쟁점부동산 양도가액을 토지·건물의 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

청구인이 쟁점부동산 양도가액 중 쟁점토지②와 쟁점건물에 안분한 가액은 기준시가 안분액과 30% 이상의 현저한 차이가 나고, 그와 같이 안분한 데에 감정평가 등 합리적 근거가 결여되어 있어, 처분청이 법령에 따라 쟁점부동산 각 자산별 가액을 기준시가로 안분하여 양도소득세를 재계산 한 것에 달리 잘못이 없다고 할 것임또한 쟁점건물의 실제 용도가 주택임을 입증할 책임은 청구인에게 있으나, 공부상 용도 및 재산세 부과 현황을 번복할 만흔 근거가 불충분한 점, 청구인의 주장대로 28호실을 주거용으로 사용하였다 하더라도, 이는 건축법상 다가구주택의 세대수 요건을 초과하여 공동주택으로 분류되어 건물 전체를 하나의 주택으로 보아 비과세를 적용할 수 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인의 부친인 A(2021.5.25. 사망, 이하 “피상속인”이라 한다)는 2019.10.30. 서울특별시 강남구 OOO 토지 지분 25%(이하 “쟁점토지①”이라 한다), 같은 동 6-10 토지(이하 “쟁점토지②”라 한다) 및 그 지상 건물(이하 “쟁점건물”이라 하며 쟁점토지①·②와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 A 주식회사(이하 “양수법인”이라 한다)에 OOO원에 양도하는 계약을 체결하면서 전액을 토지 매매대금으로 정하고 건물 매매대금은 없는 것으로 약정(아래 ＜표1＞ 참고)하였으며, 2020.7.29. 소유권이전등기를 완료하였다.＜표1＞ 쟁점부동산 매매계약 내용ㅇㅇㅇ나. 피상속인은 양도가액 OOO원을 쟁점토지①에 OOO원, 쟁점토지②에 OOO원, 쟁점건물에 OOO원으로 각각 안분하고, 이 중 쟁점토지② 및 쟁점건물에 대하여는 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 2020.9.30. 처분청에 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.다. 서울지방국세청장은 2025.6.30. 피상속인에 대한 조사를 실시한 결과, 피상속인이 신고한 토지 및 건물의 구분 가액이 기준시가에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 나, 가액 구분이 불분명한 것으로 판단하였다. 이에 「소득세법」 제100조에 따라 양도가액을 기준시가로 재안분하여 양도소득세를 경정하는 한편, 청구인을 피상속인의 연대납세의무자로 지정하여 처분청에 과세자료를 통보하였다.라. 이에 따라 처분청은 2025.10.16. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.마. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.26. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 피상속인은 양도소득세 계산 시 오류 없이 정확한 가액을 산정하여 신고하였다. 계약서, 잔금영수증, 보증금 반환 증빙, 중개수수료 영수증 등 실제 거래를 입증할 수 있는 서류를 모두 제출하였으므로 실거래가에 따른 안분은 정당하다.(2) 쟁점건물은 건축물관리대장 등 공부상 용도와 달리, 실제 증개축을 통해 전체 28호실(860.5㎡)이 주거 시설로 사용되었다. 실질과세 원칙에 따라 쟁점건물 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하여 신고한 것은 적법하다.(3) 처분청이 안분 근거가 미비하다는 이유로 「소득세법」 제100조 제3항을 적용하여 양도가액을 경정한 점, 그리고 실질 사용 현황을 무시하고 공부상 용도에 따라 3층만을 주택으로 간주하여 세액을 산출한 점은 위법·부당하므로 취소되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 토지와 건물을 일괄 양도하면서 구분 기장한 가액이 기준시가 안분가액과 30% 이상 차이가 나는 경우, 「소득세법」 제100조 제3항에 따라 가액 구분이 불분명한 때로 본다. 이는 간주 규정으로서 예외 사항을 규정하고 있지 않다. 본 건 매매계약서상 건물 가액은 OOO원으로 기재되어 있고, 예정신고 시 임의로 배분한 건물가액 OOO원은 합리적 산정 근거가 없으며, 기준시가 안분액과 현저한 차이가 발생하므로 법령에 따라 기준시가로 재안분함이 타당하다.(2) 쟁점건물의 공부상 용도와 재산세 부과 현황이 일치함에도 청구인은 양도 당시 실제 용도가 주택이라는 점을 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있다. 특히 양도 직전 공부대로 원상복구한 사실이 확인되고, 복구 후 주택으로 사용했다는 점에 대한 증빙이 없으며, 공부상 주택인 지상 3층 부분에 대해서만 주택분 재산세가 부과된 사실이 확인된다. 설령 청구인의 주장대로 28세대가 거주하였다면 「건축법」상 다가구주택 요건(19세대 이하)을 위반하여 공동주택에 해당하게 되므로, 건물 전체를 하나로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점부동산 양도가액을 토지·건물의 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지1＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 쟁점부동산 매매계약은 다수의 양도인이 다수의 물건을 양수법인에게 양도한 것으로 아래 ＜표2＞와 같이 매매계약서(아래 ＜그림1＞ 참고)상 총 매매대금 OOO원을 전액 토지 대금으로 배정하고 건물 가액은 OOO원으로 약정하였음이 확인된다.＜표2＞ 쟁점부동산 매매계약 내용ㅇㅇㅇ＜그림1＞ 매매계약서 주요 내용 발췌ㅇㅇㅇ(2) 피상속인이 양도소득세 신고 시 적용한 자산별 안분 가액에 대하여 감정평가서 등 객관적인 가액 산정 근거 자료는 제시되지 않았다.(3) 쟁점건물의 일반건축물대장상 용도는 아래 ＜표3＞과 같이 지하 1층～지상 2층 근린생활시설, 지상 3층 주택으로 등재되어 있다.＜표3＞ 쟁점건물의 공부상 용도 및 면적(단위 : m2) 층수 용도 면적 지하1층 대피소 197.90 1층 대중음식점 63.73 예능계강습소 63.73 소매점 38.19 근린생활시설 32.25 일반음식점 8.82 2층 사무실 81.20 예능계강습소 58.35 태권도장 58.35 3층 주택 197.90 계 800.42 (4) 청구인은 쟁점건물을 실제 28호실로 구분하여 주택으로 사용하였다고 주장하며 호실별 임대차계약서 사본을 제출하였으나, 이외에 실제 주거 사용 여부를 확인할 수 있는 사진자료 등은 미비하고, 쟁점건물 지상 3층에 대해서만 주택분 재산세가 부과된 것으로 확인된다.(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 양도소득세 계산 시 오류 없이 정확한 가액을 산정하여 신고한 것으로 실거래가에 따른 안분은 정당하다는 주장이나, 「소득세법」 제100조 제2항은 양도차익을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 양도한 경우에는 각 구분 기장하되 가액 구분이 불분명할 때에는 기준시가 등으로 안분계산한다고 정하고 있고, 같은 조 제3항은 자산별 구분 기장한 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 30% 이상 차이나는 경우에는 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 명시하고 있으며, 이는 반증을 허용하지 않는 간주 규정에 해당하는 바(OOO), 피상속인의 양도소득세 신고 시 쟁점부동산 양도가액 중 쟁점토지②와 쟁점건물에 안분한 가액은 기준시가 안분액과 30% 이상의 현저한 차이가 나는 것으로 그와 같이 자산별 가액을 안분한 데에 감정평가 등 합리적 근거가 결여되어 있어, 처분청이 법령에 따라 쟁점부동산 각 자산별 양도가액을 기준시가로 안분하여 양도소득세를 재계산 한 것에 달리 잘못이 없다고 할 것이다.한편, 청구인은 증개축을 통해 쟁점건물 전체 28호실이 주거 시설로 사용되었으므로 쟁점건물 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하여 신고한 것이 적법하다고 주장하나, 쟁점건물의 실제 용도가 주택임을 입증할 책임은 청구인에게 있으나, 공부상 용도 및 재산세 부과 현황을 번복할 만한 근거가 불충분한 점, 청구인의 주장대로 28호실을 주거용으로 사용하였다 하더라도, 이는 「건축법」상 다가구주택의 세대수 요건(19세대 이하)을 초과하여