국내 미등록된 외국특허권 사용료의 국내원천소득 여부

특허권 등이 국내 미등록되었더라도, 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가는 외국법인의 국내원천소득에 해당함 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 미국법인으로 a에 양방향 프로그램 가이드(IPG) 기술 등에 대한 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다) 사용을 허여한 후, 2019.12.18.～2023.11.15.까지 a로부터 사용대가 OOO달러(이하 “쟁점사용료”라 한다)를 수취하였고, a는 쟁점사용료가 국내원천 사용료 소득에 해당한다고 보아 원천징수분 법인세 및 법인지방소득세를 신고ㆍ납부하였다.나. 청구법인은 2024.12.27. 및 2025.1.9. 쟁점사용료 소득이 국내원천소득에 해당하지 않으므로 당초 원천징수한 법인세 및 법인지방소득세를 환급하여 줄 것을 구하는 경정청구를 각각 제기하였고, 처분청인 영등포세무서장 및 서울특별시 영등포구청장(이하 “처분청”이라 한다)은 2025.3.5. 및 2025.11.19. 쟁점사용료 소득은 국내 등록유무와 관계없이 국내에서 사용되었기 때문에 국내원천 사용료 소득에 해당한다는 사유로 이 건 경정청구를 각각 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.4. 및 2025.12.16. 심판청구를 각각 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 국내 미등록 특허에 대한 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않는다.(가) 「법인세법」 제93조는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호의 구분에 따른 소득으로 한다.”고 규정하면서, 제8호에서 “국내원천 사용료 소득 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지(使用地)를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 “특허권등”이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정하고 있고, “대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약”(이하 “한·미 조세조약”이라 한다) 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 하면서 제a호에서 ‘문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’을 규정하고, 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 하면서 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라고 규정하고 있다. 이와 관련하여 한ㆍ미조세조약의 해석상 미국법인이 국내에서 등록하지 않은 특허권에 관하여 지급받은 소득은 국내원천소득에 해당하지 않는다는 것이 대법원의 확립된 법리이다(대법원 1992.5.12. 선고 91누6887 판결, 대법원 2007.9.7. 선고 2005두8641 판결, 대법원 2014.11.27. 선고 2012두18356 판결 등).(나) 한·미 조세조약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미, 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치는 것이므로, 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만이 국내원천소득으로 될 수 있을 뿐이고, 한·미 조세조약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다.(2) 청구법인이 a에게 사용을 허여한 특허권의 대부분은 국내에 등록되지 않은 특허권이므로, 이 사건 사용료 중 국내에 등록되지 아니한 특허권의 사용대가로 지급한 사용료는 국내원천소득에 해당하지 아니하는바, 이 건 원천징수세액 중 국내에 등록되지 아니한 특허권의 사용대가로 지급된 사용료에 대한 원천징수세액은 환급되어야 하고, 이를 거부한 이 사건 거부처분은 위법하다. 다만 이 건 사용료 중 국내에 등록된 특허권에 대한 사용 대가 부분이 특정되지 아니한바, 청구법인은 국내에 등록된 특허권에 대한 사용 대가 부분을 특정할 수 있는 객관적인 기준이 확인되는 대로 그에 따라 경정청구 및 환급을 구하는 세액을 산정하여 제출하고자 한다.나. 처분청 의견(1) 쟁점사용료 상 ‘사용’의 의미는 국내 「법인세법」에 따라 해석해야 하고, 한·미 조세조약 제14조는 ‘사용료’에 대해 ‘저작권·특허 등 이와 유사한 재산 또는 권리·지식·경험·기능(기술)·선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가’라고 규정한바, ‘사용’의 의미를 명확하게 정의하지 않았다.(가) 한·미 조세조약 제2조는 이 협약에서 정의되지 않은 용어는 체약국의 법에 따라 그 의미를 가진다고 하였으므로 ‘사용’의 의미는 국내 「법인세법」에 따라 판단하는 것이 조세조약의 해석원칙에 부합한다.＜한·미 조세조약 일부 발췌＞(나) 국내원천 사용료 소득과 관련하여 「법인세법」(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것, 이하 “구「법인세법」”이라 한다) 제93조 제9호 단서 후문에서는 ‘특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다’고 하였고, 이후 개정을 통해 구「법인세법」 제93조 제8호에 다목을 신설하면서 사용지 기준 조세조약에 의한 국내 미등록 특허의 사용대가를 ‘기타 이와 유사한 재산 또는 권리등의 사용대가’로 보아 국내원천 사용료 소득으로 규정하였다.(다) 이처럼 「법인세법」은 ‘특허권 등의 사용대가’는 특허권 등의 국내 등록여부와 상관없이 국내에서 제조·판매 등에 사실상 사용되는 경우에는 사용지를 국내로 보아 국내원천 사용료 소득이라고 하였다.(2) 국내에서 ‘사용’되는 경우란 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 제조방법·기술·정보 등을(이하 “특허기술”이라 한다) 사용한다는 의미이고, 한·미 조세조약 제14조 제4항 제a호의 ‘사용’은 등록을 통하여 독점적 효력을 가지게 된 권리 자체의 ‘사용’이 아니라 무형자산의 내용을 이루는 기술이나 정보 등을 ‘사용’한 것을 의미한다.(가) 청구법인은 ‘특허권’은 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치는 것으로 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수 없다고 주장하고 있으나, 최근 대법원 2025.9.18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결에서 특허권 속지주의는 특허권 효력 발생지 또는 침해지와 관련된 원칙으로, 특허권 자체는 등록된 국가 내에서만 효력을 가지고 그 효력범위 내에서 침해될 수 있을 뿐이지만 그 특허기술은 특허등록 여부나 등록국가와 무관하게 어디서든 사용될 수 있다고 판단하면서 특허권 속지주의에 기초하여 한·미 조세조약 상 특허의 ‘사용’의 의미를 ‘특허권의 효력이 미치는 국가 내에서의 실시’로 해석하면서 국내 미등록 특허권의 국내 사용을 관념할 수 없다고 본 기존의 대법원 판결을 변경하였다.(나) 이처럼 특허권 속지주의는 국내 미등록 특허권의 특허기술을 국내에서 사용하는 것이 국외 특허권자에 대한 특허 침해행위가 되지 않는