 자산가치와 수익가치를 2:3으로 가중평균한 금액으로 평가하는 한편, 외부 검토기관인 I에 주식평가를 요청하여 DCF법에 따른 주식평가금액과 비교하여 주식가치에 큰 차이가 없음을 확인하였다.2) 처분청은 청구법인이 제시한 평가방법을 인정하지 않고 보충적 평가액이 해당 주식의 시가라는 의견이나, 법원은 “비상장주식의 평가방법을 규정한 관련 법규들은 그 제정목적에 따라 서로 상이한 기준을 적용하고 있으므로, 어느 한 가지 평가방법(예컨대, 「증권거래법 시행령」 제84조의7 제1항 제2호의 평가방법이나 「상속세 및 증여세법 시행령」 제54조의 평가방법)이 항상 적용되어야 한다고 단정할 수는 없고, 당해 회사의 상황이나 업종의 특성 등을 종합적으로 고려하여 공정한 가액을 산정하여야 할 것이다”고 판시한 바 있고(대법원 2006.11.24. 선고 2004마1022 판결), 조세심판원도 자회사 주식을 DCF법으로 평가하여 특수관계법인에 양도한 건에 대해 “상증세법상 평가액이 이 건에서도 무조건 적용되어야 한 기준이라거나 가장 객관적이고 합리적인 방법이라고 단정하기 어렵다”고 결정한 바 있다(조심 2020서2120, 2022.4.27.).즉, 여행사와 같이 미래 수익성에 중대한 변동이 예측되는 회사의 경우 DCF법이 해당 기업이 영위하는 산업의 전망, 내부 경영상황, 사업계획 등을 보다 잘 반영할 수 있어, 보충적평가방법보다 주식의 객관적 교환가치를 더 적정하게 반영한다고 볼 수 있다.반면, 상증세법상 보충적평가방법은 과거 손익을 기준으로 하므로 미래 추정이익을 반영하지 못하는 단점이 있으며, 아래 ＜표1＞을 보면 보충적평가액에 따른 기업가치는 2017년 상반기에 실현된 영업이익 수준에도 미치지 못한다는 사실을 알 수 있다.＜표1＞ 보충적 평가액과 실제 기업가치의 차이(단위 : 주, 원)○○○(나) 처분청은 DCF법에 사용된 미래 영업손익 추정치가 실제 매출액에 비해 과다하게 추정되었다는 의견이나, 청구법인은 미래 합리적 근거를 토대로 미래 영업손익을 최대한 보수적으로 추정하였으며, 이는 타 법인의 평가 사례를 통해서 확인할 수 있다.J(주)는 사업다각화를 위해 (주)K(이하 “비교대상여행사”라 한다) 지분을 취득하면서, L에 의뢰하여 비교대상여행사의 주식가치를 DCF법에 따라 평가하였는데, 이를 청구법인이 3개 여행사의 주식가치를 평가한 것과 비교해 보면, 아래 ＜표2＞와 같이 비교대상여행사에 비해 3개 여행사의 실적이 우수한 것으로 나타나는데도 불구하고 미래 추정치에서는 이익 격차가 점차 줄어드는 것을 확인할 수 있으며, 오히려 비교대상여행사의 이익이 3개 여행사의 이익을 앞지르는 것도 확인할 수 있다.＜표2＞ 3개 여행사와 비교대상여행사의 미래 추정치 비교(단위 : 백만원)○○○위 ＜표2＞에서 알 수 있듯이, 청구법인은 업계의 경쟁 심화, OOO 정부의 규제 및 불확실성 등을 반영하여 영업이익률이 매년 10% 이상 감소하는 추세를 보일 것으로 예상하여 보수적으로 영업이익을 추정한 반면, J(주)는 비교대상여행사의 영업이익률이 불과 1% 남짓 감소할 것으로 예상하였다. 또한, 청구법인은 3개 여행사의 기업가치 산정 시 할인율로 적용되는 가중평균자본비용(WACC, Weighted Average Cost of Capital)도 17.58%를 적용하여 보수적으로 기업가치를 산정하였다.(다) 주식취득법인의 주가 추이를 보더라도, 쟁점유상증자 시 3개 여행사의 주식을 고가로 발행하였다고 볼 수 없다.주식취득법인은 코스닥 상장기업으로, 투자공시는 즉각적으로 일반투자자들의 의사결정에 영향을 미친다. 처분청 의견처럼 주식취득법인이 3개 여행사의 유상증자에 참여하여 시가보다 고가로 주식을 인수하였다면, 주식취득법인의 주가가 유의미하게 하락하였을 것이나, 투자자의 판단은 그렇지 않았다는 것을 주식취득법인의 주가 흐름을 통해 확인할 수 있다. 주식취득법인은 2017.8.22.부터 2017.8.29.까지 3개 여행사에 대한 투자공시를 하였으나, 주식취득법인의 주가는 아래 ＜그림＞과 같이 2017.8.30. 무상증자로 인한 권리락에 따른 주가 변동 이외에는 비교적 안정적인 흐름을 보여주고 있다.＜그림＞ 주식취득법인의 주가 흐름(2017.6.1.∼2017.12.31.)○○○(라) 처분청은 회계법인의 보고서에 기재된 “본 보고서의 내용은 귀사가 보유한 피투자회사의 지분과 관련된 내부적인 검토의 참고자료 목적으로 작성된 것이므로 동 목적 이외의 용도로 사용되어서는 아니된다” 등의 문구를 근거로 제시하면서 DCF법에 따른 평가가액을 「법인세법」상 시가로 인정할 수 없다는 의견이나, 회계법인이 보고서에 평가상의 한계에 대해 기재한 것은 DCF법만의 고유한 특성인 미래 예측의 어려움에 대해 언급한 것으로 이해하여야 할 것이지, 이것이 곧바로 주관적인 요소가 개입되었으므로 DCF법의 신뢰성에 심각한 문제를 야기한다고 보아서는 아니되며, 이러한 문구는